在印尼這個國家的曆史上，大大小小的排華事件可謂是頻繁發生，有正式記載的就有幾十次之多，究其原因，不外乎兩點：一是經濟，二是宗教，至於其他的一些原因，都是依附在這兩個原因之下的。
經濟收入的差異是誘發印尼排華**浪潮的重要因素。在印尼，貧富差距十分懸殊，大部分印度尼西亞人民並沒有在國家獨立後擺脫貧困的狀態，反而生活日益窘迫，形成了一個龐大的貧民階層，成為印尼社會動亂的潛在威脅。
與當地民族一樣，印尼華人中的大多數也屬於勞動人民，也處於印尼社會的中下層，但華人以其特殊的商業才能和辛勤的勞動，加上曆史、職業和其他種種因素，在工商業方麵取得了比較突出的成就，形成一個華人工商業群體，在經濟生活中具有明顯的優勢。
從總體看，華人家庭的生活水平也明顯地高於當地人家庭的生活水平。特別是一部分華人大企業家與印尼政府上層人物的關係非常密切，並且利用這種密切關係官商合作、利益分享從而成為暴發戶，生活奢侈，非常惹人注目。
因此，在印尼社會中普遍存在這麼一種印象，即華人富有，華人控製了印度尼西亞的經濟與財富，剝削當地民族，當地人的貧窮是由於華人的剝削造成的。
印尼的民族主義者自然不能容忍這種現象，統治階級中的某些未能從華人經濟中分享到好處的利益集團也耿耿於懷，加上政治家和宣傳工具的大肆鼓噪與誇張宣揚，當政局稍有動蕩時，貧苦的人民群眾對貧富不均的不滿與憤怒便會像火山一樣噴發，與他們經濟收入有差別的華人便會首先受到衝擊。
但實際上，在印尼最有錢的外國僑民並不是華人，而是日僑。隻不過，那些日僑平時比較低調，而且掌握的都是一些大公司，不像華人所開的店鋪一樣跟印尼普通人有著密切地接觸，也沒有實實在在地擺在店鋪裏的商品和貨物，所以才沒有引起太多的關注。
另一方麵，印尼華人的宗教信仰十分紛繁複雜，各種宗教如大乘佛教、道教、儒教、基督教、伊斯蘭教都在印尼華人中擁有為數眾多的信徒。同時，印尼華人還崇尚祖先崇拜。來自不同地區、通行不同方言、從事不同行業、有著不同姓氏的華人群體又各自信奉特殊的神靈，如客家人信奉大伯公，閩南人信奉媽祖，海南人信奉天後娘娘，木匠尊奉魯班祖師等等。
不過，印尼雖然也是個宗教多元化的國度，但是伊斯蘭教在印尼社會中占據了絕對的優勢。印尼獨立後，由於得到政府的扶持和鼓勵，伊斯蘭教在印尼社會中的影響更是急劇擴張，上升為占統治地位的宗教。伊斯蘭教是一個排他性極強的宗教，其教義的核心是隻能信仰安拉，除安拉外，別無神靈。越是虔誠保守的穆斯林，對其他宗教文化的容忍越是有限，自然也無法與華人所信奉的眾多神靈相安無事。
故而宗教分歧衝突也常成為誘使印尼社會中排華騷亂爆發的一個極為敏感的潛在因素。
這些都是印尼頻發**排華暴動的深層次原因和大背景，如果單以1998年發生的這次大暴亂來說，一方麵固然是蘇哈托家族為了轉移由於金融風暴給印尼社會帶來的巨大壓力已經民眾的不滿情緒，另一方麵就是蘇哈托的女婿，印尼陸軍戰略後備部隊司令，曾擔任特種部隊司令的普拉博沃中將，為了個人利益，試圖製造一場混亂，使武裝部隊總司令維蘭托無法恢複首都的治安，這樣，普拉博沃就可以迫使蘇哈托宣布軍事管製，然後由他出麵控製局勢。同時給自己的政治對手，即將接替蘇哈托成為印尼總統的哈比比一個難堪。
普拉博沃經過精心策劃，首先由軍方出麵，收買地痞、流氓、黑社會組織、**團體和極端勢力，進行準備活動。訓練暴徒縱火搶劫及強暴華人婦女，並承諾每強暴一名華裔婦女能得到兩萬印尼盾也就是大約兩美元的報酬。
在“曆史”上的暴亂期間，目擊者及受害者稱，曾經看到大批軍車趕赴雅加達，從上麵下來一群留平頭，體格健壯的青年男子，指揮暴民攻擊華裔居民，並唆使其縱火、搶劫，強暴並虐待、殺害華人婦女。