“我工作不下去了，也生活不下去了。”他寫道。他懇求教皇幫忙從中調停，並幫助他償還欠他們的錢：
“我將賣掉我的一切，用盡我所有的力量來償還他們。”
他還請求教皇允許他全力以赴去建造尤利烏斯二世的紀念建築，“我希望能從現在這項工作中解脫出來，這種願望比求生的願望更加強烈。”
一想到如果克雷芒七世去世，他將受到敵人們的追訴，他竟像一個孩子一般，絕望地哭了：“如果教皇扔下我，我將不能在這個世界上繼續生存下去。我不知道自己在寫些什麼，我腦子全亂了……”
克雷芒七世並沒有因此動搖，堅持讓他繼續從事美第奇家廟的工作。他的朋友們也不理解他的這種顧慮，勸他不要放棄俸祿而讓別人看笑話。有的人認為他這簡直就是胡鬧，警告並囑咐他將來不要再如此任性。有人寫信給他：
“聽說你拒絕了俸給，放棄了你的住處，也停止了工作，我覺得這純粹是一種瘋癲的行為。我的朋友，你這是與自己為敵。你不要去管尤利烏斯二世的陵墓，接受俸祿繼續工作吧，他們是因為好心才給你這些俸祿的。”
米開朗琪羅卻很固執。教皇宮的司庫戲弄他，把他的話當真了，便撤銷了給他的俸祿。就這樣，可憐的米開朗琪羅再次陷入絕境。幾個月之後，他不得不重新請求教皇付給他俸祿。最初他很膽怯，羞愧地寫道：“親愛的喬凡尼，我更願意用筆寫出來，而不是用嘴直接說出來，所以，我把我近日來屢次要和你說而不敢說的話寫信給你了：我還能獲得月俸嗎？如果我不能再接受俸祿，我仍將盡力為教皇效力，但我將算清我的賬。”
後來他為生活所迫，再次寫信：
“經過仔細考慮，我覺得教皇很重視這件聖洛倫佐的作品，既然教皇自己曾答應給我月俸，為的是要我加緊工作，那麼我不接受它，就等於是在故意拖延工作了。因此，我的意見改變了，我要提出申請，請求教皇繼續支付給我月俸。你能否從答應我的那一天起，把這筆月俸給我？還請你告訴我，我什麼時候才能拿到這筆錢呢？”
別人裝作沒有聽見，想給他一個教訓。2個月之後，他還是什麼都沒拿到，不得不再三申請。
他一直在因為這個事情煩惱，這些煩惱把他的想象力都扼殺了：
“煩惱對我產生了極大的影響。人們不能在兩隻手做一件事的時候，頭腦想著另一件事，尤其是從事雕塑工作。我聽說你們這麼做是為了要給我一些刺激，但我有些承受不起這樣的刺激了。我一年多沒有拿到月俸，一直處於貧困潦倒的生活狀態中。沒有人幫助我，我隻能獨自一人應對這些困難，我覺得這些憂患比藝術還讓我操心！我無法找到一個願意幫我解決困難的人。”
克雷芒七世有時被他的痛苦所感動，他托人向他致意，表示他深切的同情。他擔保“在他在世的時候將永遠優待他”。但美第奇族人又來糾纏米開朗琪羅，他們不但不減輕他的工作負擔，反而又讓他擔任其他的工作。其中有一項十分荒謬的工作，是在一根巨柱頂上放一座雕像，手臂是根煙囪。米開朗琪羅為這件作品耗費了好長時間。此外他的那些工人、泥水匠、車夫們也常常給他帶來麻煩，他們希望享受每天8小時的工作時間，為此常常跟米開朗琪羅發生糾紛。
與此同時，米開朗琪羅家庭帶給他的煩惱也是有增無減。他父親的年紀越來越大，脾氣也越來越差。有一天，他自己離開佛羅倫薩的家中，卻說是他的兒子硬把他趕走的。米開朗琪羅為此寫了一封動人的信給他：
“我至愛的父親，昨天回家沒有看見您，我感到非常詫異。現在我知道您在怨我，說我把您趕出去了，這種說法讓我覺得十分詫異。從我出生直到今日，我敢說從沒有做過一件使您不高興的事，無論大事還是小事。我所受的一切痛苦，都是因為愛您，我一向竭盡全力保護著您……幾天之前，我還和您說，隻要我活著，我將竭盡全力照顧您。此刻我再和您說一遍，再答應您一次。您這麼快就忘掉了這一切，真讓我感到痛心。30年來，您知道我一直對您都很好，您怎麼能到處跟人說我趕走您呢？您不知道這會給我帶來怎樣壞的名聲嗎？此刻，我的煩惱已經夠多了，不要再給我增加煩惱了。我所做的一切事情都沒有使您蒙受恥辱和迫害，現在請求您寬恕我吧，就好像我真的做了一件對不起您的事情。寬恕我吧！再次請求您寬恕我這個可憐的兒子，不要給我掛上逐您出門的名聲，名譽對於我是十分重要的。無論如何，我總歸是您的兒子吧！”
這封信寫得如此誠懇，但也隻能讓這位老人的怒氣暫時平息。過了一段時間，他又到處說他的兒子偷了他的錢。米開朗琪羅忍無可忍，寫信給他：
“我不明白您到底想要我怎樣。如果我活著讓您感到討厭，您已經找到了擺脫我的好方法。您做得很對，因為在佛羅倫薩，大家都知道您是一個巨富，我永遠在偷您的錢，我應當受到責罰，而您將被世人稱頌！您想說什麼就盡情說吧，請不要再寫信給我，因為您這樣讓我不能繼續工作下去。您這是在逼我向您索要我曾給您的一切，我不想這麼說，但我被逼得不得不這麼說！一個人隻有一次生命，等他死後他就再不能回來彌補所做的錯事了。您是要等到死的前日才肯懺悔嗎？”
這就是家庭帶給米開朗琪羅的煩惱。
“忍耐吧！”他在給一個朋友的信中歎息著說，“隻求上帝不要因為自己不快樂，就把痛苦加在我的身上。”
在這些痛苦煩惱中，工作沒有得到任何的進展。到1527年意大利發生政變的時候，美第奇家廟中的塑像一個也沒有造好。就這樣，在1520～1527年這個階段，米開朗琪羅沒有完成一件作品、沒有品嚐到實現一樁計劃的快樂，隻是徒增了新的幻滅和疲勞。