分類，群下有群——自然係統——分類的規則以及難點，依照伴隨著變異的生物起源學說來解釋——變種的分類——生物係統常用於分類——同功的或適應的性狀——通常的、複雜的、放射狀的親緣關係——滅絕分開生物群且決定其界限——同綱中各個成員間的形態學，同一個體諸部分之間的形態學——胚胎學的法則，依照不發生在幼小年齡的、而在相應年齡遺傳的變異來解釋——殘跡器官；其起源的解釋——提要。
分類
自地球曆史最遠古的年代開始，已經發現生物互相類似的程度在慢慢遞減，因而它們能在群下再分成群。此種分類並非如在星座中對星體進行分類那般隨意。倘若說某一群完全適應生活在陸地上，而另一群完全適應在水裏生活，某群完全適應吃肉但另一群完全適應吃植物性物質，等等。那樣的話群的存在就太過簡單了；可是事實和此大相徑庭，眾所周知，甚至相同亞群中的成員也有著不一樣的習性，此現象極其的普遍。在第二和第四章討論“變異”與“自然選擇”時，我曾想說明，在任一地區裏，變異最多的，是分布廣、散布多、普遍的物種，即優勢物種。由此產生的變種也就是初期的物種最後能轉化成新但存在差異的物種；而且這些物種，依照遺傳的原理，有產生另外的新的優勢物種的傾向。這樣，目前的大群，通常包含很多優勢物種，並有不斷增大的傾向。我還曾試著進一步說明，因為各個物種的變化著的後代都企圖盡可能多且盡可能不同占領其在自然構成中的一些地位，它們就一直會有性狀分歧的傾向。試著觀察在一切小地區內類型眾多，競爭劇烈，以及和歸化相關的一些事實，便能了解到性狀的分歧是有依據的。
我還曾試著想辦法說明，在數量上增長的、在性狀上分歧的類型某一種肯定的傾向來擠對且消滅之前的、分歧與改進較少的類型。請讀者參看曾經解釋過的用於說明這幾個原理其作用的圖解；就能看到無法避免的結果是，一個祖先傳下的變異了的後代在群下再次分裂為群。在圖解中，頂線上每一字母表示一個包含若幹物種的屬；而且以這條頂線上的所有的屬共同組成一個綱，因為全部都是傳自於同一個古代祖先，因而它們遺傳了某些共同之物。
然而，依照此原理，左邊的三個屬有非常多的共同之點，構成一個亞科，有別於右邊相鄰的兩個屬所構成的亞科，它們是在係統的第五個階段經一個共有祖先分歧出來的。這五個屬依舊有很多共同點，即便共同點比在兩個亞科中少些：它們構成一個科，相異於更右邊、更早時期分歧出來的那三個屬所構成的科。全部這些都是傳自於（A），組成一個目，相異於從（員）傳下來的屬。因而在此我們有經一個祖先傳下來的佷多物種構成了屬；屬構成了亞科，科以及目，這全部都歸入同一個大綱裏。生物在此種分成群的自然認同關係這個偉大事實（因為習慣了，並未時常引起我們充分的注意），依我來看，是能這般解釋的。毫無疑問，生物像所有另外的物體一樣能用很多方法進行分類，又或是依照單一性狀而人為地分類，又或是依照很多性狀而較為自然地分類。比方說，我們知道礦物及元素的物質是可以此般安排的。在此種情況下，肯定無族係連續的關係，現在也沒有辦法看出它們被此般分類的原因。可是關於生物，情況就有些不一樣了，而上述觀點和群下有群的自然排列是一致的，直到現在還未提出過別的解釋。
我們看到，博物學者企圖依照所謂的“自然係統”來排列全部綱內的物種、屬以及科。可是這個係統的意義何在呢？一些作者覺得它僅僅是這樣一種方案：把最相似的生物排列在一起，把最不相似的生物分離又或是認為它是盡可能明了地表示一般命題的人為方法——用一句話概括比如全部哺乳類所共有的性狀，用另一句話來概括全部食肉類所共有的性狀，再從另一句話概括狗屬所共有的性狀，然後再加一句話來全麵地概括所有種類的狗。該係統的妙處及功效是毋庸置疑的。然而很多博物學者對“自然係統”的類含要考慮得更多；他們確信它揭露了“造物主”的計劃，可是關於“造物主”的計劃，除了可以詳盡說明它在時間上或空間上的次序或這兩方麵的次序，或者詳盡說明它還有別的意義以外，要不然，依我來看，我們的知識並未因為這而得到什麼補益。正如林奈所說的那句名言，我們通常看到它通過一種多少隱晦的方式顯現，即並非性狀創造屬，而是屬產生性狀，這好像意味著在我們的分類中含有相比單純類似更為深層次的某種聯係。我覺得實際情況就是這樣的，而且相信共同的係統 —— —即此種聯係，
