1955年6月24日，蔣介石免去了孫立人國民黨軍隊“陸軍總司令”職務，將其改任“總統府參軍長”，隨之又將孫秘密拘捕。
據了解內情人士透露,因涉及軍中派係及國際背景,主要是孫立人為非黃埔係出身,且留學美國軍校,愛穿馬靴,作風美式,黃埔出身之將領,對孫立人早就多有不滿。
而當時的美國政府,對孫立人期望很高,將之與蔣經國同視為一文一武之幹才,有意加以培植,終於埋下了孫被整肅的契機。
1955年6月發生的“ 郭廷亮案”,本來就同孫立人不大相幹。
這個案子的主要當事人是郭廷亮,原籍雲南省人,生於1921年。
郭廷亮係國民黨稅警總團幹部教練所學員隊2期畢業。孫立人任團長時,兩人有過來往。該團改為新編38師,郭是該師一名中尉排長。
該師改為新一軍後,孫立人任軍長,郭廷亮升少校營長。
1955 年6月,國民黨軍隊在台南地區舉行“總統”親校檢閱儀式,孫立人等高級將領陪蔣介石參加這次檢閱。
此前，據說某部炮兵連突然奉命攜帶彈藥,引起某炮長的懷疑,偷偷溜出營房,向政治部主任(蔣經國親手把持的情報係統)阮成章報告了,於是毛人鳳奉命乘專機南下,敗事案發。
因為這個案子是孫立人的部下郭廷亮等軍官密謀的,企圖在蔣介石閱兵時，以武力實行兵諫，所以在台灣就叫“孫立人兵變”事件,也就有了把孫立人整一輩子的理由。
但是,“郭廷亮案”到底與孫立人有多大的關係；至今仍是謠言紛紛，被台灣當局視為禁忌。
8月20日，蔣以“縱容”部屬武裝叛亂，“窩藏共諜”、“密謀犯上”的罪名，革除了孫的“總統府參軍長”的職務。指定陳誠、吳忠信、許世英、俞鴻鈞、何應欽、黃少穀、俞大維、王雲五、王寵惠等9人組成孫立人案“調查委員會”，對孫進行“審查”。10月31日，“調查委員會”公布上了長達1.6萬餘字的“調查報告”，羅列一係列罪過。蔣隨即下令將孫立人軟禁。據台灣報紙稱，孫被革職法辦的主要原因是，孫兼任“台灣防衛總司令”及“陸軍總司令”，其兵權僅次於陳誠，成為蔣經國插手軍隊控製軍權的一大障礙，加之孫被視為蔣軍中的“親美派將領”，與美關係密切，蔣擔心他擁兵自重，在美國指使下另有圖謀，對蔣氏父子統治不利，因而急欲去之。
孫被拘禁後，其部屬親信一一被調離軍職或遭查辦，除劉凱英脫逃外，其餘如郭廷亮、江雲錦、陳良塤、李成亮等在事發前後，均分別被捕入獄。
孫立人被剝奪軍權、遭到軟禁這一事件，對國民黨及蔣氏父子的形象損害至深。蔣經國死後，孫本人、株連者及其親友向國民黨當局提出“伸冤”、“平反”的強烈要求，對台灣政局產生相當衝擊。在各方輿論壓力下，台當局實際上已允孫有了某種自由，並準許公開露麵。孫生於1900年，死於1990年，安徽人，清華大學畢業，留學美國，長期在國民黨軍隊任職。