南明軍非常勇武，拚死捍衛城池。由於叛徒範承恩開了西門，又有清軍新調來的紅衣大炮轟塌數十丈城牆，守軍終於不支。經過半天肉搏之後，近萬明軍被殺，墮入海中淹死的明軍達兩三萬人。見城已破，杜永和隻得登船逃走（此人最後在瓊州降清，沒能善始善終）。
廣州城陷，準確日期為1650年11月3日。
攻入廣州後，尚可喜怒極，下令屠城。根據各種史料和筆記，可推算出清軍在廣州城內殺人二十多萬（不是筆記《橡坪詩話》說的六十多萬），血流成渠，積屍成山。廣州方圓四十裏，最終被殺得僅剩七人（黃佛頤《廣州城坊誌》）。
當時在中國的意大利傳教士衛匡國（Martin Martini）著有《韃靼戰紀》，他這樣記載廣州大屠殺：“他們（清軍）不論男女老幼，一律殘酷殺死，士兵們揮刀高喊‘殺！殺！殺死這些反叛的蠻子’……最後，他們在12月6日發出布告，宣布封刀。除去攻城期間死掉的人以外，他們已經屠殺了十萬人。”衛匡國所估之數，隻是他眼見耳聞的一個數字。廣州周圍地區被殺的居民，數目遠遠不止這些。
值得一提的是，浴血奮戰的南明將士中，還有不少信仰伊斯蘭教的“達官兵”。“達官兵”最早是明初歸附的元朝殘軍，其中包括蒙古人、色目人等少數民族。由於其間回族人眾多，明朝官方文件就“達”或“韃”，稱之為“達人”“達官兵”“土達”等。死於廣州城守最有名的三位回族將領，是羽鳳麒、馬承祖和撒之浮，他們被稱為“教門三忠”。明朝遺民詩人陳恭尹曾寫詩專門頌讚為大明死難的羽鳳麒：
天方為教本堅剛，受命先朝衛五羊。生死隻殉城下土，姓名不愧羽林郎。血流大地終成碧，骨化飛塵久亦香。世祿幾家能矢報，為君歌此問蒼茫。
尚可喜攻占廣州後，坐鎮指揮。喘定後，他在廣州舊城為自己和耿繼茂大修藩王府。珠江流域本來就是富庶之地，兼有市舶之利，尚可喜富甲一方，連王府門前的一對大石獅皆用上好玉石雕成，可謂窮奢極欲。後來，有人上書清廷，指出廣東之地不能忍受“二王”坐鎮的盤剝，耿繼茂才被調鎮四川（後改廣西、福建）。於是，廣東就成為尚可喜一家的地盤。
還沒放下屠刀，尚可喜就想立地成佛。在廣州期間，他大蓋廟宇，廣鑄佛像，現在廣州的華林寺、海幢寺、光孝寺等處廟宇，皆是當時他督民所建。民脂民膏，又因他為自己一家的“修行”而大量流失。
《鼎湖山誌》中載有尚可喜致慶雲寺住持的一封信，上麵寫道：“……（我）向年提師入粵，屠戮稍多。雖雲火焰昆崗，難分玉石，然而血流漂杵，恐幹天和。內返諸心，夙夜自愧……”此信不打自招，道出他攻占廣東時犯下的殺人罪行。所以，供佛養僧，無非是想為他自己和全家祈福消災罷了。
康熙十二年，吳三桂反清。轉年，人在福建的耿仲明之孫耿精忠響應。康熙十五年，尚可喜的兒子尚之信劫持其父，也和吳三桂一起豎起反旗。三王聯動反清，即清史上的“三藩之亂”。
知道兒子參與對清朝的叛亂，七十多歲的尚可喜又氣又惱，上吊後被人救治，但不久即惶急而死。見吳三桂勢蹙，尚可喜的兒子尚之信反反複複，不久即向清軍“投降”。
天下大定後，清廷尋釁，殺掉尚之信及其兄弟數人，充公尚家王府的全部財產。但是，尚可喜還有子女一百多人，並未被清廷全部殺掉。主要原因是，清廷派人剖棺驗屍時，發現這個老賊是一身清朝裝束。此事深博康熙歡心，覺得他一心忠於大清，就免殺他其餘的親屬。死罪饒過，活罪不免，尚可喜家族餘人全被遣返回其遼東老家。
有時候，讀者可能覺得蒼天無眼。袁崇煥耿耿忠心，被明朝冤殺後，竟無一點兒血脈傳世；尚可喜民族敗類，大奸大惡，殺人無數，身後竟子孫滿堂。就在幾年前，尚氏後裔還花錢請人給他們的老祖宗尚可喜下結論：“順應潮流，認清大局，與時俱進。”這真是黑白顛倒的天大笑話！
是非成敗，轉頭皆空，但人間大義，絕不會因時間的流逝而有所改變。
尚可喜，這個製造廣州大屠殺的屠夫，將會被永遠釘在中華曆史的恥辱柱上！