新法還規定了賞罰嚴明，不管普通百姓還是王公貴族，凡有違紀者，一律依法懲治。這第二次變法令的頒布，更加削弱了舊貴族的勢力，引起了他們更強烈的仇視。
舊貴族們懾於公孫鞅的強硬手法，不敢公開跳出來反對，就挑唆太子出麵。太子出麵反對變法，使已經升任大良造、統管秦國軍政大權的公孫鞅十分為難；太子是國君的繼承人，自然不能治他的罪，但若不予理睬，很可能使變法遭到失敗。
公孫鞅本奏秦孝公，道：“朝廷的法令必須上下共同遵守，如在上的人不遵守，下麵的百姓就會對朝廷失去信任，新法就不能貫徹始終。所以太子犯法，應與百姓同罪。”
在場的大臣們一聽，一個個驚得目瞪口呆，支著耳朵聽公孫鞅說下去。但是，公孫鞅話題一轉：“太子的過錯，完全是他的兩位老師長期以來惡意教唆的結果。太子年幼，他的言行，應該由老師負責。所以，我請求大王允許將太子的兩位老師治罪。”
秦孝公看到太子脫了幹係，也就很痛快地答應了公孫鞅的請求，將太子的兩位老師公子虔和公孫賈，分別處以割鼻和刺字的刑法。這樣一來，其餘的大臣就更不敢批評新法了。
秦國地廣人稀，鄰近的“三晉”人多地少，公孫鞅就請秦孝公出了賞格，叫鄰國的農民到秦國來種地，給他們田地和住房。秦國人自己則主要用於服兵役，增強了秦軍的戰鬥力。公孫鞅還將秦國的度量衡作了統一規定，進一步促進了生產的發展。
公元前340年，公孫鞅乘魏軍兵敗馬陵之機，親率大軍進攻魏國。秦軍先頭部隊一鼓作氣攻占了魏國的都城安邑，逼得魏國遷都議和。為了表彰公孫鞅的功績，秦孝公將商邑一帶的十五座城池封給了他，稱他為商侯。故此，以後人們也管公孫鞅叫商鞅。
秦孝公任用商鞅變法，不過二十來年的時間，秦國就從一個荒蠻之邦一躍成為戰國“七雄”中最富強的國家。周天子還特意派使臣去慰勞秦孝公，封他為“方伯”，承認了秦國的霸主地位。其他國家看到了秦國翻天覆地的變化，也紛紛效仿，一時間，變法圖新之風大盛。
公元前338年，秦孝公不慎患了重病，他將商鞅叫到跟前說：“我的病怕是好不了了，最使我不放心是繼位的問題。太子年輕不懂事，難保不被別人利用。我思慮再三，唯有把王位傳給你才能確保秦國繼續強盛下去。你願意接受嗎?”
商鞅一聽國君思慮秦國的前途要“讓位”，怎敢答應，隻是勸阻國王要安心養病，不要胡思亂想。
不久，秦孝公不治而亡，其子秦惠文王即位。先前反對變法的人立即活躍起來，他們不斷向新君陳說變法的不是。秦惠文王當然也沒忘記商鞅當年給他定罪的事，他下令以“謀反”罪逮捕商鞅，並以“車裂”刑法處死了他。
商鞅雖然死了，但他的新法已在秦國民眾中紮下了根，再也無法改變了。他的變法為秦國的迅速崛起並最終統一中國，打下了堅實的基礎。
新法還規定了賞罰嚴明，不管普通百姓還是王公貴族，凡有違紀者，一律依法懲治。這第二次變法令的頒布，更加削弱了舊貴族的勢力，引起了他們更強烈的仇視。