飛揚跋扈的毛文龍既已有叛逆心，他又怎肯會聽袁崇煥。為保住自身權勢毛文龍是時時處處與袁崇煥為梗對。再朝廷不僅不予處置調節倒聽任無動衷，袁崇煥、毛文龍二人矛盾激已水火不容勢時，個高高在上的崇禎帝卻絲毫不以為。還整日幻著袁崇煥、毛文龍兩大帥會以國大計黎民蒼生為念，放彼間歧見心協力共抗金（清朝）哪！既崇禎帝和朝廷這糊塗，一固執己見的袁崇煥遂決心自己動手鏟除這個驕橫礙的毛文龍。袁崇煥離京赴任初，內閣大學士錢龍錫曾袁崇煥寓醒他毛文龍難對付。袁崇煥當即示，“可用，用，不可用，殺”。連除掉毛文龍的辦袁崇煥已，他要徑“入軍，斬帥”幹淨落除掉毛文龍，可見袁崇煥對毛文龍早動了殺心。還有一點是在袁崇煥來，鏟除毛文龍的計劃決不可以先稟告崇禎帝。否則一旦被朝中毛文龍耳目偵知，必會打草驚蛇時可麻煩了。
袁崇煥回關寧任上，立即上疏要求朝廷派文臣監東江。結在毛文龍及朝中黨堅決抵終不了了。一回交手失袁崇煥沒有氣餒，轉而從方麵入手繼續敲打整治毛文龍。具措施包括：一、改變朝鮮貢，切斷毛文龍朝鮮方麵的聯；二、實行海禁，不許登州、萊州往東江鎮的私船海，徹底阻斷毛文龍海貿獲渠；、控毛文龍的糧餉軍械，凡是輸往東江鎮的資必須一律先運往寧遠近海的覺華島。經薊遼督師衙門統一節核查而方可轉運至東江鎮；、更東江鎮營，奪回東江鎮級官將的人任免權。這接連幾招幹淨落打，毛文龍的脈罩門立即被袁崇煥死死卡住。毛文龍頓時處處受苦不堪言，他在崇禎帝上書訴苦時稱，袁崇煥是在“攔喉切我一刀”。眼見東江鎮了斷糧斷餉步，氣急敗壞的毛文龍連忙派人赴寧遠索要糧餉。番索餉必免不了幾番曲折，誰竟人順。袁崇煥不僅爽快劃撥十萬餉銀給東江鎮，還示要親臨毛文龍的東江鎮巡視。毛文龍一子被袁崇煥的糖衣炮彈打暈頭轉，他還以為二人間關現轉。殊不知這實是他毛文龍的死期快了。
根據文獻記載，崇禎二（元1629）月二十九日，袁崇煥領一行隨從抵達旅順口十裏的雙島。當晚全無防範戒備的毛文龍亦從皮島趕來，至雙島與督師袁崇煥會麵。六月初一，毛文龍拜謁袁崇煥。時袁崇煥已做幹掉毛文龍的一切準備，他還是希望毛文龍迷途知返為己用。是二人共進茶飯時袁崇煥對毛文龍語心長說，“遼東海，止我兩人，必心共濟，方可功”。麵對袁崇煥的動爭取和拉攏，毛文龍沒有揆審勢態附和倒故左顧右盼而言，盡說什缺餉少械不遂心的牢騷話。袁崇煥仍舊推心置腹交談，希望毛文龍終以國大為，改過從聽督師調遣。毛文龍大言不慚，“關、寧兵馬俱無用，止用東江二千人，藏雲隱霧，一火遂滅了東夷！”言是袁督師根不被他毛文龍放在眼裏。初二，袁崇煥依耐心規勸毛文龍，毛文龍一如既往不以為，二人密談至更方散。初，袁崇煥了牒讓毛文龍交兵權回鄉，對他說：“（毛總兵）久勞邊塞，杭州西湖，盡有樂”。毛文龍繼續不買賬狂妄回複：“久有心，滅了東奴，朝鮮文弱，可襲而有！”見毛文龍如冥頑不，還說要篡取朝鮮這樣大逆不的話，袁崇煥知毛文龍確已無可藥救。當夜裏袁崇煥悄悄密會自己的副將中軍，安排人手準備采取行動。初，袁崇煥犒賞駐守雙島的千百餘東江將士，以督師尊號行文以旅順為界，旅順以東歸東江總兵毛文龍節，旅順以西歸袁崇煥節。這是袁崇煥留給毛文龍的一會，氣焰囂張的毛文龍是不肯遵從。上可見袁崇煥絕非一孤行人，他確已做仁至義盡，而毛文龍實在是死有餘辜。