1928年，隨著西班牙國內足球的普及和發展，西班牙足協決定建立正式的聯賽體製，而巴薩在1929年奪得了首屆甲級聯賽的冠軍，這也是他們上世紀20年代輝煌的最後一冠。
在20年代輝煌時期過去後，由於西班牙在整個30年代國內發生政變，作為加泰羅尼亞人象征的巴塞羅那也在接下來的10年承受了非體育方麵的巨大攻擊。1937年西班牙內戰爆發，留在西班牙的巴塞羅那主席約瑟普·索諾爾被叛軍首領弗朗西斯科·弗朗哥下令槍斃，巴塞羅那的隊員們因為當時在墨西哥和美國做巡回表演賽才避免了被槍殺的命運。
此後，在1938年，弗朗哥的軍隊進攻巴塞羅那時在巴塞羅那的社交俱樂部投擲了炸彈，造成了極大的損失。之後巴塞羅那被佛朗哥軍隊占領，巴塞羅那足球俱樂部作為加泰羅尼亞主義的標誌，會員人數被勒令減少到3486人，畫臨著巨大的生存問題。而加泰羅尼亞人一直不屈S服的性格，也造就了巴塞羅那的不屈服。在此後，巴塞羅那俱樂部成為了加泰羅尼亞追求自由的象征。
1940年3月，弗朗哥政府的官員恩裏克·皮涅羅被任命為巴塞羅那主席。然後俱樂部的名字被勒令從原來比較英國化的名字Futbol Club Bara改為了西班牙化的Clubde Futbol Bara（1973年恢複了原來的名字），加泰羅尼亞旗上的4道紅杠被勒令減少到了2道，直到1949年恢複原狀。
在這樣麵臨政治打擊的艱難形勢下，巴塞羅那俱樂部並沒有被打趴下，他們依然頑強地追求每一項榮譽。巴塞羅那在1945、1948和1949年獲得了三次聯賽冠軍，還在1949年獲得了拉丁杯的冠軍。到1949年，巴塞羅那慶祝建隊50周年時，會員達到了24893人，獲得了21座加泰羅尼亞杯冠軍，9次西班牙杯冠軍，4次聯賽冠軍。
1950年，隨著匈牙利巨星庫巴拉的加盟，巴塞羅那也在他的帶領下獲得了1952、1953年的聯賽冠軍，並包攬了1951·1953年的西班牙杯賽冠軍，這個時期也被稱為“庫巴拉時代”。其中1952賽季，他們獲得了聯賽、西班牙杯、拉丁杯、馬丁杯、羅西杯冠軍，成為五冠王，球隊一時達到頂點。
關鍵詞：庫巴拉和克魯伊夫
1957年，是巴塞羅那隊史上的一個分水嶺，因為這一年諾坎普球場正式啟用，巴塞羅那進入一個新時代。但是新球場的使用，並沒有給巴塞羅那俱樂部帶來太多的榮譽。
從1957年到1961年是巴塞羅那“庫巴拉時代”的延續，球隊在1959年和1960年兩次獲得聯賽冠軍，在1958年和1960年獲得博覽會杯冠軍，在1961年首次進入歐洲冠軍聯賽決賽，可惜不敵本菲卡僅獲亞軍。
從1961年之後，一直到上世紀80年代末，西甲屬於皇家馬德裏的時代，歐洲賽場也被拜仁慕尼黑、利物浦等球隊統治，巴塞羅那在這將近30年的時間內，雖然有克魯伊夫、舒斯特爾等球星壓陣，成就也算不錯，但是僅獲得了2次聯賽冠軍、3次國王杯冠軍和3次歐洲優勝者杯冠軍。1973年，巴塞羅那重金簽下了當時世界上最好的球員之一的荷蘭人克魯伊夫，他率領球隊在俱樂部成立75周年的1974年拿下了西甲聯賽的冠軍，這也是時隔14年之後巴塞羅那再次稱雄西班牙。1978年，巴塞羅那曆史上在任最久的主席約瑟普·劉易斯·努涅斯當選為球隊主席。1979年巴塞羅那首次獲得歐洲優勝者杯賽冠軍。1985年，巴塞羅那又在德國球星舒斯特爾的率領下，時隔11年之後再次獲得聯賽冠軍。
進入90年代之後，克魯伊夫重回巴塞羅那，這次他以教練的身份，打造了一支“夢之隊”，擁有瓜迪奧拉、克曼、勞德魯普、羅馬裏奧等人。巴塞羅那也在克魯伊夫的率領下，在1991~1994年實現了西甲四連冠，在1992年獲得了球隊曆史上第一座歐冠冠軍獎杯。隻是不夠完美的是，在1994年的歐冠決賽上，巴塞羅那0：4被卡佩羅執教的AC米蘭擊敗。
關鍵詞：後克魯伊夫時代
在克魯伊夫卸掉主教練一職之後，巴塞羅那由鮑比·羅布森接手，1996年引進了“外星人”羅納爾多，雖然沒能再次獲得聯賽冠軍，但是卻在1997年收獲了歐洲優勝者杯、西班牙杯和西班牙超級杯。
1997年夏天，荷蘭人範加爾接手巴塞羅那，球隊開始在國內賽場稱雄。範加爾上任後，引進了大量的荷蘭球員，打造了以克魯伊維特和科庫為首的荷蘭幫，球隊也接連獲得了1998年和1999年的西甲冠軍。
範加爾讓巴薩重新稱霸西甲，但是卻無力使巴塞羅那稱霸歐洲。隨著範加爾無力掌控球隊，與隊內球星在戰術等方麵產生分歧，巴塞羅那在2000年失去了西甲冠軍，此後範加爾更是被迫辭職。在新世紀之初的幾個賽季，巴薩進入了衰落期，聯賽更曾度跌落至第十五位，連歐冠杯席位都多次失去。
關鍵詞：重回巔峰
2003年夏天是巴塞羅那再次複興的開始，力主改革的拉波爾塔成為俱樂部主席。在球隊建設上，聘請了“黑天鵝”裏傑卡爾德為主教練，並買入了2002年世界杯上大放異彩的巴西超級球星羅納爾迪尼奧。
到了2004年，巴塞羅那又引進了德科、埃托奧等名將，再加上自身培養的哈維、伊涅斯塔和普約爾，巴塞羅那在2004年和2005年連續兩年獲得聯賽冠軍。更值得一提的是，在聯賽中麵對死敵皇家馬德裏，巴塞羅那占據了絕對優勢，在2004年和2005年兩次3：0大勝對手。2006年，巴塞羅那更是在歐洲冠軍杯決賽中擊敗對手阿森納，繼1992年後第二次奪得該項錦標。羅納爾迪尼奧也因為出色的表現，成為2004年和2005年的世界足球先生和歐洲足球先生。