在宋徽宗、宋欽宗被俘後，女真貴族要宋朝遺臣推立張邦昌為傀儡皇帝，秦檜持反對態度。他認為張邦昌過去趨炎附勢，幹的是有損國家利益的事。大宋江山傾危，人民苦不堪言，盡管這不是一個人造成的，但張邦昌是無法推卸責任的。而且，人民群眾痛恨他像痛恨仇敵似的，如果給他地盤，又讓他主宰人民，那麼，各地的英雄豪傑定會聯合起來討伐，張邦昌最後也成不了大金的重臣。秦檜認為：“則京師之民可服，天下之民不可服，京師之宗子可滅，天下之宗子不可滅”。從秦檜提出的對金的意見和在割地問題上的主張以及反對立張邦昌為帝來看，還沒有發現他這時有投降活動的跡象。他的官位已提到了禦史中丞，威權頗重了。
靖康二年（公元1127年），金人以秦檜反對立張邦昌為借口，將他捉去，同去的還有他的妻子王氏及侍從。這時宋徽宗得知康王趙構即位，就致書金帥粘罕，與約和議，叫秦檜將和議書修改加工潤色。秦檜還以厚禮賄賂粘罕。後來金太宗把秦檜送給他弟弟撻懶任用。從此，秦檜亦步亦趨地追隨著撻懶，逐漸成為他的親信。
秦檜南歸後，自稱是殺死監視他們的金兵奪船而來的。臣僚們隨即提出一連串的問題：孫傅、何粟、司馬樸是同秦檜一起被俘的，為什麼隻有秦檜獨回？從燕山府（今北京城西南）到楚州有2800裏，須要爬山涉水，難道路上沒有碰上盤查詢問而一帆風顧地南歸？就算他是跟著金將撻懶軍隊南下，金人有意釋放他，也要把他的家眷作為人質扣留，為什麼能與王氏偕行而南呢？這些疑問隻有秦檜的密友、宰相範宗尹和李回為他辯解，並竭力聲稱他忠於趙家皇朝，但疑團並沒有完全消除。
《金史》中記載，金宣宗貞佑二年（公元1214年），中書舍人孫大鼎上書追述秦檜被女真貴族縱歸南宋的事說，金太宗天會八年（公元1130年），大臣們在黑龍江柳林集會，擔心宋朝複興。宋臣趙鼎、張浚誌在複仇，宋將韓世忠、吳階知於兵事。這樣既不可威取，又要看到與宋結仇已深，勢難使南宋人民屈服，還是暗中先放縱為好。另在《金國南遷錄》中記載，金國大臣考慮南宋複仇事，議及放縱秦檜歸國，魯王說，隻有放宋臣先回，才能使他“順我”。忠獻王粘罕說，這件事在我心裏已醞釀3年了，隻有一個秦檜可用，我喜歡這個人。“置之軍前，試之以事”，表麵上雖然拒絕，而內心中經常能“委曲順從”，秦檜始終主張“南人歸南，北人歸北”的政策，今天如能放他回南宋，他必得誌。就這樣金人決定放秦檜南歸。結果不出粘罕所料，秦檜回到臨安就力主和議，竊踞相位，專權擅國，殘殺抗金將領。其後，南北對峙局勢基本形成。
南宋政權雖數次派代表與金朝談判，但仍是一邊防守，一邊議和。而專與金人解仇議和，實際是從秦檜開始的。因為秦檜在金朝時，首倡和議，所以他南歸後，就成為女真貴族的奸細。秦檜南歸後，送給趙構的第一件“見麵禮”就是，要想天下無事，就得“南人歸南，北人歸北”。南宋的軍隊和將領主要是由西北、河北和山東等地的人組成的，如果照秦檜“北人歸北”的主張去辦，就等於把北方土地全部奉獻給女真貴族，而且大批不願降金而南下的北方人士，都得回去受金人統治，這就等於南宋自毀長城，自己解除武裝，表明對金放棄武力抵抗。秦檜奉送趙構的第二件“見麵禮”，是他首先遞上一份致女真軍事貴族撻懶的“求和書”。趙構感到秦檜“忠樸過人”，得到秦檜高興得連覺也睡不著，說“又得一佳士也”。秦檜得到趙構如此賞識，迅速地爬上了宰相的位置。
秦檜的兩件“禮物”擺在趙構麵前，又使趙構擔心得“睡不著”。他不得不考慮，秦檜說“南人歸南，北人歸北”，趙構是北方人，該到哪裏去呢？秦檜又說，有“二策”，即以河北人歸還金國，中原人送給劉豫（南宋初年金統治者扶植的傀儡，當了幾個月宰相），這“二策”頓時轟動天下。而趙構說，自己並沒有聽到什麼震撼性的消息。大臣綦崇禮把趙構的這些意思通告朝廷內外。從此，人們開始認識到秦檜的奸邪了。秦檜的主張引起朝野上下的強烈不滿。趙構出於自身利害的考慮，又懾於抗戰派和人民抗金、反對議和的形勢，不得不罷去秦檜宰相的職務。後來證實，金朝使節到南宋，要求全部歸還北方人，恰與秦檜“北人歸北”的主張相吻合。有識之士進一步認識到這正是秦檜與金人合謀的結果，秦檜的麵目又被看清楚了一些。
秦檜被罷官，失去權位。他求和投降的政策，一時難以實現，隻得忍受著暫時的挫折，靜觀宋金政治風雲的變幻，伺機東山再起。紹興五年（公元1135年）粘罕死，撻懶得勢。紹興八年（公元1138年），趙構又起用秦檜為相。吏部大臣晏敦複憂慮地說，秦檜是“奸人相”。撻懶是秦檜的老主子，這個老主子是主張用誘降議和的策略來促使趙構上鉤的。秦檜、趙構和撻懶內外勾結，不愁南宋不亡。
秦檜看到宋金形勢在不斷地向有利於自己推行的乞和求降政策的方向發展，認為此其機也。於是在宋金談判前夕，他以女真貴族代理人的身份，對趙構進行反複地試探和考察，增強其求和信心，堅定其投降立場。