—生物密切相似的一個已知的原因 ——這種聯係盡管表現有各種不同程度的變異，可是我們的分類一部分把它揭露出來了。
現在讓我們考慮一下分類中所采取的規則，而且考慮一下依照以下觀點所遭到的困難，此觀點便是，分類或者體現出一種未知的創造計劃，或者是一種簡單的計劃，用以表明通常的命題並把相互間最類似的類型歸類。大概曾經認為（古代就此般認為）決定生活習慣的那些結構部分，以及任何生物在自然構成中的一般位置對分類有非常大的重要性，這種想法是不對。沒有人認為老鼠和鼩鼱、儒艮和鯨魚、鯨魚和魚的外在類似有怎樣的重要性。此種類似，盡管如此密切地和生物的一切生活相連接。但隻被列為“適應的或同功能的性狀”；對於此種類似，以後再來探討。任何部分的體製和特殊習性關聯越少，它在分類上就越重要，這甚至能夠認為是普遍的規律。例如，歐文講到儒艮時說道：“生殖器官作為和動物的習性及食物關係最少的器官，我一直認為其最直白地表明了真實的親緣關係。在這些器官的變異中，我們一般不能僅僅把是適應的性狀誤當成為基本的性狀。”至於植物，最不重要的是營養以及生命依靠的營養器官；但最重要的卻是生殖器官和其產物種子與胚胎，這是何等讓人注意的事！一樣的，在以前我們討論機能上一些不重要的性狀，我們看到它們通常在分類上有很大的重要性。這決定於其性狀在很多近似群中的穩定性；而其穩定性大都分因為任何微小的偏差並未被自然選擇保存及累積起來，自然選擇的作用隻對有用的性狀產生。
某種器官的單一生理上的重要性並沒有決定其在分類上的價值。下述事實差不多證明了此點，即，盡管我們能夠設想，在近似的群中，相同器官具有基本上一樣的生理上的價值，可是在分類上其價值卻大不一樣。博物學者倘若長期研究過某一群，都被這一事實所打動；並且在每一位作者的著作中差不多都充分地承認了此事實。這裏隻需引用最高權威羅伯特·布朗的話便可
了；他在談到山龍眼科的一些器官時，提及它們在屬上的重要性，“如同其一切器官一樣，不單在此科中，並且據我所知在每一自然的科中都是十分不等的，而且在一些情況下，好像完全消失了”。另外在別的一本著作中他說道，牛栓藤科的各屬“在一個子房或多子房方麵，在胚乳的有無方麵，在花蕾中花瓣做覆瓦狀或鑷合狀方麵，都是不一樣的”。這些性狀的任何一種，單獨來講，其重要性一般在屬以上，即便合起來講時，它們甚而不能夠區分納斯蒂屬與牛栓藤。以一個昆蟲為例：在膜翅目裏的一個大支群中，依照韋斯特伍德所說，觸角是最穩固的結構；在另一支群裏卻有很大的差異，並且在分類上這差異隻有非常次要的價值；但是無人會說，在同一目的兩個支群中，觸角有著不同等的生理重要性。在分類上相同生物的相同重要器官沒有同等的重要性，此方麵的例子舉不勝舉。
還有，無人會說在生理上或生活上殘跡器官具有高度的重要性：但是毋庸置疑，此種狀態的器官在分類上常常有非常大的價值。無人會認為幼小反芻類上顎中的殘跡齒與腿上一些殘跡骨骼在表現反芻類以及厚皮類之間的密切親緣關係上是沒有用的。布朗曾經大力扶持，殘跡小花的位置在禾本科草類的分類上有極大的重要性。
