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聯盟曆990年，不知名訓練家襲擊精靈聯盟總部，聯盟總部所駐唯一精靈掌門人，四天王，八宿老盡出，第一學府四位皇家聖騎亦是聯袂前往支援，最終以過半傷亡的代價將之逼退，其後神秘訓練家逃竄往關都地區。聯盟調遣各地精英訓練家與關都冠軍、四天王對其進行追擊，決戰於南方某處不知名島嶼上。此戰過後，該海島從此自版圖上消失，所有前往參戰的訓練家無一生還，神秘人亦不見蹤影——史稱天王之歿，造成的影響就是聯盟原本穩固的統治出現鬆動，各地區黑色勢力趁勢崛起，尤其是關都地區，缺少冠軍和四天王之後迎來了長達二十多年的混亂時期。
聯盟曆999年年末，自聯盟問鼎以來將滿千年之期，聯盟總部舉行千年大典，各大勢力前往觀禮。期間暮光神社現任掌控者進行最後一次占卜，得窺未來一角，給出大世將臨，諸神現世的讖語……
這一年，借助暮光神社的預言，聯盟與第一學府四處搜尋應運而生的天賦之人……
雙子天池，關都禁地之一，常年風雪肆虐，亦有傳說中的神奇寶貝顯露過蹤跡。天池畔，與外麵的惡劣環境不同，池水不僅沒有結冰，反而清澈見底，靈氣沛然，猶如仙境。一個披著破爛獸皮的小女孩自傳說精靈急凍鳥背部跳下，眨著大眼睛看著身前的三人。與身後散發著雄渾氣息的兩人不同，為首者是一名約摸二三十歲的年輕婦人，穿著華麗，姿態慵懶，一顰一笑都展示著人間極致的美。女人望前走幾步，無視虎視眈眈的急凍鳥，向小女孩伸出一隻手，“小家夥，跟我回家吧，從今以後，你就是冰之薔薇，雪之姬”……
城都龍穴，年邁的龍族長老陪同著城都聯盟現任理事通過一麵水鏡觀看著龍穴中的一切，站在一旁的青年男子一臉倨傲冷漠，但看著鏡麵的目光亦是飽含關切。玲，一定要堅持住啊……
超能家族青城一脈，許多青城族人等候在秘境入口處，為首一對夫婦更是焦急不已。當一股強勁的精神波動自秘境中爆發開來，中年男子終於放鬆下來，輕輕握住妻子柔夷，朝著身後一名男子抱拳道:“如此，幻姿、幻靈姐弟就擺脫閣下了”。男子氣宇軒昂，站著不動渾身都有著莫名威勢，如槍如劍，殺伐之氣盎然，第一學府十大騎士，no.8——血海聖槍，“皇家學院定不負青城所托。”
聖陵，與傳說中神之傳承地的阿魯夫遺跡不同，乃是真正的人族先祖——神的葬所。古老記載中，神造萬民，而後千百萬年於人神大戰中墮於此地，人族付出巨大代價弑神之後卻發現一切並沒有變得更好，相反，沒有了神的庇佑，他們根本無法與那些傳說精靈抗衡，於是於神葬之地進行祭祀，請求神的寬恕與幫助，一部分人甚至世代定居在此，逐漸演變為神墓守護者，神墓也改名為聖陵。輝煌而古老的宮殿群中，一名年紀隻有三歲，粉雕玉琢得如同陶瓷娃娃般的小女孩被安置在高高的王座之上，下方無數人在虔誠的叩拜，吟唱:“神之仁慈，願神寬恕我們的罪行，原諒您的子民所犯下的罪孽；神之聖明，願神洞察世界邪魔，教會您的子民明辨是非善惡；神之偉岸，願神展現您的力量，庇佑您的子民免受災難……神至高無上，終有一日，神將歸來……”