阿森納再次複興的關鍵又是因為一位偉大的教練，他就是喬治.格拉漢姆（Gee Graham）。1986年格拉漢姆正式接過了阿森納的教鞭，在他的帶領下阿森納在上世紀80年代和90年代成為英格蘭頂級聯賽的頭號球隊。格拉漢姆有著濃厚的阿森納情結，他曾作為球員效力於阿森納，是1971年雙冠王陣容中的一員，而那時正是阿森納短暫的複興時期。格拉漢姆以鐵腕治軍，塑造出一支球風強悍、踢法硬朗的阿森納隊，這也恰恰符合了“兵工廠”和“槍手”的形象。格拉漢姆還慧眼識人，他從水晶宮隊買進了前鋒伊恩·賴特（Ian Wright），賴特也成為了阿森納進球紀錄的保持者，不過此後被亨利打破。格拉漢姆不僅是一位鐵腕領袖，不僅是一位眼光卓越的教練，他同樣是一位偉大的戰術大師，在他率隊期間，阿森納將造越位的戰術發揮到了極致。
1986~1987賽季，格拉漢姆在率隊的第一個賽季，就幫助阿森納奪取了倶樂部曆史上的第一座聯賽杯冠軍。1989年，阿森納又從當時的英格蘭和歐洲霸主利物浦手中奪得了聯賽冠軍，這個賽季對阿森納來說是很特殊的一個賽季，不僅時隔多年重新贏得了聯賽冠軍，而且是在異常艱難的情況下。1988~1989賽季，阿森納一路跟隨領頭羊利物浦，在聯賽最後一輪中，兩支球隊在利物浦主場安菲爾德直接對話，這場比賽直接決定了這個賽季的冠軍歸屬。賽前的形勢是，阿森納必須以兩球優勢擊敗利物浦，才能將冠軍從對手手裏搶走，麵對擁有巴恩斯、拉什等一批天才球員的紅軍，又是在安菲爾德客場，這個任務實在艱難。
比賽的過程和結果都足以讓阿森納載入史冊，也讓格拉漢姆的“鐵腕治軍”和阿森納的“鐵軍”形象深入人心。整個比賽過程中，阿森納全場狂攻。在補時開始之前，阿森納1：0領先進入補時階段。進入到補時最後一分鍾，奇跡出現了，阿森納前鋒托馬斯（Michael Thomas）單刀突入，打進了傳奇般的一球，阿森納2：0戰勝利物浦，硬生生地在對方主場從對方手中搶下了聯賽冠軍。這場比賽也成了阿森納曆史上最經典的一場比賽。
關鍵詞：鐵血槍手
上世紀80年代末和90年代初的英格蘭足球，是鼎盛的利物浦走向沒落、而弗格森的曼聯尚未登基的空白期，阿森納成為了這段時期內英格蘭最令人畏懼的力量，繼1989年不可思議的最後逆轉奪冠後，1990~1991賽季，格拉漢姆再次率隊奪取聯賽冠軍，著名的槍手後防四人組令人吃驚，整個賽季裏，阿森納隻輸掉了一場聯賽。
輝煌還在延續，1992~1993賽季，阿森納成為了第一支在同一個賽季裏贏得兩項杯賽冠軍的球隊，在足總杯和聯賽杯的決賽中，槍手們兩次擊敗謝菲爾德星期三隊捧杯。1994年，格拉漢姆時代的輝煌拓展到了歐洲賽場，他們在歐洲優勝者杯中一路高歌猛進，並在決賽中以1：0擊敗意大利勁旅帕爾馬，奪得了冠軍。阿森納倶樂部在格拉漢姆帶領下達到了頂點。要知道，當時的英格蘭球隊在歐洲戰場幾乎全軍覆沒，而英格蘭國家隊甚至沒能打進1994年世界杯的決賽圈。在這樣一個大環境下，阿森納贏得優勝者杯，對於全英格蘭的球迷來說，無疑是一個巨大的榮譽。