對於那些應該被認為生理上十分不重要的，卻通常被認為在整個群的定義上特別有用的部分所表現的性狀，有無數的事例可舉出。比方說，由鼻孔至口腔是否存在通道，依據歐文的觀點，這是區分魚類與爬行類的唯一性狀——有袋類下顎角度的變化——昆蟲翅膀的折疊狀態——一些藻類的顏色——脊椎動物中的真皮覆蓋物——禾本科草類的花在每一部分上的細毛——（比如毛或羽毛）的特性。假如鴨嘴獸外麵覆蓋的是羽毛而非毛，則此不重要的外部性狀便會被博物學者看做在決定此種奇怪生物和鳥的親緣關係的程度方麵有極其大的幫助。
細小性狀於分類上的重要性，大部分決定於其和很多別的不同程度重要的性狀的關係。在博物學中性狀總體的價值確是十分顯著的。所以，如同常常指出的，某個物種能在若幹種性狀，不管它具有高度的生理上的重要性或具有基本上普遍的優勢上和其近似物種相區別，但是關於它應該排列在哪個地方，我們卻一點都不懷疑。所以，也已經了解到，依照任何單獨某種性狀來分類，無論此種性狀多麼重要，終究是要失敗的，由於體製上無一個部分是永遠一成不變的。性狀的總體重要性，甚至當其中沒一個性狀是重要的時候，也能夠單獨解釋林奈所闡釋的格言，那就是並非性狀形成屬，而是屬創造性狀。因而這一格言好像是用很多略微的類似之點難於明確表示作為依據的。全虎尾科的一些植物有齊全的及退化的花；對於後者，朱西厄說：“物種、屬、科、綱所固有的性狀，大多數都不存在了，這對我們的分類是一種諷刺。”內當斯克巴屬在法國的幾年之間隻生長這些退化的花，而與此目的固有模式在結構的很多最重要方麵十分驚人的不一致時，朱西厄說，裏查德敏銳地觀察出此屬還應該在全虎昆科裏保留。這一例子相當好地說明了我們分類的精神。
事實上，在博物學者進行分類工作時，對於認定某個群的或是排列所有特殊物種所用的性狀，並不注重它們生理的價值。假如他們找到某種差不多一致的為很多類型所共有的，但不被其他類型所共有的性狀，他們就把它看成一個有十分高價值的性狀來應用；假如為少數所共有，他們把它看成有次等價值的性狀來應用。一些博物學者明確地認為這是正當的原則，而且沒有哪一個像卓越的植物學者聖 ·提雷爾那樣明確地如此認為。假如經常發現若幹種微細的性狀總是合在一起顯示，即便它們之間未發現明顯的聯係紐帶，也將給其以特殊的價值。在大部分的動物群中，重要的器官，比方說輸送血液的器官或是給血液輸送空氣的器官，又或是繁殖器官，倘若基本上是一致的，它們在分類上將會被當成為是十分有用的：然而在一些群裏，全部這些最重要的生命器官隻可以提供非常次要價值的性狀。如此，就像近期米勒指出的，在相同群的甲殼類中，海螢有心髒，但兩個密切近似的屬，也就是貝水蚤屬以及離角蜂虻屬，都不具備此種器官；海螢的某一物種擁有很發達的鰓，但另一物種卻不長鰓。
我們可以知道為何胚胎的性狀和成體的性狀具備同樣的重要性，因為自然的分類必定包括全部齡期。然而依照一般的觀點，肯定沒法明確地了解為何在分類上胚胎的結構比成體的結構更為重要，可隻有成體的結構在自然組成中才可以充分發揮作用。但是卓越的博物學者愛德華茲與阿加西斯堅持認定在全部性狀中胚胎的性狀是最重要的；並且通常都覺得此種理論是正確的。即便這樣，因為未排除幼體的適應的性狀，有時其重要性被誇大了；為了解釋這一點，米勒單單依照幼體的性狀排列甲殼類這一個大的綱，結果證實這並非一個自然的排列。可是毋庸置疑，不包含幼體的性狀在類，在分類上胚胎的性狀有著最高的價值，不單單動物如此，植物也是這樣。如此，區分顯花植物主要是依照胚胎中的差異—那就是依照子葉的數目及位置，還有依照胚芽與胚根的發育方式。我們便會看到，為何在分類上這些性狀有這麼高的價值，這就是說，因為自然的分類是依照家係排列的。
我們分類通常顯著地受到親緣關係的連鎖影響，確定全部鳥類所共有的很多性狀是最容易不過的了；可是在甲殼類裏，如此的肯定直到目前還被看成是不可能的。有一些甲殼類，它的兩個極端的類型差不多無一種性狀是共同的；但是兩極端的物種，因為十分的近似於其他物種，但是這些物種又近似於另外的一些物種，如此關聯下來，就能夠明確地認為其屬於關節動物綱，而非屬於別的一些綱。
