黃藥師的父母，叔伯兄弟，盡皆死於這場滅門慘禍，這在幼年的黃藥師心中，留下不可磨滅的印記。◎頂點說，
他開始流落江湖，在市井之中掙紮求生。因為黃裳神功初成，還未來得及在家族之中留下傳承，便迫不及待地去驅除明教。所以此時的黃藥師，是絲毫武功也不會的。
一個根本不會武功的人，在江湖上行走，生活之艱難可想而知。在這連番的磨難之中，黃藥師的性格也漸漸地變了，變得憤世駭俗，跟他人格格不入。
或許，正是因為自己也有過滅門之禍，所以在嘉興遇到程英的時候，黃藥師才會毫不猶豫地出手，救下程英，甚至收她為徒。
不然，以東邪黃藥師的秉性，才懶得管閑事呢，他又不是那些虛偽的所謂大俠。
或許也正是因為黃藥師在市井之中也曾經招人歧視鄙夷，被人看不起，所以看到了身世品行和曾經的自己如此相像的楊過，他才會那般的親昵吧！
主動替楊過療傷，教楊過如何發揮出自身深厚的內力，甚至楊過都還沒拜師，黃藥師就把自己壓箱底的絕技彈指神通和玉簫劍法傳授給了他。
要知道，即使是此時的趙浪，尚且沒有被黃蓉傳授這兩門絕學啊！黃藥師對楊過的偏愛，可見一斑。
不過，和楊過比起來，黃藥師無疑是幸運的，因為他好歹還有一個出自逍遙派的祖父。
逍遙派雖然勒令黃裳不可使用傳授逍遙派的武功，但是逍遙派的傳承，遠不止單純的武功。
醫卜星相、陣法煉丹也是逍遙派的強項。而關於這些知識的書籍，黃府並不缺少。
黃藥師幼年便好讀書，立誌當一名救死扶傷的名醫，故醫書讀得最多。十三歲滅門之時，黃藥師在醫術上已經頗有成就，在江湖上能在醫術上壓過他的人，不沒有，卻也少之又少。
不過，經過了滅門慘禍，在市井之上見到了人情冷暖，原本滿懷熱枕的黃藥師心冷了。
他不再立誌當什麼名醫，他要練武，他要變強。
他開始效仿多年前的逍遙派前輩薛慕華，醫一人，換一門絕技，以醫術換取武功秘籍。
為了不引起仇家的關注，黃藥師在行醫時，蒙麵隔簾，以“藥師”自居。
逍遙派的醫術冠絕下，加上黃藥師本就是資絕之人，對逍遙派醫術感悟很深，江湖上的疑難病症，內傷外傷，隻要送到“藥師閣”，無不藥到病除。
很快的，藥師的名聲，傳遍了江湖，前來治病求醫之人，絡繹不絕。慢慢的，藥師成了他在江湖上的名號。
父母奶奶都因黃裳的爭名奪利而死，黃藥師對黃裳非常憤恨，左右江湖中人都以藥師稱他，他便索性改了黃裳替他取的名，從此以藥師為名。
在這不斷治病救人，換取武功秘籍過程中，黃藥師很快就積累了許許多多的武功秘籍。
相比之下，他和薛慕華又極為不同。薛慕華資質不夠，雖然換取了許許多多的武功秘籍，卻無法融會貫通，每一門武功都隻是半桶水，不堪大用。
而黃藥師，賦絕倫，絲毫不比黃裳遜色。雖然得到的都是普普通通的三流二流武功，可他愣是在極短時間內將其盡數領會，甚至舉一反三，推陳出新，以這諸多武功作為基礎，創出更加強大的一流武功。
慢慢地，十幾年時間過去了，黃藥師的醫術越來越強，找他看病的人越來越多，他的武功，也愈發變得深不可測。