其餘的那些還在頑抗的官兵們一看孫應元已經死了，再無一點鬥誌，於是立即都作鳥獸散，大批刑天軍的兵將這才得以突破了定淮門，湧入到了城中，並且迅速的在劉耀本的指揮下，朝著城中四麵八方的衝殺了過去。
也就是城門這短暫的一戰，孫應元率軍給攻入城中的刑天軍造成了數百人的死傷，幾乎將刑天軍給阻止在了定淮門一帶，可惜的是大部分官軍鬥誌全失，沒有跟著孫應元在這裏死戰到底，最終孫應元陣亡，定淮門也徹底失守，否則的話，他們甚至完全有可能，將定淮門再給堵上，使刑天軍這一次耗盡力氣的攻城以失敗而告終。
眼看定淮門城頭上豎起了一麵刑天軍的軍旗的時候，城外大批刑天軍兵將們都齊聲歡呼了起來，士氣頓時大為提振了許多，隨即在肖天健的一聲令下，紛紛朝著定淮門之中湧了進去。
本來城中官軍數量就已經不多了，隨著刑天軍越來越多的人馬湧入到定淮門之中，南京內城的戰況也開始呈現出了一邊倒的狀態。
丁啟睿在刑天軍攻破定淮門之後，在諸將的保護下朝城中退卻，丁啟睿依舊不甘心失敗，試圖組織兵將反撲奪回定淮門，可是這個時候官軍諸將也早就沒了鬥誌，對丁啟睿的命令大多都不肯執行，紛紛琢磨著自己的退路，隻有少量的軍將率部在城中和攻入城中的刑天軍進行巷戰，且戰且退的退往城內。
而後續的刑天軍一方麵分兵朝城內攻進，一方麵則派兵登上城牆，迅速的沿著城牆朝兩側進攻，去奪取更多的城門，一個個城門的守軍這個時候也都開始得知南京城已破，頓時士氣大衰，紛紛棄守了他們負責的城牆和城門，四處奔逃了起來，使得刑天軍勢如破竹一般的將幾個城門奪占了下來，隨即打開城門，放入了更多的刑天軍兵將入城。
丁啟睿在兵將的護送之下逃到了城西的秦淮河旁邊，聽著越來越多的地方開始響起喊殺聲，越來越多的地方開始出現濃煙，於是便放聲大哭了起來，跪地朝著北方連連叩頭，自陳有罪，辜負了皇上對他的信任，最終也未能保住南京城，現如今他已經是走投無路，於是轉身便要跳入秦淮河之中自盡，可惜他的手下還是將他拉住，裹著他繼續朝著城南方向逃去。
一旦南京城這座堅城一處被攻破，城中守軍的抵抗便如同多米諾骨牌一般開始垮掉，隨著大批刑天軍兵將的湧入，官軍的抵抗開始顯得越來越微弱了下去，待到一天之後，偌大的南京城的內城基本上便被刑天軍控製在了手中。
而這一次攻打南京城之所以能夠僅僅用了這麼短的時間便獲得成功，主要原因其實也就是幾條，一是到了這個時候，官軍之中的兵將們早已沒有了誓死保衛南京城的鬥誌，紛紛投降了刑天軍，二就是刑天軍的士氣很高，而且戰鬥力十分強悍，最重要的還是肖天健對於火炮的應用，他可以說是開創了這個時代集中使用炮兵的先河，將軍中重炮集中使用，最終才轟開了定淮門這個缺口。
在後世那種信息大爆炸的時代，肖天健免不了會耳聞目染，知道許多關於軍隊的應用的事情，自然也就知道火炮這種戰爭之神的作用，在這個時代，他在刑天軍之中，第一個創建了專職炮兵，並且集中使用炮兵來進行作戰。
雖說那個紅毛鬼子高肅熟悉操作火炮的方式，被後世之人譽做刑天軍炮兵之父，但是實質上高肅的作用也僅限於為肖天健成批的培養了熟悉操作火炮的基礎兵員，真正構架起炮兵這個專職兵種以及作戰方式的還是肖天健。
南京城即便是再怎麼堅固，也畢竟是死物，也不可能擋得住刑天軍集中大批重炮，對一個地方進行猛轟。
再加上肖天健在刑天軍早早的也組建起了專職的工兵部隊，在這樣的攻城戰之中，工兵部隊同樣也發揮出了巨大的作用，他們利用了火炮壓製住城上守軍的機會，派出大批工兵對定淮門的甕城實施了多次爆破作業，用大量的火藥，最終炸塌了甕城，暴露出了內部的城門，使得刑天軍得以順利的攻破定淮門。
所以這座在旁人眼中，幾乎是不可能被攻破的城池，最終還是在肖天健的兵鋒之下，被他的刑天軍攻克，就此也開創了這個時代全新的攻城的方式，使得建築城牆作為守禦的時代，從此之後便逐漸的被終結，開創了一個新的時代。