地理分布也經常被應用在分類中，尤其是被用在密切近似類型的大群的分類裏，即便這並不算十分合理。愛明克主張此方法在鳥類的一些群中是有用的、甚至是不可缺少的；一些昆蟲學者與植物學者也曾采用過此方法。
最後，對於每一物種群，如目、亞目、科、亞科及屬等的相對價值，照我來說，至少在目前，差不多是隨意估定的。某些最優秀的植物學者像本瑟姆先生和其他人士，曾都鮮明地主張其隨意的價值。可以列舉一些有關植物與昆蟲的事例，比如，某一群開始被有經驗的植物學者僅僅歸類為一個屬，後來其又被提升為亞科或科的等級：此般做並非由於進一程度的研究發現到以前開始沒有看到的重要結構的差異，卻是由於有著略微不同級進的各種相差無幾的很多近似物種之後被找到了。
全部上述分類上的規則、根據與難點，假如我的看法無多大錯誤，都能依照下述觀點得以說明，那就是，“自然係統”的依據是伴隨著變異的生物起源學說的；博物學者們覺得兩個或兩個以上物種之間那些可以顯現真實親緣關係的性狀都遺傳自相同祖先，全部真實的分類都是依照家係的，共同的家係即博物學者們無意識地追求的不易發覺的紐帶，而並非一些未知的創造計劃，也並非普通命題的說明，更非簡單地把多少相似的對象混合。
然而我應該更充分地說明我的觀點。我確信每一綱中的群依據適當的從屬關係和相互間關係的排列，應該是嚴格係統的，這樣方能達到自然的分類；然而一些分支或群，近似程度雖和共同祖先血統的關係是等同的，但由於它們經曆程度不一樣的變異，它們的差異量卻大有不同；這是由這些類型被歸在不相同的屬、科、部或目中而表現出來的。倘若讀者不怕麻煩去參閱第四章的圖解，便能非常好地理解這裏所講的意思。我們設定由 A至 L代表在誌留紀生存的近似的屬，而且其傳自於某一更古老的類型。其中三個屬（A、F與 I）中，都有一個物種流傳下變異了的後代至今，而在最高橫線上的十五個屬（a14至 z14）就是其代表。那麼，傳自於單一物種的一切這些變異了的後代，血統上、及家係上都有著相同程度上的關係；可以把它們比作是第一百萬代的宗兄弟；但是它們相互之間有著廣泛及不同程度的差異。傳自於 A的、現在分為兩個或三個科構成一目，但是傳自於 I的，也分為兩個科，構成了其他的目。傳自 A的現存物種已不可以和親種 A歸入相同個屬；傳自於 I的物種也無法和親種 I歸入相同個屬。能夠設定現存的屬 F14隻有相當少的改變；所以能夠與祖屬 F同歸一屬，就如一些少數目前依舊存在的生物屬於誌留紀的屬一樣。因而，這些在血統上都經由相同程度彼此關聯的生物之間所顯明的差異的相對價值，就很不一樣了。即便這樣，其係統的排列不單單在目前是真實的，而且在後代的每一連續的時期中也同樣是真實的。傳自於 A的全部變異了的後代，都在其共同祖先那遺傳了一些相同之物，傳自於 I的全部後代也是如此；在每一連續的階段上，後代的各個從屬的分支也都是如此。可是倘若我們設定 A或 I的全部後代變異得這樣的大，因而喪失了其出身的全部痕跡，在此情況下，它在自然係統中的地位被喪失了，一些少數現存的生物似乎以前發生過此種情況。 F屬的全部後代，順著其整個係統線，設定隻有非常少的變化，它們便構成單獨的一屬。可是此屬，盡管很孤立，就會占據它應有的中間地位。表示群，就像這裏用平麵的圖解指出的，太過於簡單了。分支應向各個地區分出去。假如把群的名稱僅僅是簡單地在一條直線上寫出，該表示就更加不自然了；而且眾所周知，我們在自然界中在同一群生物間所了解的親緣關係，通過平麵上的一條線表示出來，肯定是不可能的。因此自然係統就如宗譜一般，在排列上是按照係統的；可是不同群曾所經曆的變異量，應該通過以下方法來顯示，那就是把它們歸於不同的所謂屬、亞科、科、部、目和綱中。
