在大會舉行的前一天，黨外和當局已經有過幾次小的衝突。雙方劍拔弩張，隻等最後一搏。12月10日下午7時左右，在施明德的指揮下，與會者高舉火把，高喊“還我言論自由！”、“廢除戒嚴令！”、“反對特務統治！”、“打倒暴力集團！”、“人民萬歲！民主萬歲！人權萬歲！”、“人人經濟平等”等口號，舉行遊行示威。遊行隊伍很快與警察、憲兵發生衝突，直到次日淩晨2點半，雜誌社門前的軍警和民眾全部散去，高雄市才恢複了平靜。
在這次事件中，《美麗島》雜誌方麵有40多人受傷，當局方麵有183人受傷，其中傷勢較重者有憲兵47人，警察16人。自第三天淩晨起，國民黨的軍警憲特全部出動，在全島範圍搜捕與“美麗島事件”有關的黨外人士。
自12月13日開始行動，到次年2月1日，“警備總司令部”發言人宣布，共逮捕152人，其中55人交保釋放，40人交保候傳，在押61人。“涉嫌叛亂”的有53人，他們是黃信介、姚嘉文、張俊宏、呂秀蓮、陳菊、王拓、林義雄、周平德、紀萬生、張富忠、蘇秋鎮、楊青矗、陳忠信、邱奕彬、邱垂貞、施明德等。涉嫌藏匿人犯的8人是許晴富、張溫鷹、吳文、林文珍等。以此罪名被捕的還有1980年4月24日被捕的“台灣長老教會總幹事”高俊明。在平息高雄動亂後，《美麗島》雜誌被無限期查封，分支機構勒令關閉。12月15日，警方宣布將施明德的美籍妻子艾琳達“驅逐出境”。次日，《美麗島》宣傳組長邱垂貞、《夏潮》的骨幹蘇慶黎向當局自首。19日，台“行政院新聞局”宣布康寧祥主辦的《八十年代》和王拓主辦的《春風》無限期停刊。
以蔣經國為首的國民黨最高當局，在鎮壓“高雄動亂者”問題上取得了共識，無論是保守派還是開明派，都是主張堅決鎮壓的，要說有分歧隻是在具體方式和考慮後果方麵，雙方的差距就在鎮壓之外，政治革新還要不要繼續下去？保守派借鎮壓動亂分子之機，趁機提出暫緩容易引起動亂的“革新”；開明派則主張動亂要鎮壓，政治革新不能停。
蔣經國在對黨外的處理上，采取了開明派的主張，除對製造街頭動亂的肇事者本人嚴懲外，對一般參與者采取較為溫和的做法，給人以不想中斷“民主化”進程的形象。正如一些專門研究蔣經國的專著中指出的那樣，在“高雄事件”善後問題上，他在四個方麵做了轉向工作：降低處理事件的調門，表示當局絕不會借“高雄事件”進行所謂“大整肅”；逐漸縮小打擊麵，為已經開始膨脹起來的打擊黨外勢力的高壓政策減壓；三是設法平息高雄地區民憤，將已入獄一年的黨外大老餘登發“交保就醫”；強調繼續進行民主革新，表示高雄暴力事件“不會影響我們推動民主法製的既定政策及決心，民主法製之路，是我們一定要走的路”。蔣經國的四個方麵的轉向工作，顯出他要比專製開明得多，比西方的民主要複雜得多，比保守派要明智得多，比開明派要慎重得多，比黨外要狡猾得多。他的四條，既可以應付保守派，又可以讓開明派滿意，還可以讓黨外人士放心，即使在愛管東方人閑事的西方人那裏也就沒話可說了。
在大會舉行的前一天，黨外和當局已經有過幾次小的衝突。雙方劍拔弩張，隻等最後一搏。12月10日下午7時左右，在施明德的指揮下，與會者高舉火把，高喊“還我言論自由！”、“廢除戒嚴令！”、“反對特務統治！”、“打倒暴力集團！”、“人民萬歲！民主萬歲！人權萬歲！”、“人人經濟平等”等口號，舉行遊行示威。遊行隊伍很快與警察、憲兵發生衝突，直到次日淩晨2點半，雜誌社門前的軍警和民眾全部散去，高雄市才恢複了平靜。