店產權關係極不明晰。由於傳統計劃經濟所造成的利潤上繳，由省店統一計劃分配的格局，而導致發貨店與基層店的所有權模糊不清，在事實上就很難使基層店成為獨立自主的法人主體參與市場競爭，其法人主體資格是不完全的。在第二輪經濟體製改革中，應對各級新華書店的資產進行評估，使基層店成為真正的自主經營、自我約束、自負盈虧、自我發展的法人主體。省店與市縣店不再具備行政的隸屬關係和上下級關係，而是以資產為紐帶的經濟契約關係的聯合體，並非行政統屬關係的集合體。在此基礎上的公司製改革，走集團化道路才是符合黨的“十五大”關於建立現代企業製度的要求。而不能在產權不明晰的情況下，再回收人權，隻能使基層店帶著雙重的鐐銬去參與市場競爭，在事實上束縛了新華書店的自我發展的步子。這怎麼能和夫妻親友就可能成為法人的集體和個體書店相抗衡，去占領一般的圖書市場呢
過去計劃經濟體製下，市、縣店統一向省店上繳的利潤，再由省店統一下達留利分配指標發展網點，建造門市大樓，其間個別領導人的分配資金的主觀隨意性極大，往往根據親疏好惡的“內部人控製”的原則去決定資金的流向。那麼，在這次產權評估中，就應當實事求是地將廣大基層店職工創造的價值作為資產評估進去，
明確界定產權的界限，不能全部都算成省店的份額，而對幾十年來廣大基層店創造的利潤和價值加以無償掠奪。這是一種以行政性手段的巧取豪奪和無情的鯨吞。從本質上講是違背市場價值規律和社會主義道德原則的。
現在，有人提出省店的產業是省政府所屬的國有資產，其潛在的意思是產權改革無需進行。有點經濟學常識的人都清楚政府還是全民所有製，在事實上任何一個抽象的政府和全民都不可能是事實上的產權所有者，關於’國有企業所有者虛位的問題，是經濟學界早已定論的老問題。
這就引發了第三個問題，也即所有者和經營者是怎麼在國內經理人才市場尚待形成的新舊體製交替時期，明確職責，政企分開的問題。從上所述，政府和全民隻是政治的抽象物，隻是一個集合性名詞，換言之隻是一個抽象的符號。事實是無論政府中的成員或新華書店的成員都不可能也無權支配新華書店的資產。書店經理也隻是受政府和全體人民委托，對於國有資產進行經營的經營者，以確保國有資產的保值升值。這就是所謂的國有委托代理製。
而這種委托代理製在勞動人事製度、幹部製度有待改革的今天，在我國現時代民主和法治都有待完善和健全的今天，無疑是帶有很大的個人感情色彩的。在科學的、民主的選擇人才的機製製度沒有牢固的社會基礎和操作程序時，國有資產的委托代理人的配置在很大程度上取決於行政主管部門“一把手”的好惡。因而實際上是個人感情支配幹部配置，幹部的任用在某種意義上說隻是對於個別領導人的效忠。這就是當今企業“內部人控製”問題如此嚴重和由此而衍生出“尋租現象”的惡性循環的原因所在。
如果說過去地主的設租剝削在產權上還是明晰的，那麼當今“公仆”的“設租”和“尋租”實際上造成委托代理人在委托代理期間的短期行為，則有可能成為個別人對國有資產的瓜分和掠奪。因為政府對經濟的幹預事實上導致了某些行政管理部門權力擴大，
企業為了獲取經濟上的好處，或者經費上的自主，或者企業領導人的個人利益都必須對企業主管領導和部門負責人進行收買賄賂。