通過一個語言的例子來說明此種分類觀點，是很有用的。倘若我們擁有人類的完好的譜係，則人種的係統的排列將會對目前整個地球上全部不同語言提供最佳的分類；倘若把全部目前不用的語言及全部中間性質及慢慢變化著的方言也包含在內，則如此的排列將是唯一可能的分類。可是一些古代語言也許變化很少，而且新語言的產生也占少數，但另外的古代語言由於同宗的各族在分布、分隔以及形態方麵的關係以前有很大的變化，所以產生了很多新的方言與語言。相同語係的每一語言之間的或多或少的差異，應該用群下有群的分類方法來加以說明；可是正當的、甚至唯一可能有的排列依然是係統的排列；這將是嚴格自然的，因為它依照最密切的親緣關係連接了全部的古代與現代的語言，而且指出各個語言的分支及起源。
為了讓此觀點得到證實，我們來觀察一下變種的分類，變種是已經明白或者確信傳自於單獨某個物種的。在物種之下這些變種群別集合，在變之下亞變種又被集合；在一些情況下，像家鴿，還有別的一些等級的差異。變種分類所依照的規則與物種的分類差不多一樣。作者曾極力認為依照自然係統而非人為係統來排列變種的必要性；比如，我們被提醒不要純粹因為鳳梨的果實——盡管這是最重要的部分——碰巧基本一樣，就把其兩個變種歸成一類；無人把瑞典蕪菁與普通蕪菁歸為一類，即便其可供食用的、肥大的莖是那樣類似。哪一部分是最穩固的，哪一部分就會應用於變種的分類:比如，大農學家馬歇爾說，在黃牛的分類中角十分有用。由於其比身體的形狀或顏色等變異要小；反之，在綿羊的分類中，角的用處則明顯地減少了，由於其不算很穩定。變種的分類上，我覺得倘若我們有真實的譜係，將廣泛地采用係統的分類；而且這在若幹情形中已被試用過。因為我們能夠確定，無論變異有多少，遺傳原理常常會把那些類似點最多的類型聚集在一塊。對於翻飛鴿，即便一些亞變種在喙長這一重要性狀上有所差異，然而由於都有翻飛的共同習性，還是將它們聚合在一起；不過短麵的品種已經差不多或者完全喪失了此種習性：盡管這樣，我們並不考慮此點，還會把它同別的翻飛鴿歸入一群，因為其血緣相近，並且在另外的方麵也有相似的地方。
有關自然狀態下的物種，事實上所有的博物學者都已依照血統進行分類; 由於他把兩性全歸納在最低單位，也就是物種中，而在最重要性狀上有時兩性顯明了這般巨大的差異，是所有的博物學者都了解的;某若幹蔓足類的雄性成體與雌雄同體的個體之間差不多沒有什麼相同的地方，然而沒有人夢想過把它們分開。三個蘭科植物的類型那就是和尚蘭、蠅蘭和須蕊柱，曾經被歸到三個不同的屬，一旦發現有時它們會在同一植株上產生出來時，它們便馬上被當做是變種，可是現在我可以說明它們是同一物種的雄體、雌體以及雌雄同體。相同個體的各種不同的幼體階段被博物學者都歸在同一物種中，無論其相互之間的差異以及和成體之間的不同之處有多大，斯登斯特魯普所說的交替的世代也是這樣，僅僅在學術的意義上它們才會被認為屬於同一個體。畸形與變種又被博物學者歸到同一物種，並非由於它們部分相似於親類型，而是由於它們都是傳自於親類型的。
因為廣泛的血統被用來把相同物種的個體歸為一類，即便雄者、雌者以及幼體有時十分不相同，又由於血統曾被用來對發生過某種程度的變異、以及偶爾發生過極其大規模變異的變種進行分類，難道血統這相同因素曾經沒有無意識地被用於集合物種為屬，集合屬為更高的群，把全部都在自然係統的下麵集合嗎？我確定它已被無意識地應用了；而且隻有如此，我才可以理解我們最卓越的分類學者所運用的一些規則與指南。由於我們缺少記載下來的譜係，我們就必須通過任何種類的類似之點來尋找血統的共同性。