天元二年的中旬，整個南方接連雨水不斷，再加上福建兩廣一帶的地形複雜，關隘眾多，雖然大中軍集結了不少的兵力，但是在這樣的氣候之下，對於擅長使用熱兵器作戰的大中軍來說，雨季給大中軍製造出了很大的麻煩。
另外由於地形的限製，也造成了大中軍後勤保障的困難，所以整個南方的戰事情況在最初大中軍取得了一定的成果之後，便暫時性的陷入到了膠著狀態。
不過這對於肖天健來說，也並不是非常著急，因為他也很清楚解決掉鄭家和永曆小朝廷這件事，並不是一朝一夕便可以解決的，南方作戰有一定的特殊性，雖然不見得要打成持久戰，但是想要幾個月的時間之中，便將整個南方諸省都平定下來，也不是件容易的事情。
更何況這一次在福建用兵，最主要的目的並不是徹底消滅鄭家在福建的勢力，主要目的還是給鄭家施壓，所以在石冉和劉耀本打下福寧州，進而又控製了整個建寧府之後，福建方麵的戰事便暫緩了下來。
而且海上這段時間因為風浪很大，海軍的行動也隨即跟著暫停了下來，不過這幾個月的軍事行動，還是給鄭家集團造成了很大的壓力，並且給予了他們很大的打擊。
許多鄭軍被迫倒戈投降了大中軍，就連海軍方麵，也招降了一批原來從屬於鄭家的一些海盜，獲得了上百條各式船隻，招降了兩三千鄭家的部眾以及小股海盜，整體局勢對於大中軍十分有利。
如果不是這段時間雨水太多，嚴重影響到了軍事行動的話，以石冉和劉耀本的實力，打下福州府也並不是非常困難的事情。
至於盤踞在兩廣一帶的永曆朝廷，這段時間在羅汝才所部的攻擊之下，日子也過的相當艱難，永曆帝在手下諸臣的慫恿之下，生怕大中軍自韶州長驅直入打到廣州城下，於是慌忙之間便逃往了廣西南寧避難。
但是看似簡單的這件事，卻在廣東引起的巨震，本來廣東官兵還打算跟著永曆幹一番事業，即便是韶州大敗之後，但是卻並未放棄，而是摩拳擦掌的想要在廣州府一帶再和大中軍分一個高下。
但是沒成想就在官兵們準備和大中軍死磕的時候，永曆帝卻帶著一眾當官的棄了廣州府，逃往了廣西南寧，這一下對於廣東的明軍兵將們來說，打擊非常之大。
永曆此舉無疑等於是放棄了整個廣東，所以在得知永曆帝逃往了南寧之後，廣東守軍當即便士氣大跌，而那些原本還想效忠於大明的官民，到了這會兒明白了過來，大明已經不足為他們的依靠了，故此在永曆逃離廣州之後，永曆朝在整個廣東可謂是民心大失。
雖然大中軍因為各種原因，在控製了南雄和韶州之後，停止了繼續朝廣州府攻進，但是廣東的明軍兵將還是有不少人開始主動和大中軍聯絡，隻待談妥條件之後，便投降大中朝了。
永曆此舉不單單是丟掉了廣東人的人心，同樣對於鄭家來說，心理上的打擊也很大，本來鄭家還可以背靠廣東，和大中朝為敵，但是永曆突然間放棄廣州府逃往南寧，讓他們背後頓時也空門大開。
一旦進入廣東的大中軍攻下廣州府，那麼對於他鄭家來說，便幾乎是滅頂之災，使得他鄭家頓時陷入到腹背受敵的狀態之下，所以永曆逃離廣州府，不單單影響到了廣東軍民的士氣，同樣也嚴重影響到了福建的鄭氏集團的生存。
於是鄭家在六月之後，更加頻繁的開始和大中朝聯係，商談有關他們投順大中朝的事情。
肖天健這一次幹脆直接在朝中吏部之下選派了一個能說善辯的官員，名叫張天成，曾經也是明朝舊吏，曾在河南任官，後來比較早投降了刑天軍，因為能力不錯，一直幹到了吏部侍郎之職。
這一次鄭家要求和談，單有前期派去的錢謙益顯然不太夠用，於是肖天健變將這個張天成作為大中朝的談判使節在七月間派往了福建泉州，作為大中朝的全權代表和鄭芝龍進行最後的談判。
雖然隨著南方戰事的順利開展，內地的情況也逐步的平定下來，各地都呈現出了一片欣欣向榮的景象，但是肖天健這個皇帝卻忙的是不可開交，因為百廢待興，各地呈報上來的奏疏多如牛毛，這個時候肖天健才體會到了當皇帝的不易，要想當一個好皇帝，做一個明君，必須要起早貪黑的批閱各種各樣的奏章，還要關注著各地的政務、軍事，肖天健不敢大意，忙的是不亦樂乎，可是即便如此，還是不能處理完各種政務。
就連他每日早晨起床習武的習慣，這個時候也開始因為過度的繁忙而荒疏了下來，幸好他的老婆不多，要不然的話用不了多久，恐怕他就堅持不住了。
而且最讓肖天健不爽的還不是這些事情，他的專業學的是機械，他在立國之初，便想要大力發展大中朝的工業，但是當了這個皇帝之後，他卻發現，他幾乎沒有一點時間來搞他的專業，有心想要抽點時間設計出一些機床，作為發展工業化的基礎，但是時間卻一點也抽不出來，甚至於連陪陪老婆孩子的時間他都沒有。
這讓肖天健感到很是不如意，於是琢磨了一陣之後，便決定暫時效仿大明設立內閣大學士的方法，來讓一些大臣來幫助他處理政務，他當皇帝可不是為了大權獨攬，把自己累的像驢一般，他還有許多事情要做，如果整日間全部都被埋在這些亂糟糟的奏章之中的話，就不是他的本意了。