十月，蕭瑀和封德彝發生矛盾，又與陳叔達在殿廷上爭吵，聲色俱厲。唐太宗就以無視朝堂的大不敬之罪，借機將蕭瑀和陳叔達免官。唐太宗雖然罷免了陳叔達、蕭瑀等宰相的職務，但仍舊把他們當作德高望重的大臣以禮相待，時常慰問陳叔達，與他重溫舊誼。
後來，陳叔達犯事被法司彈劾，李世民念及舊的情誼，沒有聲張他的罪名，悄悄罷免了他的官職，讓他回家養老。蕭瑀雖然幾次觸怒唐太宗，但太宗仍然不忘舊恩，將他的畫像與其他功臣一起供奉在淩煙閣，並且拜為太子太保。
太宗對宇文士及也十分重情義，在他重病的時候前去看望，悲痛得不能自已。宇文士及死後，厚葬在昭陵。
這樣，李世民逐漸擺脫了李淵舊臣的束縛，接下來就是在重要崗位安插親信了。早在武德九年六月，李世民剛被立為皇太子之時，就任命宇文士及為太子詹事，長孫無忌、杜如晦為左庶子，高士廉、房玄齡為右庶子，尉遲敬德為左衛率，程知節為右衛率，虞世南為中舍人，褚亮為舍人，姚思廉為洗馬。
這些人中，除了宇文士及外，長孫無忌和高士廉是親戚，其他都是秦府武將或者“十八學士”成員，大多在玄武門事變中做出過貢獻。貞觀初年，論功行賞，房玄齡、長孫無忌、杜如晦、尉遲敬德、侯君集五人位列一等。
李世民對群臣說：“我對各位的封賞，以功勞大小為依據，如果有什麼遺漏，請說出來，以便糾正。”
李世民的叔父李神通氣憤地說：“晉陽起兵時，我率兵最先起事，如今房玄齡、杜如晦等文人，卻功居第一，我實在不服氣。”
李世民心平氣和地說：“當初起兵反隋，人人有心。叔父雖然率兵而來，但沒有親臨陣地。山東沒有平定的時候，您受命鎮撫，竇建德南侵時，卻全軍覆沒。劉黑闥起事，叔父又望風而逃。房玄齡等籌謀帷幄，安定社稷，功勞就像漢代的蕭何，雖無汗馬之勞，卻有謀劃之功，所以功得第一。叔父誠然是我最親近的人，但我不能以私心濫賞。”
貞觀三年，唐太宗任命房玄齡為尚書左仆射，總領百司；杜如晦任尚書右仆射，與房玄齡共掌朝政。房玄齡善於謀劃，明達政事；杜如晦機智深算，處事果斷。當時，天下大事及典章製度，都由二人定奪。兩人相互輔助，同心協力，成為有名的賢相，後世傳為佳話，被譽為“房謀杜斷”。在房玄齡、杜如晦成為宰相的同時，秦王府其他僚屬如尉遲敬德、侯君集、高士廉、程知節、秦叔寶、段誌玄、張公瑾等也都各居要職，初步形成了以李世民為核心的決策機構。對於東宮及齊王府屬官，李世民也酌情加以任用。貞觀三年，他將原東宮舊屬王珪提拔為宰相。
李建成被殺後，李世民召拜王珪為諫議大夫。貞觀元年，唐太宗對大臣講了他心目中的君臣關係，他說：“正直的君主，任用邪惡的大臣，不能成就大事業；正直的大臣佐助邪惡的君主，也不能成就大事業。君臣相遇，就像魚和水，相互依賴，國家才能長治久安。從前，漢高祖劉邦不過是一介農夫，手拿三尺長劍而定天下，主要是有賢臣的佐助。朕雖不明，卻有幸得到諸位的佐助匡扶，所以希望大家各抒己見，以求天下太平。”
十月，蕭瑀和封德彝發生矛盾，又與陳叔達在殿廷上爭吵，聲色俱厲。唐太宗就以無視朝堂的大不敬之罪，借機將蕭瑀和陳叔達免官。唐太宗雖然罷免了陳叔達、蕭瑀等宰相的職務，但仍舊把他們當作德高望重的大臣以禮相待，時常慰問陳叔達，與他重溫舊誼。
後來，陳叔達犯事被法司彈劾，李世民念及舊的情誼，沒有聲張他的罪名，悄悄罷免了他的官職，讓他回家養老。蕭瑀雖然幾次觸怒唐太宗，但太宗仍然不忘舊恩，將他的畫像與其他功臣一起供奉在淩煙閣，並且拜為太子太保。
太宗對宇文士及也十分重情義，在他重病的時候前去看望，悲痛得不能自已。宇文士及死後，厚葬在昭陵。