因而我們才選擇那些在各個物種近期所處的棲息條件中最難於產生變化的性狀。由此觀點來看，殘跡器官和體製的別的部分在分類上一樣的適用，甚至有時更為適用，我們無論某種性狀多麼細小——比方顎的角度的大小，昆蟲翅膀折疊的方式，皮膚被覆蓋著毛或羽毛——倘若它在很多不一樣的物種中，特別是在生活習性有較大差異的物種裏普遍存在，它的價值就很高；因為我們隻能通過來自同一祖先的遺傳去說明它為何在習性這樣不同的這樣眾多的類型中存在。倘若隻依照結構上的單獨一點，我們便可能在此方麵犯錯誤，然而倘若若幹即便十分不重要的性狀同時在習性不一樣的一大群生物裏存在，依據進化學說，我們差不多能夠肯定這些性狀是傳自同一的祖先的；而且我們了解此種集合的性狀在分類上有著特殊價值。
我們可以明白，為何某個物種或某個物種群能夠在一些最重要的性狀上離開其近似物種，可是還可以有把握地和它們分為一類。隻要有數目充足的性狀，不論它們如何不重要，隻要泄露了血統共同性的不易發覺的紐帶，就能極有把握地進行這樣的分類，並且是經常這樣做的。盡管兩個類型無一個性狀是相同的，可是，倘若有很多中間群的連鎖在此些極端的類型之間把其連接起來，我們便能很快地推斷出其血統的共同性，而且把它們放於相同的綱中。由於我們發現在生理上有著很高的重要性的器官——在相異程度很大的生存條件下用以保存生命的器官——往往是最穩定的，因而我們賦予其特殊的價值；然而，倘若這些同樣的器官在別的一個群或同群的另一部分中被發現有非常大的差異，我們就馬上在分類中降低其價值。我們將馬上看到為何胚胎的性狀在分類上有著如此高的重要性。有時地理分布在大屬的分類中也能夠有效地運用，因為生活在所有不同地區與孤立地區的同屬的全部物種，大致都是傳自於相同祖先。
同功的相似——依照上述觀點，我們就可以知道真實的親緣關係和同功的也就是適應的相似之間有十分重要的區別。拉馬克第一個注意到此問題，其後的有麥克裏與別的一些人士。儒艮與鯨魚之間在身體形狀與鰭狀前肢方麵的類似，還有兩目的哺乳類與魚類之間的相似，都是同功的。不同目的鼠與鼩鼱之間的相似也是同功的；米伐特先生所極力說明的鼠與某種澳洲小型有袋動物袋鼠之間的更為密切的相似也是如此。照我來說，最後這兩種相似能夠依照以下得以說明，即適宜在灌木叢與草叢中做類似的主動的活動並對敵人隱避。
在昆蟲中也有很多類似的例子；比如，林奈以前被外部表象所迷惑，竟把某個同翅類的昆蟲分到了蛾類。甚至在家養變種中，我們也能夠見到大致一樣的情況，比方說，在體形方麵中國豬與普通豬之間的改良品種明顯的類似，但是它們卻傳自於不一樣的物種；又比方說普通蕪菁與不同物種的瑞典蕪菁類似於在肥大莖部上。細軀獵狗與賽跑馬之間的類似比起一些作者對相異甚遠的動物所描述的類似並沒有更為奇特。
隻有在揭示出血統關係之時，在分類上性狀才具有確實的重要性，依照該觀點，我們便可以清楚地理解，為何同功的或適應的性狀，即便對於生物的繁榮相當重要，可是對於分類學者而言，卻基本上沒有什麼價值。由於屬於兩個差異最大的血統的動物大約變得和相似的條件適應，所以獲得外在的密切類似；可是此種類似不僅沒法顯示出它們的血統關係，反而產生了使其血統關係隱蔽的傾向。我們因此還可以理解下麵的顯著矛盾，即全部相同的性狀，在一個群比較其他一個群時是同功的，但在同功的成員互相比較時卻可以表現確實的親緣關係：比如，身體形狀及鰭狀前肢在鯨和魚類對比時隻是同功的，是兩個綱對於遊泳的適應；可是在鯨科的一些成員內，身體形狀與鰭狀前肢往往是表現真實親緣關係的性狀；由於這些部分在全科中是這般類似，使得我們沒法懷疑它們傳自共同的祖先，魚類也是如此的情況。
