張獻忠聽了心下也不免有些恐慌，“都自盡了？這巢縣的男人和女人為何都這麼剛烈？”他看著這街上到處橫七豎八的屍體，氣急敗壞地說道“大軍別在巢縣待了，趕緊離開這個鬼地方。”
李定國悄悄吩咐手下幾個軍士，“去，你們去把那個城樓自盡的縣令的屍體埋葬了。”李定國深怕張獻忠發狂，再像以前一樣，屠城後把自盡而死的朝廷官員再梟首示眾。這畢竟是太不人道了，
都說死者為大，人都死了，就不要再糟踐屍體了。
張獻忠打下巢縣後，又攻克下了廬州，並且開始在巢湖訓練水軍。這下江南震動，崇禎害怕中都鳳陽再次被攻克，連忙命令鳳陽總督馬士英，巡撫路振飛集結所有安徽的士兵前去堵截張獻忠，並且命令南京的兵部尚書史可法帶領江東四鎮兵馬支援馬士英和潞振飛。
難而，馬士英和路振飛聚集到了安徽兵馬才有三萬人，遠遠不及張獻忠的大軍，而且南方士兵久不經戰陣，士氣低落。張獻忠的大軍打的馬士英和路振飛打敗，史可法帶著四鎮兵馬趕來，才穩住了陣腳。
當史可法帶著軍隊進入巢縣時，看到城中屍體成堆，如此慘像，不禁潸然淚下，高呼道“上蒼啊，我等保護不了大明百姓，都是我等的罪過啊！”
馬士英和路振飛臉帶羞愧，蒼白無力的說道“史大人，我倆是鳳陽百姓的父母官，要說怪罪，怪罪我倆好了，史大人千萬不要自責。”
史可法搖頭道“也不能怪你們，可憐我大明許多百姓，本官隻能看著他們自生自滅。趕緊把這些百姓好生安葬了吧，還有那些戰死的將士的遺骸一並收斂了。看看著城中可還有活人？”
眾軍士開始收斂遺骸，不一會為有士兵倉皇地跑過來，一臉驚恐地說道“眾位大人，都是屍體，都是屍體！”
史可法一把抓住他，問道“你說哪裏有屍體？”“在，在河裏。”那個士兵結結巴巴地說道。
又有士兵慌忙跑來稟報道“家家戶戶都是自盡的婦孺。”史可法聽了默然半晌，哽咽道“都快去河裏把屍體撈上來，還有自盡的婦孺百姓————”史可法已經說不出話來，他心裏第一次對朝廷的信心產生了動搖。
馬士英和路振飛也心下慘然，路振飛悄聲對馬士英說道“總督大人，這史尚書不會上書彈劾我們吧。”馬士英低聲說道“不會，史大人為人光明磊落，不會為了此事彈劾我們的。我等上表表彰這些百姓，史大人也會同意的，哪裏還會起彈劾的心思。”
路振飛點點頭，豎起大拇指道“還是總督大人想的高明。”便去查看將士收斂百姓遺體的進展。
不久，軍士們在巢縣東門外的樹林裏挖了一個大坑，把這些遺體全部埋了進去。史可法親自在一塊木牌上寫上“巢縣義民塚”五個大字，樹立在了墳塚之前。而蕭青山的遺體一直沒有被找到，史可法等人也隻得作罷。
直到多年以後，李定國再次路過巢縣，才想起了曾經被手下埋葬的蕭青山的遺體，於是找到了他的埋葬之地，永曆帝下令給蕭青山修建了新的墳墓，風光大葬，並加封他為忠貞伯，表彰他的殉國之舉。