蔣介石在其下野之前，就事先把湯恩伯的京滬警備部擴大為京滬杭總司令部，湯恩伯任司令。
大權在握，重兵在手的湯恩伯根本不把李宗仁放在眼裏。
一九四九年的一、二月間，國民黨政府國防部開會研究長江作戰計劃時，剛剛接任郭汝瑰為作戰廳廳長的蔡文治提出，江防的重點應以南京為中心，確保南京的安全。但身為京滬杭警備總司令的湯恩伯秉承蔣介石的“旨意”，竭力反對這一方案，並堅持把主力放在江陰以東地區，以上海為防禦重點。兩人發生激烈爭執，湯恩伯勃然大怒，不顧代總統李宗仁在場，揚言要槍斃蔡文治。依仗著蔣介石的信任和重用，手握重兵的湯恩伯顯然根本就不把代總統李宗仁放在眼裏，與會的將領們也沒有人敢公開支持李宗仁。
此後，湯恩伯繼續置李宗仁的主張於不顧，不折不扣地貫徹蔣介石重點防禦上海的意圖，還秘密地將一些大炮運往上海。位於南京孝陵衛的京滬杭總司令部，也經常控製著一二百輛卡車，隨時準備撤離。
李宗仁雖然怒不可遏，但又無可奈何。蔣介石早就安排好了這一切，李宗仁要錢沒錢，要兵沒兵，就連國庫裏僅有的一億六千萬美元的黃金儲備也被蔣介石組織運到了台灣，他連幾萬元的勞軍費用都無法調用，在這種情況下，李宗仁想加強長江防衛計劃當然也無法貫徹，毫無辦法，以致他在若幹年後回憶時仍顯得十分無奈：“要阻止敵人渡江，首先要把湯恩伯撤職，但是湯氏手握重兵，何應欽、顧祝同又不敢哼一聲，“我當然也無法撤換他，隻好眼睜睜地看他胡來。”
為確保岌岌可危的首都南京，在兵力及財力、物力捉襟見肘的情況下，李宗仁還是想盡一切辦法來加強防禦。
國民黨南京衛戍總司令部組建了南京城防委員會，擬定了“使敵人疲憊於堅城之下”的城防計劃，“以城垣工事為核心，加築一道水泥工事為外圍，然後配合野戰工事的守備，形成三道可靠的堅強地帶”。在兵力部署上，以第二十八、第四十五、第九十九軍擔任南京城防，其中第二十八軍守備長江北岸江浦、浦口等陣地。
為了配合南京城防，湯恩伯特意派來了他的親信秦亦之前來任南京衛戍副總司令。自己則跑到了上海，加固上海城防工事，把南京城丟給了秦亦之。
一九四九年的春節，也是蔣介石在大陸過得最後一個春節。這個春節蔣介石在浙江奉化老家過了一個讓他終生難忘春節。
春節後的第三天，毛人鳳專程飛到浙江奉化給蔣介石拜年。毛人鳳在浙江奉化秘密接受了蔣介石的密令後回到南京。
回到南京後的毛人鳳立刻組織人員召開會議，這一次會議讓所有與會者大吃一驚。
毛人鳳臉色凝重的看著在座的眾人道：“目前共軍沉兵江北，時刻都有渡江之意。一旦共軍過江，未來形勢可想而知。各位都是黨國幹才，國家棟梁，校長有令！”
眾人聽罷呼啦一下全部站了起來，毛人鳳擺擺手道：“坐吧！”
眾人再次落座之後，毛人鳳說道：“奉校長之命，保密局即日起分成兩部分，一部分逐漸遷往上海，在上海成立臨時指揮部，由我帶領一部分人前往上海協助湯恩伯總司令加固京滬杭的防禦，我們的主要任務是抓捕共黨地下分子，大力破壞和搗毀共黨在各地的地下組織，同時針對那些心向共黨的各界人士進行逐個監督和甄別，對那些頑固不化分子，就隻有一個字：殺！絕不留情。南京方麵由徐誌道副局長主持大局，繼續協助李代總統做好清剿共黨的工作，從而確保南京城不被共黨地下組織破壞！”
眾人聽罷相互看著，誰也不知道自己將被留在南京還是跟著毛人鳳前往上海。
毛人鳳看著議論紛紛的眾人清了清嗓子說：“目前李代總統正在與共黨談判，如果談判能夠按著我方意願達成，那麼我們就可以繼續留在南京，據長江天塹之險，以長江為界，劃江而治。待日後再圖江北。若談判不成功，那麼我們就要隨時遷往上海，南京就要靠徐局長撐下去了。”