1988年，海因克斯接掌了球隊，而當時馬特烏斯、布雷默等球星都已離開拜仁，球隊進行了重建。但是拜仁的豪門底蘊以及海因克斯的調教，還是讓拜仁在1989年和1990年蟬聯了德甲冠軍，隻是在歐戰賽場上，拜仁毫無建樹。
1992年，海因克斯掛印而去，接替他的是索倫·勒爾比。拜仁不僅戰績沒有提升，反而一度陷入了保級的尷尬境地。埃裏希·裏貝克此時接掌了拜仁教鞭，而貝肯鮑爾和魯梅尼格雙雙回歸，隻不過身份已經變成了球隊的副主席。1993~1994賽季，率領德國奪得1990年世界杯的貝肯鮑爾正式掛帥，取代了裏貝克，而拜仁也在貝肯鮑爾的率領下再次奪得德甲冠軍。
1994年，貝肯鮑爾出任球隊主席，意大利金牌名帥特拉帕托尼接掌了球隊。然而，或許是不熟悉環境，拜仁在這個賽季僅僅獲得第六名，特拉帕托尼賽季末不得不下課。
1995年，雷哈格爾開始執教拜仁，也就是在這個賽季，“金色轟炸機”克林斯曼、赫爾佐格等人加盟拜仁，球隊重新進入輝煌時代。這個賽季隻能參加聯盟杯的拜仁，在驚心動魄的半決賽戰勝巴塞羅那之後,在決賽中戰勝波爾多,贏得了球隊曆史上唯一座聯盟杯冠軍。
此後一個賽季，特拉帕托尼重回拜仁，在這之後的兩個賽季中，他率領拜仁奪得了一次聯賽冠軍和一次德國杯的冠軍。
1998·1999賽季，希斯菲爾德接替了特拉帕托尼，埃芬博格也重回拜仁。希斯菲爾德的首個賽季出乎意料的順利，拜仁再次獲得德甲冠軍,並打入德國杯和歐洲冠軍杯的決賽。隻是在冠軍杯決賽中，他們在最後時刻被曼聯逆轉,痛失冠軍。
在此後的兩個賽季，拜仁拿下了德甲的三連冠，2001年獲得了歐洲冠軍杯冠軍，2003年又再次獲得冠軍。然而，在希斯菲爾德離開之後,拜仁就開始走向下坡路。
關鍵詞：拜仁戰士
拜仁是德國足球的象征，同時也繼承了德國足球的優秀傳統，那就是紀律、戰術、鋼鐵般的意誌和永不服輸的鬥誌，正如拜仁的宣傳語所說：“我們的鬥爭隻能有兩種可能的結局，不是敵人踩著我們的屍體過去,就是我們踩著敵人的屍體過去。”
從貝肯鮑爾和穆勒開始，拜仁迎來了布萊特納、魯梅尼格、馬特烏斯、埃芬博格、卡恩、巴拉克等位又一位超級球星，一代又一代最優秀的日耳曼
足球戰士將自己的青春和熱血奉獻給了拜仁。他們無一例外的都是那麼高大、強壯，他們不僅有全麵的技術，更有強焊的意誌和鋼鐵般的精神，他們的強大最重要的更是後點。他們每一個人都曾是或正是德國足球的脊梁，他們都有一個共同的名字——拜仁戰士,這也是拜仁能夠長盛不衰幾十年的秘訣,是拜仁引以為傲的地方。
關鍵詞：進入低穀
2006~2007賽季，頭號球星巴拉克遠走英倫，加盟切爾西。拜仁也徹底陷入了低穀,從馬加特到重新召回功勳老帥希斯菲爾德，甚至是率領德國創造出奇跡的少帥克林斯曼，都沒能改變拜仁在走下坡路的事實。
國內無法奪冠，在歐冠賽場上，拜仁也早已沒有了當初超級強隊的身影，連續幾個賽季都止步冠軍聯賽的8強。
關鍵詞：曆史最差開局
2009賽季，在8月22日晚進行的德甲第三輪比賽中，拜仁慕尼黑客場挑戰升班馬美因茨。然而僅僅上半場拜仁就丟了兩個球。雖然在下半場扳回一球，但最終以1：2告負升班馬美因茨。前三輪兩平一負僅積兩分，從而也創下了聯賽43年的最差開局。
球員掃描
澤·羅伯托
澤·羅伯托腳頭極硬，雖然很少射門，但能轟出極具威脅的勁射。澤·羅伯托的主要活動範圍在左路，能傳出弧線極佳的傳中，另外地麵滲透中的直傳直塞也極為細膩。另外，他還能通過主罰角球和任意球製造威脅。盤帶是澤·羅伯托的最強項，當他盤帶突破時，對手很難從他腳下斷球。
索薩
索薩有著“小王子”的美譽，他既可以打前腰，也可以勝任左右兩個邊路，他在比賽中總是十分積極，跑動範圍很大，求勝欲望強烈。
戈麥斯
戈麥斯身體強壯，頭球好，與庫蘭伊相似，但是腳下功夫勝過庫蘭伊。戈麥斯雖然高大又強壯，但同時又不乏速度，而且善於在邊路創造機會。
施魏因斯泰格
巴斯蒂安·施魏因斯泰格綽號“小豬”，被認為是現役德國足球運動員中技術最好之一。其帶球變速奔跑中突然射門極具威力。其任意球功夫也是令人稱讚。施魏因斯泰格能攻善守，如今已經成為拜仁慕尼黑和德國國家隊的中堅力量。
範博梅爾
範博梅爾大局觀好，體力充沛，攻守能力俱佳，是場上的統治者，從大局觀和統治者的特點來看，他的一腳地麵直傳和遠射是拿手好戲，在中場位置上有著穩定的發揮。防守穩健，進攻犀利是他的主要特點。強悍、全麵、有體力還有一腳遠射。
波多爾斯基
波多爾斯基是新崛起的一名年輕前鋒，擁有強壯的身體和出色的射術。他不僅射門技術出色，而且擁有十分廣闊的視野與優秀的傳球意識，再加上他強壯的身體和出色的速度，有朝一日定能成為巨星。
托尼
托尼是那種傳統的意式中鋒，身材高大健壯，力量足，衝擊力強，頭球技術出眾，有所不同的是他腳下技術也很出色，左右腳均可打出高質量的射門。
阿爾傑·羅本
羅本擅長左路，素有“左路天才”、“左路殺手”之美稱。他體能充沛，技術細膩，突破能力強，傳球技術精湛，啟動速度奇快，連續衝刺能力極強。羅本唯一的不足就是容易受傷，不過在皇馬的這個賽季，羅本倒是很好地保證了自己的身體健康情況。
拉姆
拉姆防守積極，爆發力強，啟動、急停再加上良好的身體素質使他成為一名優秀的邊後衛。在後場斷球後，能直接發起進攻，是球隊製勝的一把利器。拉姆雖然隻有1.70米，但積極的跑動和良好的搶斷意識彌補了他身高的不足。