所以別看肖天健領兵北伐，但是對於福建一帶的鄭氏集團的關注卻從未放鬆過，在他剛剛拿下南京，並且立國稱帝的時候，肖天健已經開始安排大量的特情處的細作南下進入到了福建以及兩廣等地，開始搜集那邊的情報，並且開始了暗中分化鄭氏集團的力量，怕的就是鄭氏集團不肯投降他大中朝，今後利用他們的海上優勢力量，和大中朝作對。
現如今鄭芝龍卻還是在福建扶植起了一個朱家後裔，看來最起碼現在鄭氏集團沒有打算要投順他大中朝了，這件事就麻煩大了。
所以肖天健在得知了消息之後，一刻都沒敢休息，立即將北方的事情安排了一下之後，馬上便帶上劉耀本的近衛第二師離開了北京城，趕往通州在那裏分批坐船，順大運河南下趕往了他的大中朝臨都南京。
不過為了保證北方的軍力不會因為近衛第二師南下被大幅削弱，肖天健臨行之前，命令劉耀本將近衛第二師的大部分火器裝備也留在了京師，移交給了羅立，用以充實北方戰區的新編兵馬，至於近衛第二師的裝備好說，南下之後，很快便可以在南京一帶重新武裝起來，如此還省去了不少運輸的麻煩。
對於北方戰區來說，因為大中軍以迅雷不及掩耳之勢，迅速的擊敗了明朝的殘餘兵力，並且幹淨利落的幹掉了南下的大批建奴軍，所以令京輔之地除了個別的地方之外，沒有再遭受太重的兵禍，特別是輕鬆拿下的京師，保存了京城內的不少原來明朝兵仗局的工坊也沒有破壞，大批京城內的工匠還留在京城，這些工匠可是眼下的國寶，其中手藝高明的工匠起碼有兩千人以上，肖天健入京之後第一時間，便下旨厚待這些兵仗局工匠，包括管理兵仗局的一些太監也予以了保護，在京城內局勢剛剛穩定下來，便下旨將京師兵仗局改為了大中北方軍工廠，並且下旨撥銀，開始恢複生產，原兵仗局下的工匠，每個人先發給五兩銀子和部分糧食，讓這些工匠們安心下來，開始轉而為大中朝做事。
同時下旨將原來各地的匠作營，全部劃歸於工部之下，並且將其改稱為軍工廠，在工部之下，成立起了一個軍工部，統管各地的的軍工生產，滿足各地軍隊的需求，軍隊自身今後不得控製兵器生產，而是要按照兵部下設的總後勤部統一調撥，如此一來，更加強了對各地軍隊的控製，另一方麵也理順了各部的管理關係。
經過肖天健的調整之後，大中朝形成了軍隊需要武器，先是由諸軍提出要求，遞交給總後勤部審批，總後勤部審批之後，交給兵部列出計劃，然後提交給肖天健批閱，然後交戶部下撥資金，再交給工部進行生產，最後交付給總後勤部，如此一來，各地諸軍想要私自擴兵，除了要接受戶部的監察之外，武器也無法自行解決，這就防止了諸軍大將擁兵自重，出現地方軍閥的情況。
所以經過調整之後，北方的兵工生產很快便會上軌道，短時間之內，便基本上可以保證北方軍隊建設的需要，不再繼續依靠南方各地的物資支持了，這也為今後大中朝發動遼東之戰打下了堅實的基礎。
除了這些事情之外，肖天健在劉澤清投降之後，還沒有忘記派出了使臣，攜帶上了他一道密旨前往登州乘船出海，潛至朝鮮登陸，想辦法暗中聯絡朝鮮的王公大臣，傳旨給朝鮮國王，告知其大明已亡，今後中國將是大中朝來統治，令其今後不得再聽命於建奴的役使，調派朝鮮兵幫助建奴侵犯大中朝，同時安撫高麗國王，大中朝在做好準備之後，便會出兵朝鮮，幫助朝鮮國王將建奴逐出朝鮮，並且對朝鮮提供保護，但是眼下如果朝鮮無法和建奴對抗的話，也需先對其虛以委蛇，盡量減少對建奴提供各種物資幫助，等候下一步大中朝的行動。
當然肖天健也沒忘記那些蒙古諸部，在結束了山海關之戰以後，他便立即下詔，徹底封閉張家口，停止一切對關外的互市，並且下旨抓捕了一大批這些年暗通關外建奴和蒙古人的商賈，徹底抄沒其家產，並且下旨處斬了一大批私通建奴的商賈，徹底斷掉對關外一切的貨物交易。