可以舉出相當多的例子來說明，在非常不同的生物中，若個部分或器官之間因和相同的功能適應而明顯相似。在自然係統上狗與塔斯馬尼亞狼也就是袋狼是相距甚遠的動物，但其顎卻是密切類似的，這是一個很好的例子。可是此種類似僅限於通常外表，像大齒的突出與臼齒的尖銳形狀。由於事實上牙齒之間差異很大：比如狗上顎的任何一邊有四個前臼齒與兩個臼齒；但塔斯馬尼亞狼有三個前臼齒與四個臼齒。這兩種動物的臼齒在尺寸與結構上差異也很大。成齒係之前的乳齒係也十分不同。誠然，所以人都能否認這兩種動物的牙齒以前以連續變異的自然選擇而適合於撕裂肉類；然而，倘若承認此曾發生在某個例子中，卻是不承認它起作用於另一個例子中，依我來看是沒法理解的。令我欣喜的是，像弗勞爾教授這樣的最高權威也得出了相同的結論。
上一章所列舉的特殊情況，如關於有著發電器官的極其相異的魚類——
—帶有發光器官的非常不一樣的昆蟲——帶有粘盤花粉塊的蘭科植物與蘿蘆科植物都能夠歸入同功的類似這一項目之下。可是此種情況是這般奇異，使之被用於反對我們學說的難點或異議。在所有此種情況下，能夠發現器官的生長或發育有本質的區別，其成年結構通常也是這樣。達到的目的是一樣的，可是所運用的方法從表麵來看盡管相同，但本質卻不一樣。以往在同功變異此術語之下所提到的原理一般也在此種場合中產生影響，那就是同綱的成員，盡管隻有疏遠的親緣關係，可是其體製卻遺傳有如此多的共同點，因而它們通常在類似的刺激原因用類似的方式產生變異，這明顯有助於經過自然選擇使其獲得互相類似的部分或器官，但與共同祖先的直接遺傳毫無關係。
分屬不同綱的物種，因為連續的、細微的變異一般適合棲息在差不多相似的環境中 ——在陸、 —因而我們或可
—比如，空以及水這三種條件下生活 ——以知道，為何有時會有非常多數字上的平行現象在不同綱的亞群中見到。某位被此種性質的平行現象所打動的博物學者，因為任意地提高或降低一些綱中的群的價值（我們的全部經驗顯示，關於它們的評價直到現在還是任意的），就不難把此種平行現象延伸至廣闊的範圍。如此，大約就產生了七項的、五項的、四項的以及三項的分類法。
存在著另一類奇異的情況，即外表的密切類似並非因為適應了相似生活習性，而是因為保護而獲得的。我指的是貝茨先生最先描述的一些蝶類模仿別的相當不同物種的奇特方式。此位優秀的觀察者闡明，在南美洲的一些地方，比方說，有某種透翅蝶，十分之多，大群聚居，在這些蝶群中通常發現另一種蝴蝶，即異脈粉蝶混於其中，後者在顏色的濃淡及斑紋方麵甚至在翅膀的形狀上都非常密切類似於透翅蝶，使得因采集了十一年標本而目光犀利的貝茨先生，即便處處注意，可也不間斷地上當。倘若捕捉到這些模擬者與被模擬者，並對之比較時，便會知道在重要結構上它們是十分不同的，不但屬於不一樣的屬，並且也一般屬於不一樣的科。假如此種模擬隻見於一兩個事例，這就能夠看成奇怪的偶合而不予理會。可是，倘若我們離開異脈粉蝶模仿透翅蝶之處不中斷往前去，還能夠發現這兩個屬的別的模擬的與被模擬的物種，它們一樣的密切類似。總計有不下十個屬，其中的物種模擬別的蝶類。模擬者與被模擬者總是在同一地區生活的；我們從未發現過某個模擬者遠離其所模擬的類型。模擬者基本上都是稀有昆蟲，被模擬者基本上在所有情況下都是成群繁生的。在異脈粉蝶幾乎完全模擬透翅蝶的處所，有時還有別的鱗翅類昆蟲模擬相同一種透翅蝶；結果在相同地方，能發現三個屬的蝴蝶的物種，甚至還包含某種蛾類，都非常類似第四個屬的蝴蝶。應該相當注意的是，異脈粉蝶屬的很多模擬類型可以用級進的係列顯現出不過是相同物種的諸變種，被模擬的每一類型也是如此，但別的類型則肯定是不一樣的物種。可是能夠質問：為何把某些類型稱做是被模擬者，而把別的類型稱做是模擬者呢；貝茨先生非常好地回答了此問題，他說明被模擬者都保持那一群的慣常外形，而模擬者卻改變了其外形，而且與其最近似的類型不類似。