馬皇後痛太子死得不明不白，又目睹他臨死時的慘狀，心裏越想越悲傷，竟鬱出一場病來。太祖再三地安慰她，又去召了天應寺的僧徒百人，追薦太子。凡喪葬的禮儀也格外從豐，太祖又親題諡號，叫作懿文太子。時太子的德配元妃，已生有兩子，長的夭殤，次的喚允炆，已是十幾歲了。太子既死，太祖想冊立燕王棣為東宮。當下對諸臣說道：“燕王英武毅斷，舉止酷肖朕青年之時，朕意欲立為太子，眾卿以為怎樣？”學士劉三吾奏道：“國家雖賴長君，但燕王行在第四，如果冊立，將置秦（二皇子樉）、晉（三皇子）兩王於何地？那不是蹈了廢長立幼的覆轍？”太祖歎道：“這個朕豈不知，奈秦王與晉王，一個柔而無剛，一個剛而無斷，都不足付以大事，隻有燕王智勇兼備，故朕想立為東宮，以便繼統有人。”左都禦史王楨爭道：“燕王雖能，名分上似不當，現皇太子已有子，自應冊立皇孫，轉覺名正言順。”太祖聽了忍不住垂淚道：“朕也不忍有負東宮，準卿等所奏吧！”群臣領了聖諭，便往迎允炆，冊立為皇太孫。這時馬皇後卻見孫思子，愈覺傷感，那病便日重一日，到了臨終的當兒，握著太祖的左手，隻說得望陛下親賢納諫，臣妾要去了，說畢就氣絕逝世。太祖又大哭了一場，下諭為皇後發喪。又傳旨自親王以下文武大臣，一概掛孝六月，一切庶民人等，也舉哀三天，三天之內，禁止肉食，一年中停止喜慶婚嫁。是年的九月，葬馬皇後於孝陵。
朱元璋聖諭圖解舉殯的時候，太祖親自執紼恭送。
再說那太祖喪了太子又喪賢後，心上愈覺得鬱鬱不樂。因馬皇後在日，賢淑知禮，諷諫太祖保全大臣的地方很多。又馬皇後居宮，很是儉樸，非大事不著新衣，太祖的羅襪都是皇後親手所製。又嚐繡女誡七章，賜給六宮和一班鄰婦。逢大兵出征的當兒，馬皇後終把戒妄殺的繡額，頒賜與統兵的將士。其他如規太祖修道，訓皇子學禮，優視六宮嬪妃，恩遇宮女內侍種種的美德，一時也記不盡許多。太祖憶念著皇後，從此不忍冊立正宮，隻令寧妃權攝六宮罷了。有時嬪妃們談起馬皇後的好處來，太祖聽了，不由地暗暗垂淚。一瞧見皇後的遺物，就是楚楚不歡。那時忽報藍玉征蜀班師回朝，太祖心裏很得著一個安慰，他思想馬皇後的念頭才漸漸地拋下。
藍玉大軍將至應天，太祖派禦史江秀出城遠接。藍玉親自押著西蜀王明升的囚車及宮眷三千餘人，金銀珠寶三十餘輛，駝馬牛羊十萬頭，器械盔甲七萬幅，竟進京來見太祖，太祖讀了藍玉紀錄的冊籍，很為喜悅，最令他心慰的，是藍玉獻上那個千嬌百媚的美人。於是慰勞了藍玉一番，著把明升推上殿來，明升挺立不跪，侍衛用槍刺折他的腳骨，明升坐在地上大罵。太祖喝令推去砍了，首級號令示眾。所得的宮眷一例入宮，男充功臣家奴仆，女配給出征的將士做妾。金銀和器械存庫，馬駝牛羊統賜與兵士們作為犒賞。藍玉謝恩出來，第二天諭旨頒下，封藍玉為涼國公，王貴為靖南侯。餘下將士也封賞有差。又命藍玉代奠陣亡將士，撫恤殉國者的家屬。又封王貴為四川將軍，王晉為四川按察使，馬聚仁為陝西布政使，劉愎為陝西將軍，即日出京赴任。又諭川陝等郡，著設巡道各職，直隸於六部政務尚書，委撤悉聽諭旨，以除濫任的弊竇。太祖頒諭已畢，便往玉清宮來看那美人。
馬皇後痛太子死得不明不白，又目睹他臨死時的慘狀，心裏越想越悲傷，竟鬱出一場病來。太祖再三地安慰她，又去召了天應寺的僧徒百人，追薦太子。凡喪葬的禮儀也格外從豐，太祖又親題諡號，叫作懿文太子。時太子的德配元妃，已生有兩子，長的夭殤，次的喚允炆，已是十幾歲了。太子既死，太祖想冊立燕王棣為東宮。當下對諸臣說道：“燕王英武毅斷，舉止酷肖朕青年之時，朕意欲立為太子，眾卿以為怎樣？”學士劉三吾奏道：“國家雖賴長君，但燕王行在第四，如果冊立，將置秦（二皇子樉）、晉（三皇子）兩王於何地？那不是蹈了廢長立幼的覆轍？”太祖歎道：“這個朕豈不知，奈秦王與晉王，一個柔而無剛，一個剛而無斷，都不足付以大事，隻有燕王智勇兼備，故朕想立為東宮，以便繼統有人。”左都禦史王楨爭道：“燕王雖能，名分上似不當，現皇太子已有子，自應冊立皇孫，轉覺名正言順。”太祖聽了忍不住垂淚道：“朕也不忍有負東宮，準卿等所奏吧！”群臣領了聖諭，便往迎允炆，冊立為皇太孫。這時馬皇後卻見孫思子，愈覺傷感，那病便日重一日，到了臨終的當兒，握著太祖的左手，隻說得望陛下親賢納諫，臣妾要去了，說畢就氣絕逝世。太祖又大哭了一場，下諭為皇後發喪。又傳旨自親王以下文武大臣，一概掛孝六月，一切庶民人等，也舉哀三天，三天之內，禁止肉食，一年中停止喜慶婚嫁。是年的九月，葬馬皇後於孝陵。