加強生態建設和環境保護是西部大開發的根本和切入點，建設和保護以綠洲為中心的自然生態環境，是“再造秀美山川”的真正含義和關鍵所在。提高綠洲的森林覆蓋率，在統一規劃下開發和建設；建立環境資源補償金製度；嚴禁在長江、黃河源頭上遊和塔裏木河進行森林砍伐，對坡度25度以上地帶堅決實行退耕還草還林；國家財政專設大江大河源頭及上遊自然生態環境保護與建設專項基金，專用於水土保持、植樹種草、退耕還草還林等生態建設，采取以工代賑的方式，使當地老百姓盡快擺脫貧困；將我國最大內陸河——塔裏木河列入國家重點河流治理工程；采取嚴厲措施治理西北城市大氣汙染；以“大掃除”方式關閉一批汙染嚴重企業；取消對煤炭生產、運輸、消費的各類補貼。
西部地區的整治和開發，從人與自然的關係來看，實質上是自然生態環境的重建問題。長期以來，在人們的觀念中，西部的廣大國土和自然資源似乎具有無限的性質，似乎可以任意開采，無需限製，也不需補償。人們對西部資源的長期掠奪，在環境保護上又缺乏自律，使西部的土地早已不堪重負，西部的生態環境實際已處於崩潰邊緣。現在的困境，實際上是大自然對人類的報複。