然而，阿森納的鐵血時代就此也走到了曆史盡頭。1995年，阿森納再次打入優勝者杯決賽，可惜不敵薩拉戈薩，格拉漢姆在賽季結束後也離開了球隊。曆史總會捉弄現實，沒有人能夠想到的是，格拉漢姆後來他會執教阿森納的死對頭托特納姆熱刺隊，這讓他一度成為阿森納球迷痛恨的對象。
關鍵詞：溫格時代
格拉漢姆離開後，帶走了屬於阿森納的一段輝煌。此後，霍斯頓和裏奧奇先後代理主教練職務，但都沒有延續太久。
阿森納再次的輝煌，同樣源於一位可以說即將成為球隊曆史上最偉大的一位主教練，他就是被稱為“教授”的法國人溫格。1996-1997賽季的上半段，阿森納挖來了當時尚執教日本名古屋鯨八隊的溫格，這位外表儒雅的法國人很快就重新帶領阿森納站在了英格蘭之巔。1997-1998賽季，也就是溫格成為主教練後的第一個完整賽季，他率領阿森納拿到了聯賽和足總杯的雙料冠軍，重演了1970-1971賽季的神奇，這也是俱樂部曆史上的第二次奪得雙冠王。從1996年到2009年，溫格已經在阿森納執教了長達13年，成為英格蘭球隊曆史上除了曼聯主帥弗格森之外在同一支球隊執教時間最長的主教練。在這13年中，他為阿森納帶來了3座聯賽冠軍獎杯，3座足總杯冠軍獎杯，以及一次打入歐洲冠軍杯決賽。
1996年，溫格入主阿森納之後，就開始按照自己的組隊思路，對阿森納進行了人員的大調整。1996年，有著“冰王子”美譽的荷蘭人博格坎普加盟阿森納，他在1997-1998賽季幫助球隊奪得雙冠王，個人榮膺球員聯盟的年度最佳球員和記者協會評出的最佳球員。此後，溫格又招攬了同胞佩蒂特（Emmanuel Petit）、維埃拉（Patribsp;Vieira）等人，這批幫助法國隊奪取1998年世界杯冠軍的球員們，在阿森納構建起了強大的法國幫。在同一個賽季裏，阿森納告別了鋒線傳奇伊恩·賴特。
不過，在一個雙冠的賽季之後世紀之交的幾年中，阿森納運氣欠佳。在聯賽中，連續三年屈居曼聯之後獲得聯賽亞軍；2000年，阿森納打進了歐洲聯盟杯的決賽，但遺憾的是在點球大戰中輸給了土耳其的加拉塔薩雷隊；2001年，他們又在足總杯決賽中1：2不敵利物浦，同樣屈居亞軍；同樣在2001年，阿森納打進了歐洲冠軍杯的八強，但被瓦倫西亞淘汰。
三年的蟄伏，讓阿森納更加強大，特別是在引進了阿森納此後曆史上最為出色的射手亨利之後，阿森納終於在2001-2002賽季向曼聯的王者地位發起了反擊。2001~2002賽季，阿森納再次奪得了聯賽和足總杯的冠軍，而且在聯賽中他們創造了13連勝的驕人戰績，整個賽季客場不敗。2002年5月，阿森納在老特拉福德1：0擊敗曼聯，鎖定了聯賽冠軍。從溫格入主阿森納到切爾西的崛起，阿森納一直都是唯一一支能夠和紅魔曼聯抗衡的隊伍。2002~2003賽季，阿森納在聯賽中一度形勢不錯，但最終被曼聯反超。不過在這一年裏，他們奪取了足總杯，也成為了這項賽事近20年中第一支衛冕的球隊。在這個賽季裏，亨利的迅速提升引人注目，他從剛到海布裏時一名不穩定、愛發脾氣的年輕人，逐漸成長為英超中最可怕的攻擊手。2003年，亨利當選了球員聯盟和記者協會評選的雙料最佳球員。