所以，雖然王莽代漢建新是大勢所趨，即便是身居要職的王舜等人也無法阻止，但他們的想法和態度逐漸發生了變化，開始與王莽和那些積極製造符命，推動他代替劉漢的人離心離德。王莽對此有所覺察，內心也滋生著不滿。
擔任大司空的甄豐性格倔強，對王莽代漢的不滿尤其明顯。所以，王莽首先拿他開刀，殺一儆百。登基之後，王莽任命甄豐為更始將軍，讓他與看城門的王興、賣大餅的王盛並列。看王莽這麼對待自己，甄豐內心的不滿可想而知了。
甄豐的兒子甄尋咽不下這口氣，決定對王莽還以顏色。既然王莽對天降符命這套東西比較相信，也是靠這些東西登上皇位的，那就不妨“以其人之道，還治其人之身”。所以，甄尋也製造符命，聲稱應該把長安附近的地方一分為二，由甄豐擔任右伯，太傅平晏擔任左伯，分別治理。
王莽接受了這個符命，任命甄豐為右伯。甄尋見自己的計劃成功了，信心大增，覺得自己找到了王莽的軟肋。他頭腦一熱，又製作了一道符命，這次竟然是說王莽的女兒、漢平帝的皇後、現在的黃皇室主應該嫁給他當老婆。
這次甄尋可玩過火了，王莽也不是那麼好惹的，勃然大怒：“黃皇室主乃是國母，甄尋簡直是一派胡言！”他當即下令抓捕甄尋。甄尋見大事不好，連忙跑進華山躲避。他的老爹甄豐就慘了，被逼自殺。
過了一年多的時間，甄尋才被抓捕歸案。經有司審訊，他供出了一堆人，其中有國師劉歆的兩個兒子和學生，大司空王邑的弟弟等人，最後的結果是幾百顆人頭落地。這起大案引起了朝野震動，太師王舜驚恐萬狀，寢食不安，他本來就有病在身，受到驚嚇後病情迅速惡化，很快就去世了。兩年後，大司馬甄邯去世。王莽的執政團隊折損近半。
王莽與幸存的權力核心的其他成員的關係也在惡化，不時發生衝突。一次，太傅平晏進宮時攜帶的隨從超額了，把門的人聲色俱厲地加以盤查。平晏的隨從咽不下這口氣，索性把看門的抓了起來。王莽聞訊，大為光火，調來數百輛戰車，將平晏的府邸團團圍住，拘捕並處死了那個隨從。王莽與執政團隊成員之間的衝突由此可見一斑。
帝國權力核心的瓦解直接影響著王莽政權的穩定，讓新王朝陷入了內憂外患當中。
難纏的匈奴
始建國元年（公元9年），王莽登基後，派遣使者趕赴單於王庭，向匈奴烏珠留單於囊知牙斯通報新朝代漢的消息。同時，將漢朝頒發的“匈奴單於璽”換成了“新匈奴單於章”。中原王朝的改朝換代本來與匈奴沒有直接的利害關係，烏珠留單於本著“事不關己，高高掛起”的態度，接受了王莽頒發的“新匈奴單於章”以及新王朝贈送的金銀財寶。
遺憾的是，“不怕沒好事，就怕沒好人”。烏珠留單於在身邊人的挑唆下，以新朝改“璽”為“章”，貶低了他的地位為由，千裏迢迢地派使者追到長安，要索回漢朝頒發的“匈奴單於璽”。由於目的沒有達到，匈奴頻繁地出兵到新朝的邊郡劫掠，還公然接納新朝叛將和脫離中原王朝的西域屬國。
針對匈奴的挑釁，王莽雙管齊下，給予反擊。一方麵，他改匈奴單於為降奴單於，以表示對囊知牙斯的懲罰。同時，立王昭君的丈夫、呼韓邪單於的後代十五人為單於，讓他們瓜分匈奴的土地和民眾，試圖借此來分化、瓦解匈奴內部的力量。