11月16日 陳水扁持續禁食5天，被看守所戒護至醫院強製送醫。
2．法院審理階段——扁被長期羈押，家人多次出庭、部分認罪
12月12日 針對陳水扁及其家庭所涉機要費案、洗錢案、南港展覽館工程案以及龍潭購地案，台檢方偵辦終結，對陳水扁、吳淑珍等14名被告提起公訴。起訴書未對陳水扁家人具體求刑，但請求法院對陳水扁“依最嚴厲之刑量刑”；並認為吳淑珍惡行重大，要求“從重量刑”。
12月30日 台北地方法院經過長達12個多小時的庭訊、評議後，合議庭審判長裁定將陳水扁羈押，但不禁見。
2009年
1月19日 陳水扁家族四大弊案召開準備程序庭。
2月10日 連續17次請假的吳淑珍出庭應訊，承認“機要費”的案子有使用他人的發票進行報帳核銷，對偽造文書部分認罪，但不承認貪汙部分。
5月5日 “特偵組”偵辦陳水扁涉貪瀆等案第二波案情偵查終結。檢方依公務員對職務上的行為收受賄賂及圖利等罪，將陳水扁及妻子吳淑珍追加起訴。
5月11日 台北地方法院針對陳水扁延押與否展開評議，宣布將陳水扁繼續羈押兩個月。
6月3日 “特偵組”偵辦陳水扁涉貪瀆等案，發現陳水扁女兒陳幸妤、女婿趙建銘、兒子陳致中在屢次偵訊過程中供詞不一，涉嫌偽證罪。“特偵組”已分案偵辦，並將3人列為被告。
6月4日 針對“特偵組”5月5日追加起訴陳水扁和吳淑珍收賄、圖利以及違反“政治獻金法”三項罪嫌，台北地方法院傳喚吳淑珍召開準備程序庭，吳淑珍當庭部分認罪。
6月22日 陳水扁女兒陳幸妤、女婿趙建銘、兒子陳致中均坦承曾作偽證。
陳水扁涉嫌在任內11次出訪期間，侵占機密“外交”款項共計30餘萬美元，已被列為貪汙被告。案件已被移送“特偵組”偵辦。
6月30日 台北地檢署偵辦陳水扁女兒陳幸妤偽證案，簽分吳淑珍為教唆偽證罪被告。
7月13日 台北地方法院宣布，陳水扁被控貪汙、洗錢等案，羈押要件未消失，合議庭裁定將其繼續延押兩個月。
7月17日 台北地檢署依偽證罪起訴陳水扁夫人吳淑珍、兒子陳致中、女兒陳幸妤、女婿趙建銘，並依教唆偽證罪起訴吳淑珍。由於吳淑珍等4人在偵查中自白，檢方請求法院減輕其刑。
7月27日 台北地方法院審理陳水扁家族弊案，從當日起到7月30日展開密集開庭，並進行言詞辯論程序。
8月4日 台北地方法院傳喚陳水扁兒子陳致中等6人確認認罪協商。檢方指出，由於6名被告犯罪情節重大，且有後案待查，6人認罪協商都將遭拒絕。
3．法院宣判階段——扁家人因各種罪名分別獲刑
2009年9月1日 台檢方偵辦機要費案衍生偽證案，起訴陳水扁家族4人以及前101大樓董事長陳敏熏，台北地方法院作出一審宣判：扁妻吳淑珍判刑2年，減刑為1年；扁子陳致中、女兒陳幸妤、女婿趙建銘判刑1年，減刑為6個月。
此外，法院另案告發陳致中、陳幸妤涉及貪汙罪。此後，法官另告發陳水扁涉嫌教唆偽證罪，由檢察官偵辦。
9月11日 台北法院對陳水扁家族所涉機要費、洗錢、龍潭購地、南港展館等弊案，進行一審宣判。陳水扁夫婦被判無期徒刑。
12月24日，特偵組偵結二次金改案，依貪汙、洗錢等罪起訴陳水扁吳淑珍；扁家子女陳致中、黃睿靚、陳幸妤，以及部分企業高層，均遭起訴洗錢罪。
2010年
6月11日，扁家4大案二審宣判，陳水扁、吳淑珍分別被判刑20年，褫奪公權10年。
11月5日，金改案一審，台北地院判決陳水扁、吳淑珍及扁家子女、相關企業高層等全部被告無罪。
11月11日，扁家4大案，“最高法院”自為判決，在龍潭案及陳敏熏人事案，分判扁、珍11年、8年，未來由高院定合並執行刑期；機要費及南港展覽館等案，發回更審。
……
11月16日 陳水扁持續禁食5天，被看守所戒護至醫院強製送醫。