格蘭特在西部的直屬上司是哈萊克。海軍上將富特稱哈萊克為軍事白癡，但是哈萊克卻自命不凡，他總覺得格蘭特這位曾經被軍隊革職的人居然無視他的存在。因為他曾幾乎每天打電報給格蘭特，但格蘭特竟然不理會他的命令。至少，哈萊克是那樣想的，但是事實並非如此。當登涅遜淪陷以後，電信方麵就已截斷，使他無法將電報發過去。但是哈萊克並不曉得這件事，他十分憤怒，隻想給這年輕小夥子一頓教訓。於是，他接二連三地向麥克列蘭打電話，一直刁難格蘭特。
麥克列蘭也嫉妒格蘭特，因此他給哈萊克一份電報說：“假如是為了職務上的益處，不必猶豫，盡速拘捕格蘭特並改令G·F·斯密斯統率軍隊。”哈萊克便立刻奪去了格蘭特的兵權。
一年後格蘭特複職了，卻在西羅一戰造成悲慘的大錯。假若不是南方盟軍的將領約翰斯頓在戰爭中因失血過多而陣亡，那麼，格蘭特的全軍可能要被包圍而就擒。當時，西羅之戰中格蘭特損失了1.3萬人。於是，好多指責都降臨到他的頭上，群眾狂怒的浪潮彌漫全國，民眾都要求把他罷免。
但是林肯卻說：“我不能沒有這個人，因為他善戰。”
第二年的1月間，格蘭特要遠征維克堡。這是一所天然的要塞，高居密西西比河麵上200米處的絕壁上。要攻打它是相當費時而且困難重重的。那地方防衛之森嚴，就連河上的炮艦都不能用它們的炮火去射擊它。而格蘭特的困難就在於如何接近它並加以摧毀。多方思考後，格蘭特決定要截斷河上的堤防，讓他的軍隊坐上小船，渡過沼澤地帶並由北麵開始進攻。但是失敗了。
那時正是嚴冬，雨水幾乎使河水漲滿了整個河穀，而格蘭特的軍隊則在好幾裏遠的沼澤地帶中和蔓延的野藤中掙紮。士兵們陷在泥沼中，泥沼高到他們的腰部，他們在泥沼中吃飯，他們又在泥沼中睡覺。瘧疾流行，又有麻疹和天花橫行。衛生設施是幾乎談不到的，死亡率高得駭人。結果，維克堡之戰又是一場敗戰。連格蘭特自己的將領們都認為，他的計劃是荒謬的，並深信那將必然慘敗無疑。全國的報紙都大肆諷刺，而國人都要求格蘭特辭職。但是，林肯不顧人們的反對，還是支持格蘭特。林肯的信心終於得到回報。
1863年7月4日，格蘭特騎著一匹從傑弗遜·戴維斯農莊上取來的馬，衝進維克堡，打了一次大勝仗，遠勝過華盛頓以來任何一個美國將軍的功勞。他居然在維克堡俘虜了4萬人，將整個密西西比河歸入北軍手裏，把南方聯盟截為兩半。
林肯深信，有了格蘭特的指揮，一切將順利成功。