清代皇帝對道教的態度，更使它的處境有如雪上加霜。乾隆皇帝即位才幾天，就讓為雍正煉丹的道士卷了鋪蓋，並且說，雍正爺知道道教所謂爐火修煉這一套，都是不可相信的。之所以找了幾個道士來，讓他們在西苑空閑場所煉丹，也就是想看看他們到底有多大能耐，能弄出個什麼結果來。這幾個人都是些市井無賴，養著他們也就跟養幾名戲子差不多，不過是當作消遣遊戲的玩藝兒罷了(見《清高宗實錄》卷一)。乾隆年間，有大臣上奏，說“道流卑賤，不宜濫側朝班”，於是就將已失去“天師”頭銜的龍虎山正一嗣教真人進京朝見皇帝的資格給取消了，連他們的官品也再次從正三品降到正五品。
道教衰落的原因當然是多方麵、很複雜的。嘉靖時期那幾個圍著皇帝轉的道士，一派烏煙瘴氣，在士大夫心目中成了騙子無賴；龍虎山天師們的腐化墮落，又使它的社會聲譽一落千丈；加上此時道教理論和實踐方麵又“內囊”已盡，不能吸引民眾。這些固然都是其走向衰落的重要原因，但恐怕還不能說是根本原因。
道教在中國封建社會末期逐漸衰落，首先表現在，這時的道教在教理教義方麵全然沒有新的發展。明清時期也有一些道教著作談仙佛合宗，談修煉丹道，注釋前人理論著作等等，但多是重複前人思想，沒有新東西。其次，在宗教實踐活動上也是老套套，沒有創新。再次，著名道教人物寥若晨星，可說也是道教衰微的表征之一。
意思是說佛道二教的衰落已經不可挽回，雖然它們很荒唐，也用不著去管了。留著還是一種點綴，寫詩作畫多了素材。
曆史地看，從元中後期起，道教就開始江河日下了。兩次焚毀道經的打擊，雖說主要針對北方的全真道，並沒有使整個道教從此一蹶不振，但已使它元氣大傷。全真道講清心寡欲，養性全命，用這一套來勸誘和化導俗人，給人的感覺比較高雅超逸，有理論色彩，適合士大夫階層的口味。元中後期，因為跟佛教論爭失敗，並經受焚經打擊，其社會地位和影響日趨衰微。
正一道曆史上一直很得統治者的寵信，全真倒黴，但龍虎山天師還能得到皇帝的恩寵。但在社會上的印象中，正一天師們好像隻會搞齋醮符籙、請神捉鬼這一套。元代雜劇《張天師斷風花雪月》，講月中桂花仙子與秀才陳世英相愛，因一時不能相聚，陳世英相思成疾，他的叔父請龍虎山37代天師張道玄幫忙，張天師使用符咒印劍全部看家本領，終於請出神將，捉了桂花仙子。巫術祈禳這一套，利用的是人們的迷信心理，在社會下層特別有市場，因而也就上不了高檔次。道教光靠正一道勉強支撐局麵，怎能長久！
到了明清時期，道教更是每況愈下。雖然由於個別皇帝的特別喜好或個別傑出道教領袖的出現，道教有過有如回光返照般的光彩時日，但多好景不長。