連年打擊不能消滅毛文龍，後金便竭力勸降，許諾“將軍若來，位在佟附馬與遼東廣寧諸將”之上。後金軍缺少船隻又不習慣海戰，對毛文龍也是有心無力。
天啟皇帝升毛文龍為平遼總兵時，袁崇煥剛出山海關，還未建功。那時候，明軍一見後金兵就望風而遁，隻有毛文龍的軍隊能與後金打一打。毛文龍也因此受到朝廷嘉獎，擢升至佐都督掛將軍印，賜尚方劍。天啟皇帝提到他時從不叫名字，而稱其為“毛帥”。
前有袁崇煥，後有毛文龍，皇太極不敢放開手腳進兵遼西。皇太極即位之時，滿洲政權遇到了極大的困難，而明朝方麵也承受著不小的壓力。訓練一支既能守，又能戰，再能進一步收複失地的精銳野戰軍，需要相當長的時間。明清雙方都期望有一段休戰的時期，以便重新調整自己的作戰計劃。明軍要練兵、築城、屯田，清軍是進攻朝鮮，鞏固統治。在如此局勢下，雙方都具備了議和的條件。
當時議和的障礙，主要還是來自於明朝的文官。他們熟悉史事，一提到與金人議和，他們的政治神經就會變得異常敏銳。他們首先想到的是中國曆史上南宋和金國的和議。人人都怕做秦檜，可又都不願意做嶽飛。
袁崇煥從現實出發主張議和，而朝中大臣並不買他的賬。有官員一再彈劾袁崇煥，說他的主張就像宋人和金人議和那樣愚蠢自誤。袁崇煥和皇太極信使往來，也因朝中大臣視和議如洪水猛獸的反對聲而變得異常艱難，所謂的談判也僅限於文來文往，並無實質性的進展。
皇太極想把和議作為一種策略而服從於對明的戰略全局，通過議和，他的軍隊可以避免兩線作戰。不管和議談判結果如何，皇太極和袁崇煥都認為和議可以爭取到更多的時間。明軍可以補充戰爭資源，鞏固境內的防禦體係。而皇太極則認為，在這場與時間賽跑的戰役中，他可以借此威服朝鮮，撤去大明王朝的這道東方屏障，也就此將毛文龍困於海島一隅，使其難有大的作為。
皇太極無法和明朝達成和議，卻見袁崇煥沒日沒夜地修築城堡，他擔心時間拖得越久，今後進攻會更加困難，於是決定“以戰求和”，向寧遠發動攻擊。天啟七年五月，皇太極親率兩黃旗、兩白旗精兵，進攻遼西諸城堡，攻陷明方大淩河、小淩河兩個要塞，隨即進攻寧遠的外圍要塞錦州。
這場大戰同樣打得十分慘烈，兩軍陣前死傷無數。守軍以葡萄牙大炮轟擊，擊碎皇太極的白龍旗和清方的一座大營帳，殺傷清兵不少。明方的報告中說，皇太極長子胸口中箭，另一貝勒在陣上被明軍射殺，又殺固山（領七千五百人）四人、牛錄（領三百人）三十餘名。這個報告有誇大之嫌，事實上皇太極的兒子並沒有在此役中陣亡。但清方記載，濟爾哈朗貝勒、薩哈廉貝勒、大將瓦克達、阿格等均受傷。
皇太極見部隊損失重大，隻得退兵，再攻錦州南麵，亦不能拔，又傷亡了不少將士，將領覺多拜山、巴希等陣亡。七月，清兵敗回沈陽。這一役明朝稱為“寧錦大捷”，是明軍對清軍第二次血戰勝利。
兩大戰役的勝利既沒有讓大明擺脫困窘的政治現狀，也沒有為袁崇煥個人帶來更好的命運轉機。相反，兩場勝利換來的依舊是對人性的考量，是嫉妒與迫害。七八月間，京師舉行了盛大的慶功活動。京城內外由於寧錦戰功受到升遷、賞賜的人，多達數百人。許多和這場大戰毫無關係的人也受到官升數級的獎勵，其中，以魏忠賢的那位侄子累積之下連升九級的軍功為最高。袁崇煥僅僅加銜一級。魏忠賢手底下的一個親信有些看不過去，提出把自己受到的獎勵轉給袁崇煥。天啟皇帝斥責道：“袁崇煥議和這件事，所誤不小。我不懲處他已經不錯了。你少在這兒賣好。”
山河震蕩，風雨飄搖。在魏忠賢為首的閹黨的彈劾下，袁崇煥被昏庸的天啟皇帝罷職，返回故鄉——廣東東莞水南村。心有不甘的袁崇煥在離開寧遠時，也隻能徒喚無奈。這些年他所經曆的大劫難和大幸運真如過山車一般。這時的他不過四十歲左右，正值壯年，也是政治上趨於成熟的年齡。袁崇煥在一首詩裏深有感觸地寫道：“五載離家別路悠，送君寒侵寶刀頭。欲知肺腑同生死，何用安危任去留。策杖隻因圖雪恥，橫戈原不為封侯。故園親侶如相問，愧我邊塵尚未收。”
袁崇煥在回鄉途中，到了廣州，專門去了一趟光孝寺。身處佛地，他的思緒還是會不自主地回到剛剛脫離的戰爭場景，那遮天蔽日的血光和眼前的晨鍾暮鼓形成了強烈的反差。人世茫茫，既然選擇走上這條不歸路，也就無須再向菩薩低頭懺悔。
事後看來，袁崇煥配合皇太極搞出的那場休戰議和並不明智。可以說是在錯誤的時間、錯誤的地點開展的一場錯誤的活動。其直接結果是促成了袁崇煥的離任，也留下了日後被誣陷的隱患。等到他日後複出時，全國的戰略布局已經有了新的變化，他的複遼計劃不僅難以實現，而且欲求守遼西、固山海也不可得了。
作為天啟皇帝朱由校的繼任者，他的親弟弟崇禎皇帝在清除閹黨後，那些一度被魏忠賢逆黨排擠罷官的大臣又重新回到帝國權力場中，其中就包括袁崇煥。崇禎皇帝極為認可袁崇煥的價值，也將其視為撐起帝國大廈的最後一根擎天柱。袁崇煥被任命為兵部尚書兼右副都禦史，督師薊遼，兼督登、萊、天津軍務。崇禎元年（1628年）七月十四日，崇禎皇帝在紫禁城第一次召見了袁崇煥。
君臣初次見麵，崇禎皇帝直接問道：“女真跳梁十載，封疆淪陷。卿萬裏赴召，有何方略？”