從兩岸經貿與文化統合著手，進而追求兩岸永久和平、政治統合之新架構。
2001年5月18日就職周年談話：
願就包括“三通”在內的問題與江澤民直接對話，共同締造兩岸領導人“握手的一刻”。
2002年5月9日大擔島談話：
公開邀請大陸領導人到大擔島泡茶，並表示擔任民進黨主席後將指派組團訪問大陸。
2002年5月12日接受美國《新聞周刊》專訪：
兩岸關係的正常化必須做到政治平衡、軍事平衡及經濟平衡。
台灣適合當“獨立國家”，這是事實。不管人家同不同意、接不接受，台灣已經是一個“獨立的國家”。
2002年6月4日接見美國智庫及學界代表講話：
身為華裔，確實期待有一趟中國大陸尋根之旅；而身為“中華民國總統”，則希望能與大陸領導人握手和解。
“中華民國”仍是目前台灣社會最大共識，而台灣之“國號”就是“中華民國”。
2002年7月21日就任民進黨主席講話：
走咱自己的路，走咱的台灣路，走出台灣自己的前途。
2002年7月30日兼民進黨主席後第一次中執會講話：
民進黨1999年通過的“台灣前途決議文”是民進黨黨綱的重大裏程碑，也是目前處理兩岸問題的最高原則。
隻要大陸願意放棄對台動武，我們並不會改變既有的現狀。
2002年8月3日向“世台會”發表談話：
台灣和大陸是“一邊一國”。
考慮就“台灣前途公投立法”。
麵對“一邊一國論”引起的島內政經衝擊波，陳水扁在8月6日主持民進黨中常會時表示，外界將他8月3日的講話簡化為“一邊一國論”，這樣去頭去尾、過度簡化，可能會造成誤解，陳水扁認為比較簡單貼切的名稱，應該是“主權對等論”；他也籲請黨員對在野黨的批評應相忍為黨，積極謀求政黨和諧與合作，一致對外。
台灣當局也急忙否認此言論的“台獨”本質。在李登輝時代就曾參與所謂“兩國論”決策的當局“陸委會主委”蔡英文5日代表台當局向媒體辯稱，陳水扁的“一邊一國論”是強調台灣“享有主權獨立，不屬於中華人民共和國”之“事實”，和“兩國論”不相幹。陳水扁“隻是描述現狀，沒有政策性的意圖”。
蔡英文也表示拒絕接受一個中國原則和“一國兩製”，並稱陳水扁要表達的是，台灣當局“在防禦性地預防或避免現狀被改變”。
陳水扁緣何此時拋出“一邊一國論”？
陳水扁繼2002年7月22日在就任民進黨主席時發表台灣要“走自己的路”的講話之後，又於8月3日拋出“一邊一國論”，表明其要調整兩年來大陸政策方麵的柔軟姿態，轉而通過各種手段對抗和挑釁大陸。
陳水扁在當選台灣領導人後，迫於隻獲得少數台灣民眾支持，以及台海兩岸與國際的現實，為了保住政權，陳水扁不得不對其“台獨”主張做一些掩飾。在2000年5月20日的就職演說中，陳水扁表示，他上台後“不會宣布台灣獨立，不會更改國號，不會搞兩國論入憲，不推動統獨公投，沒有廢除國統綱領與國統會的問題”，並強調要調整“戒急用忍”政策，推動兩岸“三通”，致力於兩岸關係的改善。在2001年的元旦祝詞中，他又提出了兩岸由經濟、文化統合逐步走向政治統合的“統合論”。
然而，陳水扁在執政一年後，自認為政權得到穩固，其大陸政策由過去的“台獨模糊”逐步走向“台獨清晰”。陳水扁在推動“去中國化”的漸進式“台獨”的同時，其分裂中國言論也逐漸走向強硬。在2001年7月於台北舉行的第28屆“世台會”年會中，陳水扁公開表白，“台獨”目標在他心中，他不會忘記。2002年7月22日，他在出任民進黨主席的時候宣稱要走自己的路。隨後，他又曾四度重申被各解讀為“台獨之路”的“自己的路”。8月3日，“世台會”在日本東京舉行第29屆年會，陳水扁在台北以視訊直播的方式發表賀詞。他說，“台灣要走自己的路，台灣是主權獨立的國家，不是別人的一部分，也不是地方政府，更不是香港、澳門”，“台灣和對岸的中國是一邊一國，要分清楚”，“有必要以公民投票決定台灣的未來，公民投票是我們長遠追求的目標，是基本人權，大家應認真思考公民投票立法的必要性與迫切性”。這是他就任台灣“總統”以後，第一次公開說要搞“兩國論”和“統獨公投”的話，表明其要撕開“台獨”的偽裝，徹底走向“台獨”分裂之路。
從其言談舉止來看，陳水扁的“台獨”立場越來越明顯、大陸政策越來越強硬，試作分析，主要有以下幾個方麵的原因：
一是“台獨”固疾作祟。早期的陳水扁，其“台獨”主張比較激進。年青時代，陳水扁將“台獨”視為人生理想。那時，他強烈主張，“台灣是主權獨立於中華人民共和國之外的國家”；“台灣、中共，一邊一國”，“為了台灣的前途和未來，台灣應該獨立”。1990年年11月，時任“立法委員”的陳水扁在“立法院”總質詢中，提出兩岸以東西德《基礎條約》模式，簽訂《兩岸基礎條約》，實際上就是主張“兩國論”。90年代，陳水扁又先後推動民進黨通過了“台灣主權獨立決議文”和“台獨黨綱”，民進黨因此蛻變成“台獨黨”。2000年3月競選台灣領導人期間，他曾高喊“台獨萬歲”口號。從陳水扁的成長人生來看，他的“台獨”思想是相當根深蒂固的，因而其發出“一邊一國”、“公投立法”等“台獨”言論就不足奇了。陳水扁的“一邊一國”、“公投立法”，是在呼應李登輝的“兩國論”，呼應李登輝7月24日所說的“台灣建國就在2008年”，是在為“台獨”鳴鑼開道，陳水扁做“台獨”的前鋒，李登輝做總後台。