“國本之爭”的時間跨度之長創造了帝國政治鬥爭的一項新紀錄，這場爭論在帝國權力高層足足持續了三十多年。從萬曆十四年（1586年）開始直到萬曆四十八年（1620年）明光宗朱常洛即位為止，這樣一幕政治鬧劇給明代後期的政治生活造成了極深遠的影響。
隨著時間的推移，國本之爭的性質發生了根本性的變化。朝臣們的思想動機開始變得複雜，“國本之爭”成了掛羊頭賣狗肉的政治遊戲，逐漸淪為權力集團黨爭的工具。
萬曆二十二年（1594年），“正人”中的代表人物，去職的吏部郎中顧憲成在家鄉無錫的東林書院聚眾講學。一些誌同道合者如高攀龍、錢一本等人都參與其中，一時聲名大噪。那些“抱道忤時”“退處林野”的士大夫都聞風而至，以至於書院的學舍常常擁擠不堪。
一些有心結黨營私的帝國官員，借著向萬曆皇帝發難的機會，妄圖實現掣肘皇權、擴張權力的目的。在這場“國本之爭”中，東林黨的崛起徹底改變了帝國的命運走向。
東林黨發端於東林書院，東林書院從成立之初就打著學術的旗號，行政治活動之實。它並非單純的學術團體，而是一個有政治目的的在野人士俱樂部，其人員構成主要是在野官僚。
東林書院就像是一個權力信號的發射台，帝國官場的各種複雜關係和政治能量都會在這裏交彙並發散出去，進而形成一個龐大而複雜的網絡。隨著影響力的增大，東林書院講學大會的規模也越來越大。有時會多達千人以上。
走進東林書院的不光有在野人士，甚至連一些在職官員也會前來參加講學活動。用東林書院創辦者顧憲成的話說，就是“同誌畢集，相與講德倫學，雍容一堂”。官員的不斷參與使得東林書院逐漸成為朝堂之外的權力集散地。低級別官員加入其中是為了形成抱團勢力，尋找政治靠山；而高級別官員加入其中，則是為了形成對抗皇權與其他勢力集團的黨派。
明朝是一個道德至上的時代，而東林黨從建立之初就將自己置於道德的製高點上。其成員標榜文人的道義氣節，以天下君子自居。
在一個道德統治的國度裏，東林黨人把自己視為道德的化身。可問題是，結黨必然會營私，結黨必然會破壞政治勢力的平衡。無論在任何時代背景下，統治者都不願看到有人結黨。
現在有一個詞叫“圈裏圈外”，裏外是兩個世界。東林書院的存在，將帝國的政治勢力劃為圈裏圈外。圈裏是東林黨人，他們往往能夠堅持自己的原則，專門同皇帝和帝國的高級官員作對，自命為“正人”或者“清流”；而圈外是非東林黨人，他們是遵循官家遊戲規則，迎合皇帝和輔臣的人，被稱為“邪佞”。東林黨的存在和發展必然會威脅非東林黨人的利益，還有皇家的利益。
在這種情況下，許多非東林黨人士為了保護自己的利益就會采取防範措施。既然東林黨是抱團組織，那麼為了保持權力博弈的平衡，非東林黨人也紛紛以地域為單位，以同鄉中的高官為領袖，組建自己的黨派。這樣一來，在帝國官場上就形成了一個攻守聯盟。
在這種風氣的引領之下，帝國的權力係統內部黨派林立。在當時能夠與東林黨相抗衡的黨派，是同樣居於帝國權力係統高層的浙黨。
如果說東林黨是在野人士的權力抱團，那麼浙黨則是朝堂人士的權力抱團。當時的帝國首輔沈一貫，糾結京城的浙江籍官僚，形成“浙黨”。他們與東林黨針鋒相對，又與宮中的閹黨遙相呼應。
除了浙黨，帝國的權力係統中還有很多小派係。比如當時還有以湖北籍官員為主的是“楚黨”，以山東籍官僚為主的“齊黨”，而楚黨與齊黨常依附於浙黨，合稱為“齊楚浙黨”。另外還有“宣黨”和“昆黨”。
由於“國本之爭”拖延了很長時間，東林黨與“浙黨”等非東林黨之間的矛盾也越來越深。發展到最後，帝國的派別之爭到了針鋒相對的地步。不論是大事小事，原則問題還是非原則問題，雙方都要爭得沒完沒了，帝國的中央權力係統被折騰得烏煙瘴氣。各黨派將帝國權力係統分解得支離破碎，相互之間明爭暗鬥，致使黨爭綿延數十年。
而萬曆皇帝也逐漸對東林黨感到厭惡，因此直到萬曆末年，東林黨人在帝國的權力格局中都沒有占得上風。
官員之間的黨爭並沒有發展到朝堂上的短兵相接，很多時候，他們隻是利用“京察”的機會互相攻擊。明代的官吏考核有兩種製度：“京察”和“外察”。“京察”每六年施行一次，考查對象是在京任職的官員；“外察”每三年施行一次，考核對象是在地方任職的官吏。