也就在同一天，毛澤東指示福建前線的總指揮葉飛，要他立即去北戴河。21日下午3點，葉飛到了北戴河毛澤東主席的住處。毛主席聽了葉飛的彙報，未作任何指示。林彪很會琢磨毛澤東的意圖，他看毛澤東很注意能否避免打到美國人的問題，所以特意寫了個條子。條子的內容是：主席很關注如何避免打美國人的問題，是否可以通過王炳南(正在華沙同美國進行大使級談判)給美國透一點消息。當時許多人大為奇怪：林彪這人怎麼這樣莫名其妙，告訴了美國人不就等於告訴了台灣嗎?這怎麼能行呢?
第二天，毛澤東請葉飛參加會議。毛澤東下決心了，根本沒有理睬林彪的建議。談到打美國人的問題，毛澤東的話很簡單：“那好，照你們的計劃打。”
第三天，即1958年8月23日，軍委根據毛澤東主席的命令，決定對金門蔣軍進行第一次大規模炮擊，著重打擊蔣軍指揮機關、炮兵陣地、雷達陣地和停在料羅灣的蔣海軍艦艇。23日上午，中央軍委下達了“一級戰備”命令。
下午5時半，毛主席一聲令下，我軍萬炮齊發，猛轟金門。炮聲驚天動地，在金門飛起一團團數不清的煙柱。第一次急襲，所有炮兵陣地同時向金門開火，一個小時密集發射了近2萬發炮彈。炮火織成的火網，映紅了整個天空。火力猛烈而密集。後來有人評論說：“與攻克柏林的炮火差不多，甚至有過之而無不及。”片刻工夫，整個金門島為一片硝煙所籠罩，蔣軍猝不及防，死傷慘重。我軍的炮火打得很準，一下子摧毀了蔣軍的許多陣地，特別是集中火力猛擊金門胡璉的指揮所，打得非常準確。當即擊斃蔣軍金門防衛司令部中將副司令等3人，擊傷蔣幫“國防部長”俞大維和中將參謀長一人。可能打早了五分鍾，後來得到情報，我軍開炮的時候，胡璉和美國總顧問剛好走出地下指揮所，炮聲一響，趕快縮了回去，沒能把他們打死。若是晚開炮5分鍾，這兩人必死無疑。在陣地上的美國顧問被打死2人。對此，美國人一直沒有吭聲。
有人說，這次炮擊金門是毛澤東在北戴河坐鎮直接決策和指揮的。雷英夫認為，這種說法基本上是對的，但隻說對了一半，還應該再補充一句，即炮擊金門的籌劃工作和最初階段（9月2日）以前的決策和指揮是毛主席在北戴河決定的，9月2日至10月25日毛主席則是在北京決策和指揮的。當時的情況是，1958年7、8月，毛主席黨中央正在北戴河開政治局擴大會議，炮擊金門的重大決策也在北戴河決定，國防部長彭德懷，作戰部長王尚榮和福州軍區政委、炮擊金門的前線指揮葉飛也趕到北戴河。遵照黨中央毛主席的指示布置炮擊金門的具體指揮。8月底中央會議結束，與會同誌都返回原單位，葉飛也回福建。8月30日總參謀長黃克誠、外交部喬冠華和我奉召到北戴河開會，研究和決定有關炮擊、領海線劃分等問題。會後，9月2日毛主席、周總理及彭德懷、陳毅、黃克誠等都返回北京。炮擊金門的事也就在北京進行策劃和指揮，直至10月25日。
這麼大的一場錯綜複雜的戰役，如果沒有一個效率很高的組織係統，上情不能下達，下情不能上傳，恐怕很難取得那麼大的成績。
雷英夫也認可這種判斷。他說：情況確實是這樣，實踐證明我們的組織指揮機構很精幹、效率是很高的。由於炮擊金門的情況錯綜複雜，中央的重大決策照例是在毛主席、中央政治局常委之下，由周恩來總理召開國防外交方麵負責人的聯席會議辦理。參加聯席會議的通常是周恩來、彭德懷、陳毅、張聞天、黃克誠、章漢夫、王尚榮、喬冠華和我。涉及某一具體問題時，如要起草重要新聞、公報、聲明稿時，就臨時請吳冷西、姚臻、田家英等人參加。所以炮擊金門作戰中第二階段、第三階段的重大決策，例如反對美國護航，對金門島封而不死，打而不登；保留金門在蔣介石集團手裏，以及國防部長一告、再告台灣同胞書；提出國共兩黨“和為貴”等重大決策，都是毛主席、周總理在北京決定的。
聯席會議一遇到重要情況和問題，需要研究商量對策時即開會。然後把對情況的分析，準備采取的措施，或用電話向毛主席彙報請示，或將起草好的電報、文件、新聞稿子送毛主席黨中央常委（毛、劉、朱、陳、鄧等）審閱批準後，即分別用軍委、總參、外交部、新華社的名義發出。一般是由總理當場簽發或電話告有關部門處理，各單位所收到的重要情報也隨時向周總理和聯席會議報告。這是一個工作效率極高的指揮機構。抗美援朝戰爭、中印邊境自衛反擊作戰、邊海防鬥爭的重要時刻，都是采用這個辦法進行領導指揮的，這是我黨的一個好傳統。福建前線的戰場指揮則是由葉飛、韓先楚、劉培善、張翼翔等同誌組織的前方指揮部在廈門進行的。