在兩會台北會談解決了兩岸直接通郵、通航等重要問題後，為進一步完善兩岸直接“三通”，促進兩岸經濟往來正常化，陳雲林與江丙坤於2009年4月在南京舉行了第三次會談。
2009年4月26日，古城南京，暮春的鍾山北麓顯得尤為蔥鬱。下午14時，在紫金山莊紫金廳，海協會會長陳雲林，同台灣海基會董事長江丙坤一起，走向簽字台，在協議文本上簽下了自己的名字。那一刹那，掌聲和鎂光燈同時響起。這是第三次“陳江會談”最令人期待的一幕場景。
這次會談簽署了《海峽兩岸金融合作協議》、《海峽兩岸空運補充協議》、《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》等三項協議，並就大陸資本赴台投資事宜發表共識。其中，實現兩岸定期航班，標誌著兩岸航空運輸業務實現正常化，空中直航更加完善和規範，兩岸人員往來迎來新局麵；啟動兩岸金融合作，標誌著兩岸經濟關係從實體經濟發展到金融領域，邁出了新步伐；共同打擊犯罪及開展司法互助，標誌著兩會協商從經濟性議題擴展到社會性議題，豐富了新內涵；陸資入島達成共識，標誌著兩岸經濟往來從單向投資發展到雙向投資，實現了新突破。
在短短不到一年的時間裏，兩會共計簽署了9項協議，達成了一項共識，占16年來兩會簽署協議總和的5br7。對上述成果的感受，集中體現在兩會互贈的禮品中。海基會贈送的皮塑取名“豐收”，體現了對一年來兩岸關係和平發展所取得成果的肯定，而海協會贈送的雲錦取名“錦繡”，則寓意著兩岸關係和平發展的美好明天。此外，雙方在宴會菜單上也做了精心呼應。2008年11月，江丙坤在台北101大廈為海協會代表團舉行題為“風雲會”的歡迎晚宴。每一道菜名的設計都頗具深意，寄寓了大家對兩岸關係發生重大變化的感受、對推進兩岸協商、增進人民福祉的期望。時隔半年，在南京會談上，陳雲林也指示海協會相應地設計了七道菜名，結合時局，托物抒懷，表達大家對兩會製度化商談進一步取得成果，兩岸關係和平發展不斷向前推進的感受與厚望。這七道菜名分別是“雨過天晴豐民物”、“春滿五洲共和諧”、“鳳鳴九天呈祥瑞”、“龍族一脈喜空前”、“兩岸和衷方致遠”、“牛轉乾坤譜新篇”、“果香露芳慶圓滿”。與海基會在台北設計的7個菜名恰好對應，一時傳為兩會商談的一段佳話。