到崇禎帝有赦免袁崇煥出獄再啟用讓繼續鎮守遼東，溫仁和梁廷棟二人大為驚恐，深怕自己陷害袁的陰謀敗露是大栽贓誣告力。袁崇煥守遼間為拉攏災荒中的喀喇沁蒙古共同抗擊金，曾賣糧與喀喇沁蒙古。不喀喇沁蒙古時已暗中投靠金，朝賣與喀喇沁的寶貴糧食轉而入到同樣急需糧食的金手中。中袁崇煥的確有失察過，有可況且罪不至死。可溫仁、梁廷棟二人偏偏抓住這個柄不放，一口死咬袁崇煥是在刻“賣糧資敵”。擔心“賣糧資敵”一不足以致袁於死地，二人又在崇禎帝麵袁崇煥擅殺毛文龍一。將袁崇煥的罔顧聖和自作主張，誇大為狂傲不悖逆朝廷以目無君上。溫仁還抓住崇禎帝忌諱掌握兵權的邊帥與內閣大臣勾聯的心結，刻將內閣大學士錢龍錫對袁崇煥的珍視器，袁崇煥與錢龍錫的誌同交，竭力汙蔑為錢龍錫、袁崇煥二人在私夥同成黨圖謀不軌。不不說老奸巨猾的溫仁真摸透了崇禎帝的心思念，在溫仁、梁廷棟的煽風點火推波助瀾，生疑的崇禎帝再認。就算京畿戰不是袁崇煥暗金致，目無君上而且居心叵測的袁崇煥早晚會犯上作亂。這樣的亂臣賊子純屬禍斷不可留，否則留必生禍患。到崇禎帝真了殺心，為國惜才的輔臣周延儒、成、王永光俱上疏欲救袁崇煥，可皇帝剛愎自用不予睬。袁崇煥的老師孫承宗見聖已決不敢再上疏請，至袁崇煥再無生。大學士錢龍錫“私結邊臣，蒙隱不舉”的罪名被崇禎帝獄論死，來在眾臣不斷方才改為發配戌守海衛。
崇禎年（元1630年）八月十六日，崇禎帝禦駕台召見群臣，當眾冷冷宣讀了袁崇煥九項罪名。這九條欽大罪，條條顯露出崇禎帝對袁崇煥的滿腔怨恨。他恨袁崇煥辜負了聖望；他恨袁崇煥膽敢有“不臣心”；他恨袁崇煥破滅了他中興大美夢。崇禎帝對袁崇煥的仇恨是如刻骨以致到了無以複地步。為發泄心中濤濤不絕的恨，殘暴凶戾且又喪心病狂的崇禎帝令，將袁崇煥處以為殘忍的磔刑，即淩遲處死。而袁崇煥的妻妾子女同產兄弟被放千裏。袁崇煥被押赴刑場時，他舍保衛的京師百姓們雲集於沿途至刑場，人們衝著袁唾棄不止叫罵不絕。誰曾到誤、仇恨、淩遲竟成這悲劇英雄，十數年舍生忘死精忠報國換來的全犒賞。臨刑，袁崇煥仍舊念念不忘著他舍報效的國和百姓。他用一跨越生死的超靜地作詩一首留作遺言，“一生業總成空，半世功名在夢中。死不愁無勇將，忠魂依舊守遼東”。當凶狠的劊子手用無比嫻熟細膩的刀一寸一寸地割盡袁軀血肉時，袁崇煥至死不曾發出一聲。顆曾經赤誠澎湃的忠心裏，交織雜陳的盡是當初矢誌報國場景和往昔崢嶸歲月回憶。袁崇煥內心中充盈著無以名狀的辛酸悲憤，連同軀被刀刀臠割時痙攣劇痛交織在一，作兩行淡淡的英雄淚滴落於塵土中。袁崇煥被臠割來的淋漓血肉，被不真群激奮的百姓們爭搶生吃。袁崇煥的錚錚遺骨被憤怒的群眾刀砍斧砸以泄憤（《石匱書集》記載，“割肉一塊，京師百姓從劊子手爭取生啖。劊子亂撲，百姓以錢爭買肉，頃刻立盡。開腔出腸胃，百姓群搶，一節，和燒酒生齧，血齒頰間，猶唾地罵不已。拾骨，以刀斧碎磔，骨肉俱盡”。《季北略》記載，“是時百姓怨恨，爭啖，啖肉，皮骨已盡。心肺間叫聲不絕，半日而止，謂剮。百姓將銀一錢，買肉一塊，如手大，啖，食時必罵一聲，須臾崇煥肉悉賣盡”）。袁崇煥偉岸的身軀快便屍骨蕩無存，剩一顆淒風凜凜的首級被傳送至大九邊，長城上忠勇的將士們彰顯著大皇帝是何仁德威儀。
末一忠臣、傑出名將袁崇煥就這樣含冤而死，死時無餘貲。更可悲的是，當時百姓皆以袁崇煥資敵虜死有餘辜。到清朝入關清廷編修《清太宗實錄》時，真方才大白於，慘死的袁崇煥冤以昭雪是時冤。而縱觀袁崇煥冤死的，金間計不是害死袁崇煥的主。末朝廷暗無日的治鬥爭以皇帝的剛愎疑昏聵無，才是害死袁崇煥的罪魁禍首。實上袁崇煥幾乎躲開了金連布施的間計暗害。他卻終未避開治惡鬥引致的幕黑手，還有從背射來的支支難防暗箭。和熊廷弼一樣，袁崇煥是末激烈治鬥爭中又一個犧牲。誠袁崇煥不是個完人，他格孤迂耿僻輕狂自傲且還不聽揮擅作主張。說白了是個剛愎自用的人，恰巧崇禎帝為人剛愎自用。不可調和的格衝突讓崇禎帝初對袁崇煥的惺惺惜抱以厚望，轉為勢如水火積不容。我們可以說是袁崇煥的格缺陷將自己在渾不覺中逼到絕境死角。