配方一：木屑培養料配方：木屑73%，麩皮（或米糠）25%，石膏1%～2%。料與水的比例為1：1.4～1.6。
配方二：玉米芯培養料配方：玉米芯78%，麩皮15%，玉米粉5%，石膏1%，石灰1%。料水比例為1：1.7～1.8。
4．裝瓶
培養料經攪拌機均勻混合，並加水調至適宜的含水量。由於食用菌培養料中含米糠、麥麩等成分，拌料時溫度高、時間長，培養料易發酵酸敗，細菌大量繁殖，影響培養料營養及殺菌效果。所以在工廠化生產中，拌料工藝及時間掌握要恰當。工廠化生產都以塑料瓶裝為主。瓶子以選用聚丙烯材料為宜，耐高溫、高壓、無毒、透明。瓶子體積有850毫升、1100毫升等規格，瓶口直徑有50毫米、58毫米、65毫米、70毫米等不同規格，生產上應根據實際情況決定選用何種規格的塑料瓶子。攪拌好的培養料由提升機送至裝瓶機料鬥，進行裝瓶。裝瓶由裝瓶機組自動裝料，裝料鬆勁度均勻一致，裝料高度以離瓶口1br2處為適宜，裝料後料麵壓實並打孔，蓋好瓶蓋。
5．滅菌與冷卻
工廠化栽培金針菇，采用高壓蒸汽滅菌法，滅菌的時間較常壓滅菌時間大大縮短。滅菌結束後，培養料瓶從滅菌鍋中搬出後需置於潔淨的冷卻室內冷卻，冷卻至料溫在20℃以下，料溫冷卻不夠，影響菌種成品率及質量。
6．接種
滅菌結束待培養料溫度降至20℃以下後，料瓶搬入接種室，用自動接種機進行接種。接種使用的種菌必須仔細檢查是否有雜菌汙染及生長不良，確保所使用的菌種質量及種性穩定。種菌用前需經無菌操作去除上表麵及接種孔裏的老菌塊。為保證接種環境的潔淨，接種人員需更換清洗、消毒過的衣、帽、鞋，配帶口罩，通過淋浴潔淨後進入接種室。接種前消毒接種機接觸菌種的部件。定量接種，每瓶原種約接44～50瓶栽培瓶。接種量過多，浪費菌種，並影響菌種瓶內的通風換氣；接種量過少，料麵菌種封麵慢，易引起汙染。
7．發菌培養
接好菌種後，將菌種瓶移入培養室發菌培養。培養室的菌種堆放形式、密度十分重要，堆放高度以12～15層為宜，每區域留通風道，以保證培養室每個區域的溫度、濕度、氧氣等環境條件均勻一致，使菌種生長速度整齊、一致。金針菇發菌適溫20～22℃，由於發菌初期及後期菌絲生長呼吸所產生的熱量較少，而發菌中期菌種生長旺盛，發熱量大，故培養室溫度設定分階段性調整。另外，發菌過程中，菌絲呼吸產出熱量導致料溫較室溫高，所以室溫的控製要保證料溫不超過菌絲生長的適溫範圍，否則高溫會引起菌絲生長緩慢，甚至停止，菌絲老化等生理障礙，最終不出菇或出菇質量差。
配方一：木屑培養料配方：木屑73%，麩皮（或米糠）25%，石膏1%～2%。料與水的比例為1：1.4～1.6。
配方二：玉米芯培養料配方：玉米芯78%，麩皮15%，玉米粉5%，石膏1%，石灰1%。料水比例為1：1.7～1.8。
4．裝瓶
培養料經攪拌機均勻混合，並加水調至適宜的含水量。由於食用菌培養料中含米糠、麥麩等成分，拌料時溫度高、時間長，培養料易發酵酸敗，細菌大量繁殖，影響培養料營養及殺菌效果。所以在工廠化生產中，拌料工藝及時間掌握要恰當。工廠化生產都以塑料瓶裝為主。瓶子以選用聚丙烯材料為宜，耐高溫、高壓、無毒、透明。瓶子體積有850毫升、1100毫升等規格，瓶口直徑有50毫米、58毫米、65毫米、70毫米等不同規格，生產上應根據實際情況決定選用何種規格的塑料瓶子。攪拌好的培養料由提升機送至裝瓶機料鬥，進行裝瓶。裝瓶由裝瓶機組自動裝料，裝料鬆勁度均勻一致，裝料高度以離瓶口1br2處為適宜，裝料後料麵壓實並打孔，蓋好瓶蓋。
5．滅菌與冷卻
工廠化栽培金針菇，采用高壓蒸汽滅菌法，滅菌的時間較常壓滅菌時間大大縮短。滅菌結束後，培養料瓶從滅菌鍋中搬出後需置於潔淨的冷卻室內冷卻，冷卻至料溫在20℃以下，料溫冷卻不夠，影響菌種成品率及質量。
6．接種
滅菌結束待培養料溫度降至20℃以下後，料瓶搬入接種室，用自動接種機進行接種。接種使用的種菌必須仔細檢查是否有雜菌汙染及生長不良，確保所使用的菌種質量及種性穩定。種菌用前需經無菌操作去除上表麵及接種孔裏的老菌塊。為保證接種環境的潔淨，接種人員需更換清洗、消毒過的衣、帽、鞋，配帶口罩，通過淋浴潔淨後進入接種室。接種前消毒接種機接觸菌種的部件。定量接種，每瓶原種約接44～50瓶栽培瓶。接種量過多，浪費菌種，並影響菌種瓶內的通風換氣；接種量過少，料麵菌種封麵慢，易引起汙染。
7．發菌培養
接好菌種後，將菌種瓶移入培養室發菌培養。培養室的菌種堆放形式、密度十分重要，堆放高度以12～15層為宜，每區域留通風道，以保證培養室每個區域的溫度、濕度、氧氣等環境條件均勻一致，使菌種生長速度整齊、一致。金針菇發菌適溫20～22℃，由於發菌初期及後期菌絲生長呼吸所產生的熱量較少，而發菌中期菌種生長旺盛，發熱量大，故培養室溫度設定分階段性調整。另外，發菌過程中，菌絲呼吸產出熱量導致料溫較室溫高，所以室溫的控製要保證料溫不超過菌絲生長的適溫範圍，否則高溫會引起菌絲生長緩慢，甚至停止，菌絲老化等生理障礙，最終不出菇或出菇質量差。
發菌過程中培養室的相對濕度控製在60%～70%。發菌初期培養室空氣濕度高，易引起雜菌滋生，並且菌種易產生氣生菌絲，影響吃料速度；發菌中、後期，隨著菌絲呼吸旺盛，水分消耗增加，需相應提高空氣濕度。金針菇發菌期間，不需要光照，直射或散射光會阻礙菌絲生長，所以培養室要避免光照。
菌絲生長呼吸產生大量二氧化碳，通風不良，二氧化碳濃度積累，不僅造成菌絲生長生理障礙，而且易導致培養室滋生雜菌。發菌初期菌絲呼吸作用弱，通風換氣次數及時間相對減少，而中後期，菌絲生長旺盛，呼吸作用強，需適當增加通風、排風次數與時間，培養室的二氧化碳濃度保持在4000毫克br千克以下。