另外有關刑部方麵，大中朝立國之初，因為肖天健沒有找到合適的人選，所以刑部尚書之職便暫時空缺，但是這方麵的事情卻並未停滯下來，他將之前俘獲的孫傳庭，任命為刑部侍郎，暫時領刑部之事，因為大中朝新立，尚未頒布大中朝的律法，故此大中朝轄域之內便繼續以前朝的大明律為依據，進行判罰。
這對於肖天健來說，在以前沒有時間關注這件事的時候，還可以接受，但是現如今北方已經暫時平定，大明實質上已經覆亡，所以大中朝作為新朝，卻還使用前朝的律法，在他回到南京城有了時間之後，便是他不可接受的。
故此在肖天健一經返回南京之後，便著令刑部官員集中起一批熟知律法之人，全力投入到了新朝律法編修之中，經過兩個多月幾十個能吏的共同努力之下，一部在大明律基礎上重新修改編製的大中律便基本上被製定了出來。
這一部大中律業已呈交到了肖天健手中，肖天健仔細觀看了一番之後，提出了一些修改意見，雖然這部大中律，比起之前的大明律更加詳細實用了一些，但是遠沒有後世的法律詳細，而且沒有刑法和民法之分，但是在這個時代，倉促之間，要效仿後世頒布一係列的法典，也是不現實的。
所以考慮到許多事情是要循序漸進才能逐步推行的，肖天健還是在年前的時候，朱批了這部大中律，下旨開始印刷刊行，年後下發各部以及地方官府給官員們熟悉並且提出意見進行最後修改，並且決定在年後三月間正式啟用，棄用之前使用的大明律。
考慮到時間倉促，其中肯定還有許多不完善之處，所以肖天健朱批的時候，特意將這部大中律加上了“暫行”二字，推行使用之後，發現不足之處，今後再進行修改，逐步的進行完善。
而且肖天健還下旨，將這本大中律發放各地之後，令人抄寫成布告，擇地張貼出來，對全部民眾進行公示，派人每日進行宣講，讓民眾在推行此法之前，也初步了解此律，並以此來規範個人行為，省的到時候推行起來，很多人不知道。
再者，肖天健認為，古代地方行政官員權力太過集中，職責不清，所有民務全部一把抓，雖然有主薄、縣丞、捕頭、衙役等輔助人員，但是在司法上權力也太過集中，許多官員，雖然通過科考錄用，但是以明代推行的科舉考試，讀書人所學的麵很窄，很多官員根本就不了解律法，主持一些刑罰之事，很容易出現冤假錯案，而且還是一個人說了算，也很容易滋生貪、腐之事。
故此肖天健認為，行政權力不能太過集中，司法權要相對於獨立，而且司法權也不能太過集中，要對其進行分權，成立類似後世的警察、檢察官、法官相互製約的機製。
而且還有一個更重要的原因，就是現如今大中朝許多地方已經平定下來，先前雖然肖天健已經很注意讓軍方不要過多幹涉地方政務，但是在混亂的情況下，軍方肯定是需要先以武力平定地方，然後才能將權力交給行政官員，一旦地方局勢平定下來，軍方便不能再幹涉地方政務。
現如今已經被大中朝掌控的各地局勢正在逐步的平定，地方上的一些緝捕盜賊抑或是民間糾紛之事，就不能再依靠軍隊出麵了，於是地方必須要有一個強力部門來完成這些事情，否則的話地方行政官員就不得不依靠軍隊，對於今後國家執政很不利，也很容易讓一些軍官幹涉到地方政事。
而古代對於地方治安，在明朝主要是各州縣下麵的捕頭以及捕快來行使這樣的職權，所以肖天健和諸臣商議之後，決定還是先在一些局勢已經平穩的州縣，恢複地方武力，來接替軍方暫時行使的權力。
明代州縣都設有捕頭帶領一些捕快來幹這種事，但是這些人朝廷官府卻不發工資，每年也不過隻有十兩“工食銀”，這些人生活便隻能自己想辦法來解決，故此明代捕快們對於地方危害很大，多要通過敲詐勒索之事，來滿足他們的生活。