皇太極奪占察哈爾故地後，袁崇煥馬上意識到事情嚴重性連忙上疏向朝廷預警。奏疏中袁崇煥不無擔心地說，“臣身在遼，遼無足慮。惟薊門單弱，敵所竊窺。請嚴飭前督，峻防固禦，為曰急著”。不久袁崇煥又上一道奏疏，“惟薊門陵京肩背，而兵力不加。萬一夷為向導，通奴入犯，禍有不可者”，“臣守寧遠，寇臣創，決不敢侵犯臣。隻有遵化一路守戍單弱，宜於彼處設一團練總兵”。但袁崇煥兩次上疏都沒能引起崇禎帝足夠重視，就連袁崇煥從寧遠派戍關門的援軍也兵部遣。不幸的是情勢發展果然袁崇煥所言中。崇禎二年（公1629年）十月，皇太極親率十萬大軍繞過關寧錦防線，道長城防線薄弱地。後金軍破邊塞而入直撲明朝首都京，稱“己巳之變”，激烈的京師衛戰由是展開。
戰前後金決策層對於是否攻明朝仍舊頗有顧慮。大都認為此舉雖可獲大利但困難不小，而其中蘊含風險也很大生怕挫敗於明軍堅城利炮下。但雄大略的皇太極為能早日實現入主中原夢想，他本人全力主張對明朝用兵。在皇太極鼎力推動下後金決策層決定暫舍察哈爾蒙古，中全力下攻明朝。崇禎二年（公1629年）十月十五日，皇太極統兵於遼河與蒙古爾沁部、紮魯特部、奈曼、巴、敖漢等部兵馬會師。為爭外藩蒙古諸貝勒支，皇太極次讓諸貝勒大臣及外藩蒙古貝勒討論，應是征明朝還是察哈爾蒙古。眾人依舊議論紛紛並分成兩種相反意見難以達成一致。皇太極當然讚成征明朝，最後在皇太極拍板定案下，後金與蒙古各部聯軍繼續向明朝邊境進軍。不料剛剛過五天事情便起波折。
二十日，後金大軍抵達喀喇沁部青城時。大貝勒代善和二貝勒莽古爾泰夜見皇太極，二人以“勞師遠襲”、“糧匱馬疲”、“眾寡不敵”、“恐無歸路”為由要求班師。平心而論代善、莽古爾泰所慮不虛所言也不假。當年努爾哈赤以數倍優勢兵力尚慘敗於寧遠城下，皇太極攻寧錦又是一番大敗。明朝部署於邊及京畿的軍隊要十數倍於後金，後金此番雖投入精銳主力卻是孤軍入明境，而明朝也必會召全國兵馬前來圍攻。一旦後金軍頓兵堅城之下不能克，寡不敵眾糧草不濟若後路遭阻斷。後金全軍上下包括皇太極在內斷無生路可言，後金政權也將灰飛煙滅。隻是這風險大益也大啊！皇太極甘願冒這個風險。怎奈皇太極當時尚未樹立麵獨尊的權威。與皇太極並坐的兩大貝勒堅撤軍，皇太極也隻得服從。此時嶽托、濟爾哈朗、薩哈廉、阿巴泰、杜度、阿濟格、豪格等貝勒站出來，堅決支皇太極的主張。代善、莽古爾泰見眾謀不與相同也就不堅己見。在這場君臣之爭中皇太極終於占上風，這也是皇太極在軍政權上一次巨大勝利，於是後金大軍繼續向明朝進軍。
君臣意見達成統一，後金大軍徑直朝方向開進。二十四日，後金軍進至老哈河時皇太極將後金軍一分為三，分兵進攻明軍防守鬆懈的長城喜峰口各要塞。濟爾哈朗、嶽托率右翼四旗兵及右翼蒙古諸貝勒兵進攻大口；阿巴泰、阿濟格率左翼四旗兵及左翼蒙古諸貝勒兵進攻龍井關。皇太極與大貝勒代善、莽古爾泰及眾貝勒則率軍向洪山口進發。當時山關以長城防線的防務極為稀垮，穀應泰《明紀事本末補遺》記載，明朝“塞垣頹落，軍伍廢弛，三衛束不的等多攜貳”。對後金軍而言就等於幾乎不設防。至二十八日，三路後金軍在沒有遭到何像樣抵抗情況下，輕鬆攻當麵長城隘口。隘口明軍或死或降或逃無有能抗敵者，負責邊務的薊遼總督劉策潛逃。順利突破明邊長城防線後，三十日，三路後金軍會師於明朝重鎮遵化城下。位於京師東的遵化距離京師僅三華裏。十一月初一，京紫禁城內崇禎帝得警訊當大驚失色，急忙下令戒嚴京師並詔諭全國各地兵馬火勤王。
十月二十日，薊遼督師袁崇煥從寧遠前往山關。途經中後所時得報後金軍已突破長城正向京師進逼。袁崇煥聽聞訊報同樣大吃一驚，他必立出決斷。其實當此緊急時刻袁崇煥有兩種選擇：其一、圍魏救趙。趁著後金主力正於內地入寇，袁崇煥可率關寧鐵騎猛攻後金必定虛的國都盛京（沈陽）。後金王公大臣們的妻小家眷皆留守於沈陽，沈陽若危皇太極必然師救援，到時京師之險便可自解。其二、不惜一切代價馳援京。因路程遙遠時間也有限，關寧軍難以攜帶過多輜重和軍。而還要晝夜不停續行軍，會給將士成嚴重體能消耗。克服以上困難後關寧軍還必準備同後金十萬大軍展開正麵對決，難度之大可想而。兩種選擇中前者無疑在軍事上最佳但袁崇煥並沒有選，因為後者的政性壓倒了一切。自土木之變發生，京城已三個甲子未曾麵臨過戰火。一八十年承平寧換來的是京師各項防備稀鬆怠懈。一旦各地明軍勤王不利而後金大軍又兵臨京城下，其後果將不堪設想。於是袁崇煥緊急命令，離京師最的山關總兵趙率率四精兵火馳救遵化。試圖讓趙率搶於遵化建立第一道防線阻截住後金大軍，直至袁崇煥的大隊人馬趕來。待排部將扼守各處要地後，袁崇煥從寧遠、錦州抽調騎兵、兵急馳進關應援。