國民黨主席馬英九“特別費”案遭起訴，多位國民黨立委呼籲榮譽主席連戰，應在國民黨主席萬一出缺時回任國民黨主席，以穩定大局並協調馬王關係。孫大千和雷倩都曾在1月底麵見連戰，麵請連戰在馬英九萬一遭到起訴時出麵穩定情勢。
相關人士指出，國民黨榮譽主席連戰現階段並無意願直接回鍋擔任黨主席，更別提要循黨內選舉途徑回任的方式，除非黨內勸進聲浪極大，而且可以徹底解決連戰返回黨中央的內規問題，否則連戰短期內將不會再踏進中央黨部大門。
而在馬英九宣布請辭黨主席之後，包括黨主席辦公室主任康炳政與多位從台北市府轉任的辦公室秘書都將跟隨馬離職，成為最短命的核心中高階黨工。
相關人士指出，即使馬英九暫離黨主席職務，但隻要仍有機會代表國民黨參加“總統”大選，現有的黨務高層人事布局還是必須維持馬英九當時宣示的“戰鬥團隊”組合，除非確定馬英九無法披掛國民黨旗幟參選，否則相關黨務高層短期內不會改組異動。
三、協調“王馬”相忍為黨
馬英九辭主席後，國民黨排黑條款被廢，王馬兩陣營升高對峙態勢，國民黨榮譽主席連戰同意出麵協調，敲定周五“王馬會”，協調“總統”大選議題，讓“王馬合”出現第一道曙光。
吳伯雄2月14日早上率五位副主席拜訪連戰，說明國民黨內對馬英九被起訴後的危機因應，也談到王、馬之爭已一觸即發，協調工作刻不容緩。
連戰農曆除夕要出國，但他願意在年前促成“連馬王”會，吳伯雄隨即與馬、王兩方聯係。敲定將在16日上午10點，在連戰位於仁愛路的兩岸和平發展基金會辦公室。
國民黨高層互信基礎相當薄弱，馬王陣營分別對吳伯雄、連戰的立場有所質疑，據透露，周五連戰邀王馬及吳伯雄會麵交換意見，很可能還會找一位人士參與，見證轉述會談內容。
相關人士指出，王馬會應該不能一次就拍板定案，可能要等連戰三月初從澳洲度假返國後再做協調，連戰會全力居間折衝。事實上，這次“王馬會”無果而終。
吳伯雄轉述連戰說法表示，展望未來，國民黨一定要團結，力量合起來不一定贏，不合起來一定輸。連戰表示，一個黨輸贏不要緊，台灣的前途、2300萬人的命運，國民黨有責任，未來希望全力結合力量，做黨內團結的工作。
不過，針對國民黨前晚通過修改排黑條款的做法，連戰並不表認同，還曾念了代理黨主席吳伯雄幾句，不過，隨後連戰還是抱持著事情過了就算了的態度，主張黨內應積極處理馬王參選問題，凝聚團結共識。
馬英九自認是放眼當今政壇、最清廉正直的政治人物，被承辦檢察官形容為“忘了更換車牌就將贓車開上路的小偷”，對馬英九而言，無疑是難以承受之重。
擔任國民黨主席514天，馬英九被檢方依貪汙罪嫌起訴，意外成為最早表態的“總統”參選人。國民黨高層透露，馬英九早就決定進軍大位，但有好幾種方案在評估，辭職並宣布參選隻是方案之一，且從頭到尾就不考慮脫離國民黨獨立參選。
馬英九宣布參選“總統”，排黑條款就必須因應修正，“你不同時改的話，馬英九就會被質疑，排黑條款還在，你宣布參選是什麼意思？”一旦宣布參選，整套機製就啟動，修正排黑條款也就成了不得不走的路。
回顧13日中山會報時，氣氛就相當凝重，中山會報草草結束，馬英九回到黨主席辦公室。吳伯雄等六位副主席、秘書長吳敦義、文傳會主委楊渡，全部擁至馬英九辦公室，繼續勸說馬英九。
後來訪客越來越多，包括縣市長、“立委”，此時十多位黨內高層，已擠在馬英九辦公室內的小會議桌上，為馬獻策；副主席力推馬英九宣布參選，氣氛熱烈。據了解，馬一開始還很抗拒，但副主席意見一致，著眼點在於國民黨的團結與士氣，以“使命感”企圖打動馬。
與會者說，“人家早就不擇手段，主席你還在彬彬君子，怎麼打仗？”但馬英九對此遲疑，希望深思熟慮再決定。
一向溫和的副主席詹春柏，此時態度也非常堅決，他說，在這種時刻，主席再不強硬起來，無法對支持者交代！吳伯雄話也說得很重：“這是一個機會，主席你再軟下去，泛藍會崩盤，整個國民黨會四分五裂！”他頓了頓：“如果我是你，我一定現在宣布。”
一向謹慎的馬英九在眾人壓力下，承諾“會慎重考慮”。等到黨內高層離開黨主席辦公室後，隻剩馬跟楊渡，此時馬英九語氣平靜地說：“好，那就宣布參選吧！”指示楊渡草擬聲明。
島內有觀察家認為，馬英九應擴大涵納，王金平須減少小動作。
馬英九遭到起訴，迫使他辭去主席，並提前宣布參選2008大選。與此同時，國民黨內仍暗潮洶湧，擁馬和擁王勢力相互較勁。
馬英九和王金平在大選中要不要配或怎麼配，其實是次要的問題；最大的問題是，身為國民黨兩大支柱，兩人卻形同陌路，不僅缺乏共同麵對大局的氣度，甚至缺乏解決歧見的意願。姑不說兩人爭的是領導“國家”的資格，現在僅為了個人心結，都可以把黨的利益拋在腦後，這如何教人民相信他們有誠意化解藍綠分歧，或有能力弭平社會裂痕？
由於曆練迥異，馬王的性格、背景和群眾基礎差異極大，這原本可構成極佳的互補。可惜，兩人卻將差異極端化，彼此懷疑，互相排拒。從任何角度看，將有利的互補變成有害的互斥，將共同夥伴視為背上芒刺，都是極其愚昧。然而，雙方陣營卻不斷冷言冷語營造歧見，讓藍軍支持者失望且痛心。