朱由檢與外隔絕，夜夜孤燈獨坐。一天，他見一個手持長劍的內侍在自己住所前轉悠，就試著將其召入，許以日後封賞。這內侍本是受命看守朱由檢的，一聽朱由檢許願許得天花亂墜，興奮之中忘了職責。恰好又有一群巡夜的太監從門口經過，朱由檢立刻把他們都叫進房內，問寒問暖，還派“看守”到禦廚房取來酒肉款待大家。
眾人十分感激，都表示願為信王賣命，於是，朱由檢同宮外取得了聯係。朝中多數大臣雖迫於魏忠賢的淫威而對其阿諛逢迎，但內心深處還是不希望一個太監常年騎在自己的頭上肆意妄為，更不希望他有朝一日當上皇帝。他們得到朱由檢送出的情報後馬上行動，擁戴他做了皇帝，這就是後來的崇禎帝。
朱由檢即位之後，魏忠賢懊惱自己棋錯一著。他為了試探新皇上對自己的態度，先惺惺作態，表示自己老了，該退休了，要辭去廠衛之權。老狐狸遇上個好獵人，朱由檢自然明白魏忠賢的真實用意，同時也深知他的勢力已根深蒂固，就不動聲色，不僅不同意魏忠賢辭職，還像先帝一樣對他恭恭敬敬，禮讓有加。魏忠賢見狀便放下心來，他不知頗具城府的崇禎帝上任之後第一件事就是要除掉他。
穩住魏忠賢之後，崇禎開始剪其黨羽，從宮內到宮外，從京城到外地，將一大批魏黨分子或免職遣返、或逮捕查辦。速度之快，是魏忠賢所始料未及的。一朝天子一朝臣，崇禎的行為鼓勵了一些早已對魏黨心生不滿的大臣，他們紛紛上書揭露魏忠賢的罪惡行徑。
魏忠賢知道自己的氣數就要盡了，自己這麼多年來苦心經營的一切都已破產了。但是他不願意就此死去，他忽然很想離開皇宮，離開這個自己從小太監變成九千歲的巢穴。崇禎本想將這個禍害天下長達七年之久的元凶處以極刑，但念及哥哥的臨終遺言，還是答應了他的乞求。魏忠賢唯恐夜長夢多，就連夜離開了京城。
但是，由於請殺魏忠賢的呼聲一浪高過一浪，崇禎也覺得不殺此賊不足以謝天下，就下旨將魏忠賢逮回京師問罪。
當京中有人將這個消息設法報知魏忠賢時，魏忠賢還未至鳳陽。他知道情況不妙，就索性停住在阜城南關尤氏旅店，不再往前趕路了。這一夜他輾轉難眠，呆坐良久，終於自解衣帶將自己罪惡的一生做了個了斷。這一年，魏忠賢59歲。