樓上的槍榴彈首先開槍，大約有十個人在樓上扣動了扳機，對麵大樓立即就被連續的槍榴彈擊中，緊接著五條火龍向對麵大樓噴射過去，大樓突然就起火，緊接著又是爆炸聲。從大樓裏麵傳出了鬼哭狼嚎的聲音，有的日本人穿著白大褂從三樓、四樓、五樓上往下跳，接著就聽見一聲聲連鎖爆炸的聲音。第二組爆破隊員靠進了大樓一層，從一樓邊兒繞過去向第二座大樓進行射擊，槍榴彈和火焰噴射器像刮風一樣的把第二座大樓也炸塌和點著了。從遠處就聽見有幾百人在大聲用日語喊救命。突擊隊有三百多人身穿防化服端著衝鋒槍和輕機槍，衝進了這個大院。他們不管是活人還是死人見一個殺一個，呐喊著衝進了大樓後麵的平房大院，向各個平房扔出了美式手雷，爆炸聲與慘叫聲交織在一起，讓人聽了後簡直像是進了地獄一般。第三批隊伍又衝了進去，向縱深發展，不管是大人還是小孩子，一律殺掉。
這支部隊沒有時間向其它地方的日軍求救，其他地方的日軍第一師團的第一團從遠處向這個方向張望；遠在永定門的混成旅用望遠鏡站在樓上向前門珠市口眺望，他們沒有接到求救的信號，再加上得到的命令是前門一帶發現傳染病，命令各守自己的營地，所以他們不敢出兵。
1420部隊有一千人的武裝，他們沒有想到大樓會爆炸，也沒有想到有人會發動突然襲擊，所以沒有任何的抵抗觀念。龔前手下的衝鋒隊伍如入無人之境，見房就炸，見人就殺，每個角落都不放過，槍聲炸彈聲響成一片，從大樓到後院死屍累累，鮮血盡流。
從前門到天橋一帶，各個胡同已經拉上了隔離標誌，上千人維持秩序，所有人配戴紅十字會的袖章，絕大多數人都戴著口罩。有幾個人手裏拿著紙作的大喇叭，向周圍的居民喊話：“北平市民們，居民們，大家不要怕，都呆在家裏不要隨意走動，這裏發現了傳染病，需要隔離，請大家自覺地遵守秩序！”
兩千多暴風隊員全部進入大樓後，身穿這防化服，戴著防毒麵具，端著狙擊槍和衝鋒槍，一部分隊員站在馬路上斷絕交通。
在大院內，一小部分日軍士兵開始了局部的反擊，遭到了暴風隊員的猛烈進攻。一個小時後，裏麵基本上沒有了動靜，隻有一些零星的槍聲和爆炸聲。
從遠處開來了十多輛消防車，鳴著汽笛呼嘯著向珠市口趕來，他們接好水龍頭，向已經燒透和倒塌的兩棟大樓澆水滅火。在四外看熱鬧的人群中，還有好多身穿日軍軍服的士兵。日本反戰同盟的幾個同誌向這些看熱鬧的日軍官兵介紹這次疫情來勢凶猛，用這種方法進行徹底隔離和防疫的必要性和必然性。並且告訴他們趕快回到自己的兵營區，防止被傳染，那些日軍官兵很不情願的回去了。
龔前命令，所有隊員檢查還有沒有活著的，如果有立即就地處決。各小隊檢查兩棟大樓，檢查傷亡情況，不許留活口。包括地下室，必須徹底掃清，砸碎所有器械。檢查結果發現，兩棟大樓所有的人全部斃命，包括地下室的三十名“馬魯他”。
時間已經到了半夜三點鍾，龔前得出了最後檢查結果，兩棟大樓已經全部被燒毀，局部倒塌，後院二十三間平房全部倒塌和燒毀，日軍官兵加上技術人員共計死亡一千二百三十六名；中國人和服務人員死亡五十六名，日軍家屬兒童死亡十一名，老人死亡三名。損壞各種玻璃製品一萬四千多件，所有實驗材料全部被燒化。暴風隊受傷十一名，都是被倒塌的房屋露出的鋼筋劃破。
消防隊通知衛生局趕緊派衛生清潔車到珠市口拉死屍進行火化，爭取在很短的時間內把屍體火化完畢。等天亮後，消防車噴灑消毒藥水，對現場進行消毒。隔離障礙物仍然放在那裏，人卻撤得幹幹淨淨，所有參戰人員消失得無影無蹤。