陳水扁懼怕兩岸關係發展會增進同胞間的相互了解、拉近彼此距離，最終導致祖國統一。所以他使盡渾身解數，意圖阻擋曆史車輪前進。第一，他極端仇視、反對主張“大陸與台灣均是中國的領土”、“促成國家的統一，應是中國人的共同的責任”的《國家統一綱領》。在該綱領通過不久，他就以“立委”身份發表給李登輝的“十大國是建言”，“建議”“國家統一綱領應改為台灣與中國大陸基本法”，“國統會應調整為國家前途發展委員會”。之後隻要有機會，他就宣揚這一套。所以1997年他“婉辭”就任“國統會”委員，是很自然的事。第二，蓄意破壞海協會和海基會之間的商談。如1993年，在兩會即將在新加坡舉行裏程碑性的“汪辜會談”時，陳水扁在“立法院”提出議案，無理要求台灣方麵的代表“依三不原則”行事，即“未經國會同意的議題——不談，未經上級同意的議題——不碰，未經朝野同意的議題——不算”。他還要求台灣當局向民眾宣示，如果會談涉及政治議題，一律不予承認。第三，為兩岸經貿交流設置障礙。如1998年3月，陳水扁在美國訪問時，發揮李登輝“戒急用忍”的思想、政策,在島內外第一個提出“台商在大陸的投資熱過了頭”，為因應此種形勢，要對他們在中國的投資課征“國家安全捐”。《新台灣》新聞周刊就此稱讚道“國安捐構想，有很多‘台獨’基因”。
凡是“台獨”理念濃烈者，幾乎無一例外地都是省籍情結的偏執狂。他們把對國民黨政權的政治賬，不分清紅皂白地算在所有大陸籍人身上；他們口頭兒上喊著“台灣命運共同體”，實際上對大陸籍同胞處處排斥、打擊，隻有對陳師孟之類的極少數人除外，陳水扁就是他們當中的一個。例如，1995年底民進黨中有人提出：“大合解、大聯合”政策，表示“大和解即是在政治上追求大聯合，在社會上講求大包容、大寬容及大寬恕”，“大聯合就是在台灣沒有任何政治力量可以獨立解決各種危機的情況下，所有政治勢力要尊重彼此的意見，結合2100萬人的力量共同渡過台灣社會的危機。”這一族群間實現“包容、寬容、寬恕、聯合”的主張，引來陳水扁等人的強烈反彈。他們指責“大和解、大聯合”是“放棄獨立建國理念”，違反民進黨黨綱及建黨精神。又如，陳水扁在1998年為尋求台北市長連任，攻擊競爭對手是“新賣台集團的棋子”，並把省籍與語言硬捏在一起，將說台語的自己和不大會講台語的對手比喻為“土狗V．S貴賓狗”，引發了一場激烈的省籍之戰；1999年他為了當“總統”，又拋出“真假台灣人”之說，聲言：“真台灣人，誠心認同這塊土地，假台灣人，隨中國統派思潮起舞。”他的競選搭檔呂秀蓮也煽動說：“民眾眼睛要擦亮，如果要選台灣總統一定要‘台灣之子’陳水扁來當，不要去選在西安出生的或湖南人當總統”。
陳水扁對自己參與炮製的“台獨黨綱”奉為圭臬，誓言“台獨是理想與堅持”，“絕不動搖”。1998年4月，陳水扁訪問美國時，為了不被扣上“麻煩製造者”的帽子，以贏得支持，他表示承認“中華民國國號”，但緊跟著又聲明：“忍耐不代表放棄原有理想”。果不其然，回台後他總不厭其煩地發表宣示性講話和政策性文件。反複強調，“台灣是一個主權獨立的國家，主權獨立與中華人民共和國之外，絕不是一區、一省或是地方政府”，這是他20年前“確定了的人生理想”。1999年11月，陳在《跨世紀中國政策白皮書》中妄稱：“台灣是一個主權獨立的國家，依目前憲法稱為‘中華民國’，台灣不是中華人民共和國的一部分，台灣與中華人民共和國，是兩個互不隸屬、互不統治、互不管轄的國家。”在為此文件做說明性演講時，他更口出狂言：“事實證明，在強弱懸殊的情況下，台灣之所以能繼續存在，不是因為我們對中國的迎合，而是因為我們的堅持，台灣是一個主權獨立國家是我們與中國往來的根本原則，這是絕不能動搖的。”陳水扁還攻擊說“中國是台灣最大的敵對國家”，妄圖煽動台胞對祖國大陸的不滿，“在民眾心底播種恐共拒共的種子”，使兩岸分裂一直“堅持”下去。
從以上所擺事實，人們不難看出陳水扁的“台獨”真麵目。一位哲人說過：看一個人的過去，就知道他的現在，看他的現在，就知道他的將來。這句話對今天的陳水扁來說，是適用的，他的作為也不斷地證明了這一判斷的生命力。
2000年，陳水扁上台後，為緩解各方壓力，維係“台獨”政權，開始施用其慣有伎倆，提出“四不一沒有”的“承諾”，推行“隻做不說的兩國論”和“漸進式台獨”路線，兩岸關係發展始終潛伏著危機。2002年以來，隨著權位的基本穩定，陳水扁的“台獨”立場日趨強硬，7月他提出“台灣要走自己的路，走咱台灣的路，走出台灣的前途”；8月3日，他更露骨地提出“台灣與對岸中國一邊一國，要分清楚”，“要認真思考公投立法的重要性和迫切性”，撕下了其“四不一沒有”的偽裝，徹底暴露其“台獨”的真麵目。可以看出，在集黨政軍大權於一統後，自詡為“台灣之子”的陳水扁更加堅持其“台獨”理念，並以各種手段在各個領域貫徹其“台獨”路線。
其實，陳水扁的“台獨”立場是一貫的，我們不妨看看陳水扁上台以來有關兩岸政策談話的變化：
2000年5月20日就任台灣地區領導人講話：
“四不一沒有”：任內不宣布“台獨”、不更改“國號”，不推動“兩國論入憲”、不推動改變現狀的“公投”以及沒有廢除“國統綱領”的問題。
2000年12月31日元旦談話：
依據“中華民國憲法”，一個中國原本不是問題。