麵對業界關於京東微店將被邊緣化的質疑，京東的內部人士則認為，京東微店與騰訊的微信小店並不衝突，兩者存在著很大的差異。
首先，京東微店對商家有要求，隻有京東商城的入駐商家才可以開通京東微店。而微信小店開放程度要比京東微店大很多。同時，相較於隻是提供基礎服務的微信小店，京東微店提供給商家包括物流在內的每一個電商服務環節，服務麵要比微信小店廣。依此兩點，京東微店同微信小店不存在衝突。並且，京東還歡迎高品質的微信小店商家入駐京東平台。
然而，京東微店與微信小店在電商方麵存在業務的交叉，在共享同一個用戶流量的時候，不可避免地會產生一定的競爭。
有人說，騰訊同京東的聯合動機並不單純，是別有用心之舉。騰訊有意將易迅、拍拍網這樣的“重電商”扔給京東，自己卻另辟蹊徑，從“輕電商”——微信小店入手。所以，當騰訊在微信平台上開放了屬於自己的微信小店的時候，很大程度上會對京東在移動客戶端上的用戶流量造成影響，對京東微店形成威脅。
一直以來，流量、入口、支付是京東的短板。同騰訊合作，京東無疑是衝著這三個方麵的資源而來。
從流量的角度來說，由於龐大的用戶流量基數，微信小店會成為很多商家的選擇。對於微信用戶而言，在日常的關注微信狀態的過程中就可實現購物，實在比逛京東微店要方便得多。在這一方麵，京東微店同其他的購物平台麵臨同樣的劣勢。
同時，京東在支付方麵一直發展薄弱，最近才有了自己的支付平台。而在同騰訊聯合之後，京東雖可以依靠財付通和微信支付，可京東微店的支付環節仍是以財付通為基礎，並不是以微信支付為基礎。但是，入駐京東微店的商家會麵臨一種情況，在開通京東微店之後，若想利用微信支付實現支付環節，仍舊需要為微信支付繳納2萬元押金。對於商家來說，還不如直接開通微信小店，直接在微信這個社交平台上實現交易。
而京東微店在商家選擇上也有限製，隻有京東的商家或者QQ網購的商家才能開通京東微店。而微信小店在這一方麵並沒有限製，能給更多的商家提供微電商的入口。
同時，微信小店作為一個健康的電商平台，提供的不僅僅是基礎服務，而是同其他電商一樣，兼顧每一個環節。
同微信的聯合帶給京東微店不少好處，但是微信作為騰訊一手打造的社交平台，肯定首先服務於自己的電商平台。
如果騰訊沒有推出微信小店，那麼京東微店就獨占了支付、流量的優勢，勢必會在微電商時代引人矚目。但是，對於騰訊而言，圍繞著微信所做的電商準備工作已經完備的情況下，微信小店這個微電商的開通是必然的事情。而隨著微信小店的日益完善，微信小店必定會成為微電商的核心，同在微信的京東微店就將麵臨被邊緣化的危機。
麵對業界關於京東微店將被邊緣化的質疑，京東的內部人士則認為，京東微店與騰訊的微信小店並不衝突，兩者存在著很大的差異。