書義三道、經義四道，二場試論一道，判五道，詔、誥、章、表內選一道，三場試經、史、策五道，取消了騎、射、書、算、律的麵試。考官出題，"或經或史，所問須要含蓄不顯，使答者自詳問意，以觀才識"。考生答卷，要求睢務直述，不尚文藻"，洪武二十四年更規定："凡對策，須參詳題意，明白對答"，"務在典實，不許敷衍繁文"。考生黎明進入考場，要經過嚴格搜身，不許挾帶。人場後，考場的內外門戶全部封閉加鎖。一名考生由一名號軍監視，不許作弊。到黃昏交卷，如未做完，給蠟燭三支，繼續答卷。考生交卷後，經過彌封、謄錄、對讀等程序，然後送交考官評閱，中式者稱為"舉人"。錄取名額開始定為五百名，除直隸一百名，廣西、廣東各二十五名外，其他布政使司各四十名，"才多或不及者，不拘額數"；洪武十七年，詔"不拘額數，從實充貢"。會試是中央一級的考試，又稱禮闈，由禮部主持，在鄉試的第二年，也就是在辰、戌、醜、未年於京師舉行。參加會試的必須是鄉試中式的舉人。考試時間是八月，也分為三場，考試內容基本上和鄉試相同。但考生入場時的搜查不那麼嚴格，因為朱元璋曾說："此已歌《鹿鳴》而來者，奈何以盜賊待之"錄取名額沒有固定，皆臨期奏請定奪。洪武十八年一次錄取多達四百七十二名，二十四年一次則僅錄取三十一名。舉人經會試中式後稱為貢士，可參加殿試。殿試又稱廷試，考場設在皇帝的殿廷，是以皇帝的名義主持的複試。考試時間在三月，僅試時務策一道，分三甲錄取。一甲隻取三名，稱狀元、榜眼、探花，賜進士及第出身；二甲若幹名，賜進士出身；三甲若幹名，賜同進士出身。當時的士大夫又稱鄉試第一名為解元，會試第一名為會元，二、三甲第一名為傳臚。解元、會元和狀元合稱三元。連中三元者，被傳為科場佳話。洪武二十四年(1391年)考中狀元的許觀，是明代連中三元的第一人，也是整個明代兩名連中三元者之一(另一名是成化年問的商輅)。明初的科舉，"鄉試難而會試易"，鄉試的競爭比會試更加激烈，"故俗有金舉人，銀進士之謠"。
後來，科舉考試又增加一種童子試。童子試始於何時，史無明載，估計至晚在正統年間(1436-1449年)已經出現。童子又稱童生，指未入學的士子。童子試的內容包括《四書》、本經、論、策等，中式者稱為秀才或生員，成為郡學的諸生，取得進一步參加考試的資格。這樣，就逐漸形成童子試、鄉試、會試的三級考試製度。經過科舉考試，中進士者都給官做。狀元授翰林院修撰，榜眼、探花授翰林院編修，二、三甲考選為庶吉士的皆為翰林院官，其他或授給事、禦史、主事、中書、行人、評事、太常、國子博士，或授府推官、知州、知縣等官。舉人、貢生多次參加考試落第的，可以改入國子監，卒業後也可擔任小京官，或做府佐和州縣正官，或做郡學的學官。在洪武年問，作為選用官吏的一條途徑來說，科舉雖然遠不如薦舉和學校重要，不過通過科舉，明王朝還是選拔了一些比較優異的人才，其中有些人還成為後來永樂(1403-1424年)、洪熙(1425年)、宣德(1426-1435年)諸朝的重要輔臣。例如，洪武年(1385年)舉進士的蹇義，以"誠篤於濟"受到朱元璋的賞識任用，到明成祖時更受重用，仁不宣宗即位後"委寄尤隆"，是永、熙、宣諸朝"匡翼令主"的重要輔臣。洪武二十一年舉進士的解縉及洪武末年舉進士的黃淮，永樂年間與楊士奇、胡廣、金幼孜、楊榮、胡儼"並直文淵閣，預機務"，都成為明成祖的重要輔臣。因此，《明史》讚揚朱元璋說："樹人之效，遠矣哉!，