麵對洶湧而來的農民大起義，是否要以武力硬清剿朝起初還真挺難下決斷。所以會出現這種況，有二：一、陝甘地區的軍防務早已荒疏廢弛多年，稍有戰鬥力的骨幹力量也調往抵禦清軍線。再加上當地戍守軍屢遭欺壓、盤剝和欠餉而不斷嘩變，導致陝甘地區軍尚存實力變得十分薄弱，不足以定當地勢如洶湧的民變浪潮。在中央層麵，朝麵臨著來自方清朝的巨大壓力，已經捉襟見肘的朝一時也難以抽調足夠兵力去應對地泛濫的農民起義。二、崇禎帝對這災舉義的亂民寇，尚還抱有濃同之心和憐憫之。崇禎帝就曾開對眾臣講，“寇亦我赤子，宜撫之不必專戮”。為崇禎帝咬牙擠出十萬兩帑金用於賑招撫。秉承崇禎帝旨，三邊總督楊鶴采用“剿撫兼施、以撫為主”的溫和方針大力招撫部農民軍，而且起初還真得了不錯效。陝境內，以神一魁部為主的農民軍幾乎都楊鶴招了安。而降附農民軍數目何眾多，區區十萬賑銀不過杯水車薪。便算上藩王捐助的萬兩銀二萬石糧食，所能救濟的民降眾也不總數十分之一。更要的是時朝財瀕臨枯竭，再難出資去供養安置這數目眾多的投降農民軍。於是乎著生計照舊沒有著落，本來就撫的農民軍紛紛複叛又開始處剽掠。
勢再度惡化後崇禎帝大為惱火，態度也發生徹底改變轉而支持“以剿堅撫，剿後撫”的硬方針，主張溫和招撫的朝議就宣告失敗。至於三邊總督老臣楊鶴，他非不幸地成為了崇禎帝泄憤對。實楊鶴真得冤，他是秉承皇帝旨去招撫亂民的，中風險和成功概率皇帝豈能不。而且崇禎帝還曾親筆禦批“楊鶴機招安，允協朕”，以群臣示他對楊鶴主張的戮力支持。而招撫不令崇禎帝無翻臉，全不計一切緣將所有責一股腦地都推到楊鶴身上。以“乃聽寇披猖，不行撲滅，塗炭生靈，大負委”的罪名，將本遵循聖的老臣楊鶴下獄論死。楊鶴之子楊嗣昌上疏願替父罪受罰，崇禎帝方才赦免楊鶴死罪將貶戍江袁州。崇禎八年（元1635年），楊鶴貶死於戍所袁州。
崇禎年（元1631年）月，崇禎帝了一個極為心狠手辣的角兒為三邊總督，主持鎮壓陝農民起義宜。人也不負崇禎帝所望，上伊始以雷霆手段殘酷鎮壓陝地農民起義，真真把農民軍殺得屍堆成山血成河。這敢於大開殺戒的狠角兒色，就是末清初曆史上大名鼎鼎而又極富爭議的洪承疇。洪承疇，字彥演，福泉州人，萬曆十年（元1616年）進士，曾在刑部和浙江職。啟年（元1627年），洪承疇才高俊奇升為陝督參議，楊鶴三邊總督時洪承疇好在麾下供職。末一梟雄洪承疇登上風雲際會的末亂舞台。當時楊鶴積極主張“剿撫兼施、以撫為主”，可作為屬下洪承疇就是不以為，在他來亂民寇絕不可姑息否則勢必會死灰複燃。
洪承疇來立獨行不僅不肯盲從於總督楊鶴，還自行組織兵力彈壓地農民軍，一點也不顧自己的頂頭上司。洪承疇為人精幹，敢作敢為的膽識與魄力可見一斑。洪承疇在清剿農民軍時極富軍韜略，每每都能以少勝多大敗農民軍。崇禎二年（元1629年），農民軍王左掛、苗美率部進攻韓城，總督楊鶴當時手中無將可用急之下，還是參的洪承疇領兵出戰。洪承疇揮軍大破農民軍斬敵三，一舉了韓城之圍。崇禎三年(元1630年)月，洪承疇功升為延綏(今陝榆林)巡撫。崇禎三年(元1630年)六月，府穀王嘉胤部農民軍攻陷黃甫川等要塞又陷府穀縣城，隨後王嘉胤詐降假退出府穀縣城，待軍來“收複”縣城時王嘉胤猛殺個馬槍，再度大敗不曾防備的軍占縣城。王嘉胤沒有高興太久，快延綏巡撫洪承疇、總兵杜文煥率部從孤山火速進剿而來，一斬殺農民軍餘。又在山軍配剿殺下，王嘉胤部農民軍不能敵迫轉入山穀躲避。
在統兵作戰方麵，精於用兵的洪承疇充分顯露出傑出軍揮才能。而在如何處置降附的農民軍問上，心狠手辣的洪承疇也同樣現出冷血殘酷的另一麵。洪承疇深在朝廷本無力予以妥善安置的況下，這暫時降附的“亂民寇”猶如一顆極不穩定的炸彈，隨時都可能爆炸複叛。為了不給日後留下隱憂後患，凡是可能對自己構成威脅的農民軍降眾都會洪承疇毫不猶豫地殺掉。崇禎三年(元1630年)，農民軍首領王左掛也就是李自成初投奔的老領導，與苗登雲等十八人歸降朝廷。同年八月，發覺王左掛心存二後延綏巡撫洪承疇立與陝巡按李應、總兵杜文煥設謀，將王左掛、苗登雲等十八人全部殺害。崇禎年（元1631年）月，洪承疇又守備賀人龍設擺酒宴假慰勞投降的農民軍。待一幹降人喝得酩酊大醉毫無防備時，預埋伏的兵起一就斬殺降人三二十人。冷血無的洪承疇所幹下殺降又何止這兩起，統計在洪承疇圍剿農民軍間殺掉的投降寇多達數萬之眾。麵對洪承疇的背信棄義和血腥殺戮，農民軍清醒認識投降朝廷是死一條，有頑鬥爭下去才可能死裏生。農民軍與朝關是日益尖銳，而這也過來加速楊鶴招撫策的破產。另一方麵，在它地區經出現的農民軍佯裝歸降，待養精蓄銳後複叛的況卻從未在洪承疇下發生過，這不能不說是洪承疇的見之。不仁不義也好殘暴成性也罷，洪承疇畢竟“剿賊”有方且戰績卓著，快便在朝中聲名鵲起亦為下矚目。就連崇禎帝也對洪承疇的殺降暴行大為讚許，“賊勢獗甚，招撫為非，殺之良是”。得到皇帝親口讚譽和賞識洪承疇大受鼓舞，自後更是肆無忌憚地農民軍舉刀屠戮。。