在布斯暗殺總統的瞬間，和總統一起坐在包廂的萊斯本少校一躍而起試圖抓住凶手。但是他失敗了，因為布斯猛地用刀刺他。他的胳膊被刺了幾道深深的傷口。布斯掙脫萊斯本少校的控製，他越過距離包廂十二英尺的護欄，跳到舞台地板上。在他跳的時候，他被掛在總統包廂的星條旗絆倒了。他狠狠地摔了一跤，一根馬刺紮進了他的左腿。
他立刻感到一陣鑽心的痛，但是他毫不猶豫，絲毫沒有退縮。他正創造自己事業的巔峰：這一幕足以使他永久成名。
很快反應過來以後，他揮舞著手中的刀，大喊著弗吉尼亞的口號：“暴君就該有如此下場！”他向下跳到舞台上，用刀刺傷了剛巧路過的一名音樂家，打倒了一名女演員。他衝出後門，跳上早已等在那裏的一匹馬。他舉起槍頭打倒了看馬的“皮納德·約翰”，飛快騎馬而逃了。黑暗中馬兒的鐵蹄與腳下的石子摩擦出陣陣火花。
他已經在城裏逃了兩英裏了，途經了國會大廈。月亮掛上樹梢的時候他來到了阿納克斯提娜橋。在這個聯邦崗哨負責守衛的科伯立刻掏出槍和刀，質問道：
“你是誰？為什麼這麼晚了還要出去？你不知道任何人九點以後不得出城嗎？”
布斯慌忙中說出了自己的真實姓名。他說他住在查爾斯郡，來城裏辦事的，他等月亮升起照亮他回家的路。
聽起來似是而非，但是不管怎麼說，戰爭都已經結束了，有什麼大驚小怪的呢。於是科伯警衛放低了他的刀槍，給他放行了。
幾分鍾以後，布斯的一個同夥以類似的理由通過了那個崗哨，和布斯在約定的地點會合。他們沿著馬裏蘭州低窪地帶的隱蔽處繼續前進，夢想著回到南方時人們會為他們喝彩。
半夜時候，他們在蘇拉特維爾的一家酒館停了下來；衝洗他們已經氣喘籲籲的馬兒；要回了當天下午蘇拉特夫人留在那裏的望遠鏡、槍支和彈藥；喝了價值1美元的威士忌；宣稱他們已經槍殺了林肯，連夜飛奔到這裏。
他們原本打算從這裏徑直趕往波托馬克河，次日一早到達河邊，隨即劃船趕往弗吉尼亞。聽起來容易，如果不是因為一件事，他們那樣做了的話永遠都不會被抓到。他們沒有想到布斯的腿受傷了。
但是盡管忍受著疼痛，盡管那根斷掉的馬刺，用布斯自己的話說“馬兒每跑一步時都在撕裂他的血肉”，他仍然以斯巴達人的堅韌不拔連夜飛奔。最後在他忍無可忍的時候不得不躺在馬背上了，於是他和赫洛德決定改變前進的方向，策馬向左方奔去。這天是星期六，黎明即將到來的時候他們在一個名叫馬德（塞繆爾·馬德）的鄉村醫生家門口停了下來。這裏距離東北方的華盛頓有二十英裏遠。
布斯身體虛弱，劇痛難忍，無法自己下馬。他隻能被從馬上抬下來，呻吟著被抬到樓上的房間。由於這個偏遠的地方沒有電報也沒有鐵路，當地人還不知道總統被殺的消息。因此，醫生沒有起疑心。布斯怎麼傷了自己的腿呢？那很簡單，就像他自己解釋的——他從馬上摔了下來。馬德醫生像醫治其他任何病人一樣醫治布斯。他幫他拔出馬刺，接好斷骨，用由紙盒製作的夾板加以固定，還給了他一雙鞋。
布斯那一整天就待在馬德家裏，但是黎明到來的時候他忍著疼痛從床上爬了起來，沒有吃任何東西。他剃掉了他那英俊的小胡須，用一條長長的圍巾捂著自己的肩膀，這樣告密者就看不到他右手上被圍巾末端擋住的字母紋身。他還戴上了一組假胡須。給了醫生25美元之後，他們再次跨上馬背，向著那條希望之河奔去。
很快他們就被一片巨大的沼澤地擋住了去路。纏結著灌木和山茱萸的滿是泥濘的死水塘是蛇和蜥蜴出沒的地方。黑暗中，這兩個騎馬人沒有找到出路，徘徊了幾個小時後他們迷路了。
深夜，他們被一名叫奧斯瓦德·斯沃恩的黑人救了。布斯的腿極其疼痛以至於他沒法騎馬，於是他給了斯沃恩7美元讓他用貨車拖著他走。星期天黎明破曉的時候，黑人將自己的騾車停在了“富翁希爾”的家門前。他就是有名有錢的邦聯軍考克斯上校。
這樣布斯結束了自己亡命逃跑的第一階段。
他告訴考克斯上校他的身份和他所做的事，為了證明他的身份，他把手上用墨汁所刺的字母紋身給他看。
他以母親的名義請求考克斯上校不要背叛他，他已經是又病又殘，痛苦不堪。他聲稱他自認為自己的所作所為是對南方有利的。
布斯現在的情況是不管是騎馬也好坐車也好，都無法再繼續前行了。因此考克斯把這兩個人藏在了他家附近的鬆樹叢中。這裏不光是灌木叢，更是一個未發育完全的叢林，底下長滿了月桂和冬青。在接下來的六天五夜中，他們在那裏等待布斯的傷勢好轉，好繼續趕路。
考克斯上校有一個抱養的兄弟，名叫湯姆斯·瓊斯。他是一個奴隸主，多年來一直是南方政府的積極代理人，幫助政府在波托馬克河運送逃犯和禁運郵件。考克斯讓他去照顧布斯和哈羅德。於是每天早上他都要用籃子去給他倆送食物。他知道每條道路都在搜查中，偵探無處不在。於是提籃子的時候他會喚豬，假裝給家畜喂食。
布斯在饑餓中等待著食物，但他對消息的渴望超過食物。他祈求瓊斯給他帶去相關消息，讓他知道全國都在為他喝彩。
瓊斯給他帶去報紙，布斯如饑似渴地看報，但是除了醒悟和悲傷，沒有看到人們對他任何的熱烈稱讚。
在之前去往弗吉尼亞的三十多個小時的逃亡路上，他忍受了肉體的折磨。雖然這是殘暴的，但是跟精神上的苦悶折磨比起來，這不算什麼。他認為北方的狂怒無關緊要。但是當他看到弗吉尼亞的報紙載明南方也譴責他不承認他時，他幾乎要絕望得發狂了。他原本夢想著自己會被歌頌成第二個布魯圖或是現代的威廉·泰爾。可是現在自己被指責是懦夫、傻瓜、唯利是圖的殺手。
這些抨擊像毒蛇一樣咬他，死一樣難受。
但是他有沒有自責過呢？沒有。不僅不自責，他還指責其他所有人——除了他自己和上帝以外的所有人。他隻是充當了上帝手中的一件工具而已，這就是他的自我辯護。他是奉了聖命槍殺亞伯拉罕·林肯的，唯一的錯誤就是他一直在為不懂賞識他的“太墮落”的人民效勞。他在日記裏用到了“太墮落”一詞。