林則徐命人在虎門海灘地勢較高的地方挖了兩個池子，底部平鋪上石塊，四周釘上用木樁子做的柵欄，池子前麵挖一個涵洞，後麵通一道水溝。浸化鴉片的方法，是先用水車車水通過溝道進入池中，把鹽灑到水裏，使之成為鹽鹵之水，再把箱內煙土逐個切成四瓣投入鹽鹵中泡浸半日，然後把整塊燒透的石灰陸續拋入池中，池子裏會立刻沸騰起來，不需要生火就能自動將其煮化。再叫人拿著鐵鋤木爬在一旁翻動攪拌，煙土的顆粒就都會被焚化。等到退潮時，打開涵洞，池中鹽鹵和煙灰就共同流入大洋裏去了。每焚化一池煙土，必須用清水洗滌池底，以免池底還有殘餘渣滓。夜間停工時，便將池岸四圍柵欄全部封鎖，派令文武員弁在周圍巡緝。到池子裏工作的人，隻許穿短褲，上身下腳都赤裸，在停工放出時，他們同其他人一樣全被搜驗一遍，不許有任何夾帶。剛開始時，每天隻銷化三四百箱煙土，幾天後手法熟練，每天可銷毀八九百箱至千餘箱。銷煙期間，林則徐每天都率領官員到場稽查，偶爾也有人試圖順手牽羊，但在人們的偵察下，當場拿獲的前後十幾人都受到了嚴懲。
大量繳煙已經震驚中外，大規模銷煙的壯舉更是舉世矚目。廣東海口因鴉片而起的烏煙瘴氣頓時一掃而空。虎門銷煙期間，周圍人山人海，不僅附近的沿海居民都來觀看，一些外國人也來觀看。銷煙期間，廣州的很多官員也都先後輪流到現場查視。當中有許多人並不相信林則徐有辦法把所有鴉片完整銷毀，於是前來實地考證。林則徐幹脆準許外國觀察員靠近池邊，讓他們直接詳看銷煙方法，沿途講解。待觀看全部過程、反複考察後，眾人皆心悅誠服，向林則徐脫帽致敬。
此外，《澳門月報》《季度評論》《新加坡自由新聞》《廣州紀時報》等外國人報紙皆大篇幅連續報道虎門銷煙，而且得到與鴉片貿易無關的外國人支持及肯定。英國本土方麵也因此事件而物價上漲，尤其是大米、絲綢和白銀。
澳葡政府亦對查禁鴉片一事相當合作，葡萄牙商人全部承諾不販鴉片，並歡迎林則徐親臨查辦。林則徐於是發表聲明，不但葡萄牙商人可以正常貿易，往中國貿易時更會得到保護，絕不被人欺淩。
義律做夢也想不到林則徐會銷煙，但現在這卻是擺在眼前的事實。林則徐不但銷毀了鴉片煙，而且這個銷毀過程非常科學、細致。因為允許外國人參觀，一個來現場查看了銷煙全過程的外國人深為中國人辦事認真負責的精神感染，他在參觀記中寫道：“我們曾反複考察過銷煙的每一個過程，他們在整個工作進行時細心和忠實的程度，遠出於我們的臆想，我不能想象再有任何事情會比執行這一工作更忠實的了。在各個方麵，看守顯然是比廣州扣留外國人的時候嚴密得多。鎮口有個窮人，因僅試圖拿走身旁的一點鴉片，但一經發覺，幾乎立即被依法懲辦。即使偷去一點鴉片，那也是要冒著極大的生命危險的。目擊後，我不得不相信這是一個事實。”在這裏，外國人看到了中國人的頑強的意誌和禁煙的決心。
禁煙歸禁煙，林則徐卻並不是要關閉貿易之門。他向關心貿易的外國人說明了今後外國船隻進港貿易的條件：“最近所實行的嚴厲措施，目的完全是為了撲滅鴉片買賣……違法的交易必須馬上製止，其他正當貿易則受保護。”林則徐還對他們所提的問題做出了書麵答複，據史料記載，內容是：“凡經營正當之貿易並與夾帶鴉片之毒行確無牽涉之船隻，應給予特別優待，不受任何連累。凡從事私售鴉片之船隻，必嚴加查究，從重罰治，決不絲毫寬容。總而言之，善有善報，惡有惡報。善者不必掛慮，如常互市，必無阻礙。至於惡者，唯有及早改惡從善，不存癡想。”
虎門銷煙一共銷毀鴉片19179箱，又2119袋，實重2376254斤。留下一小部分預備作為樣土拿到京城。6月25日，林則徐、鄧廷楨完成銷煙任務，從虎門返回廣州。
林則徐主持虎門銷煙，堪稱清政府抵製外國鴉片侵略的“頂點”，他不愧是一位正直、幹練、大無畏的民族英雄。