地球行星軌道上又出現了兩隻飛船，飛船的主人被稱為巨無霸和原始獸，雙方在地球上空又一次重演了祖先的經曆。雙方飛船墜毀在地球上失去了返回家園——電子星（賽伯特恩）的能力。這些人掃描地球上生物的形態，以適應地球環境。
350萬年間，擁有不滅的靈魂的霸天虎紅蜘蛛再次登場。
350萬年間，原始獸的領袖霸王龍勇士根據金盤的秘密，找到聖希爾火山，並按照金盤的圖片製造了曆史，並且妄圖摧毀大峽穀中的猿人。棄暗投明的原始獸戰士恐龍勇士用自己的生命做代價挽救了整個峽穀裏的生命，摧毀了金盤。
重新改寫程序為原始獸的霸天虎機器狗，在聽到金盤中自己領袖——威震天的聲音後決定幫助霸王龍勇士。激戰後，戰死於地球上。
霸王龍勇士找到了方舟，摧毀了擎天柱的頭顱。引起時空聚變，幾乎毀滅巨無霸。原始獸蜘蛛勇士在愛的感召下，啟動修複機器，修複擎天柱。
霸王龍勇士找到了墜毀在海地霸天虎的戰艦——暴影號，並用此來摧毀方舟。在克隆恐龍勇士的幫助下巨無霸戰勝了霸王龍勇士，將一切歸位後，帶霸王龍勇士返回電子星。
公元532年，霸天虎中的紅蜘蛛，轟隆隆，機器狗，噴氣機通過時光隧道入侵到亞瑟王朝。
聖希爾火山爆發，方舟的計算機顯像一號啟動並根據地球上的車輛和武器為原型，修複了汽車人和霸天虎。雙方為保衛新家和奪取能源而在地球上再次展開戰爭。
公元2005年汽車人和霸天虎展開決戰。擎天柱戰死，通天曉繼任汽車人的領袖。紅蜘蛛將重傷的威震天拋棄。重傷的威震天被宇宙大帝改造為驚破天。通天曉沒有做領袖的能力。霸天虎中的二號人物紅蜘蛛篡權成功，但被驚破天殺死。驚破天重掌霸天虎。領導霸天虎繼續完成他們重新征服和占領並消滅汽車人的目標。最終，熱破從驚破天手中奪回矩陣（能源寶）摧毀了宇宙大帝，成為新的汽車人領袖——補天士。宇宙大帝的頭成為賽博特恩的衛星。
公元2006年，一隊汽車人遭到霸天虎襲擊，躲進了汽車人的陵墓。原來是五麵怪使擎天柱複活，讓他去摧毀他的汽車人夥伴。陵墓遭到霸天虎襲擊，他們被迫離開陵墓，陵墓撞到了太陽上。擎天柱等人中了五麵怪的計，帶動全部力量去攻打五麵怪的星球中央星，可是那個星球是個巨型炸彈。補天士和擎天柱開始搶奪矩陣（能源寶）。在飛船即將撞到中央星時，擎天柱終於醒悟過來，讓同伴們乘小飛船逃離，自己則撞上了那顆星球。
由於地球乃至整個宇宙都感染了仇恨瘋狂症，所有人都在亂打一氣。汽車人領袖擎天柱又一次被五麵怪複活，使用矩陣將世界從仇恨瘋狂症中解救出來，用光了矩陣（領導模塊）的能量。
驚破天重新帶領霸天虎攻擊汽車人基地，搶奪了五麵怪用來製造機器人的能量室的鑰匙，在塞伯坦地底下找到了能量室並將其打開，汽車人的一個小隊乘坐飛船來到地底下及時阻止，奪回鑰匙。而能量室噴發的能量把汽車人小隊乘坐的飛船的引擎超載，衝到了星雲星上，被星雲星人當作星雲星上的敵人妖蜂派的機器人，捉住他們。隨其而來的一隊霸天虎找到了他們，可有一些汽車人被抓走了。
被打敗的霸天虎被妖蜂派逮住，妖蜂派首領撒克逼迫它們與其合作，把兩個霸天虎的頭改造成外套，成為頭領戰士，其它人的武器改造成外套，成為目標戰士，並襲擊了汽車人小隊，可效果適得其反，不僅被打敗，還送給了汽車人一個科技：目標戰士。馬上，汽車人打到了妖蜂派老家：地底下，沒想到妖蜂派基地本身就是一個變形金剛：撒克巨人，並讓其進攻塞伯坦，打敗了汽車人大軍。在星雲星，留下斯派克和另一個汽車人，其他人返回塞伯坦。