原因是多方麵的，先從經濟層次看。連年的戰亂讓明初的商品經濟受到沉重的打擊，商稅收入也相應地銳減。對於剛剛建立的明朝來說，發展農業經濟是當務之急，自然就沒興趣發展對外貿易了。另外，從財政支出來看，明代實行軍屯製度，軍隊自己生產，自給自足，明太祖曾經自豪地說：“朕養兵百萬，不費百姓一粒米”。還有，明代的官僚隊伍也沒有宋代那麼龐大，而且明代的官員工資是曆代最低的。所以明代的財政支出比宋代少了許多，不需要用商稅補充財政收入。
也有人認為，是朱元璋的“小農”思想導致了實施海禁政策的這個怪胎的出現。明太祖朱元璋是中國曆史上惟一一個出身赤貧的皇帝，出身田野的他一步登天後，雖然龍袍在身，但他的內心仍然不過是一個“小農”，一個深居帝王宮內的小農。他想恢複一種“雞犬聲相聞，老死不相往來”的簡樸的農業社會，他甚至想廢除貨幣和商品交易。“自恃中國是天朝上國，無所不有，不需要外國商品”的自大心理讓他出爐了全國海禁的政策。
還有人認為，海禁是為了防禦倭寇的需要。早在明朝初年，就有“倭患”存在。14世紀初，日本進人南北朝對峙時期。大小諸侯們各自割據一方，為爭奪土地與人口，互相攻伐。許多領主和武士們在混戰中失利後，就自發組織起來到中國沿海進行武裝走私並燒殺搶掠。元末明初，從遼東到海南，數千裏的海岸線上，倭寇頻繁出沒。再加上後來發現宰相胡惟庸通倭，企圖裏應外合造反，所以朱元璋決心實現海禁政策。
其實，關於胡惟庸通倭等等，隻是朱元璋的欲加之罪罷了，因為早在胡惟庸案發之前，朱元璋就已經進行海禁了。
另外，元朝大軍遠征日本，因為颶風幾乎全軍覆沒，朱元璋對此印象深刻，所以他還一再告誡子孫不要對海外用兵。對於無法掌控的海洋，朱元璋不僅加強海防，而且還關起門來。在他眼裏，隻有這樣，他的家天下才是安全的，他才能夠完全控製他的臣民。
不過，史實證明“倭寇”的首領及基本成員大部分是中國人，即海上走私貿易的商人。因為朝廷的海禁政策斷送了他們的財源，所以才冒險到運用武力和國家機器對抗。可以這樣說，是海禁釀就了大規模的海盜集團。
關於朱元璋海禁的具體原因，眾說紛紜，也許還會有新的說法。但這段曆史讓我們遺憾萬分。當代學者晁中辰就這樣說：“如果宋元時期這種海外貿易的勢頭得以保持並發展下去的話，中國曆史的麵貌將會是完全不同的另一種樣子。可惜的是，這種勢頭在明代發生了逆轉，從而對中國曆史進程產生了重大的影響。”
我們知道，沈萬三是靠海外貿易發家的，他嚐到了其中的甜頭，也深知其中的利害關係。
現在海禁政策給他當頭來了一棒，無疑是一個致命的打擊。明朝的海禁比元朝的嚴厲多了，沒有一點兒投機取巧的機會，如果還想海外貿易，隻能披上海盜的外衣。所以沈萬三的船隊擱淺在港口，成了一堆廢木頭。而他加工生產的絲綢運不到國外，國內又供大於求，所以成堆地積壓在倉庫裏。
沈萬三真搞不懂這個放牛娃皇帝為什麼有錢不賺，偏要勒緊褲腰帶過日子。從商人的角度來看，朱元璋海禁與人於己都沒有丁點兒好處，簡直就是一個傻子的做法。隻有解禁，恢複並鼓勵海外貿易才能立國富民。不管是為了勞苦大眾的幸福，還是為了個人的利益，沈萬三都覺得自己有義務去勸諫朱元璋取消海禁政策。