在中世紀歐洲封建化的進程中，基督教主要靠各封建王朝的法令傳播到歐洲大部分國家。教會及修道院主持人成為各地的封建領主，是歐洲封建社會的主要支柱；教會壟斷文化教育事業，在意識形態領域，把政治、法律、哲學、倫理都置於神學的控製之下。自9世紀後期起，爭奪教會最高權力的鬥爭趨於尖銳。1054年，君士坦丁堡牧首與羅馬教皇互下絕罰令，造成東西部教會正式分裂。11世紀至13世紀，羅馬教皇發動七次十字軍東侵，使教皇的權勢在13世紀達到頂峰。此後，由於教會內部腐敗，教權與王權鬥爭失利，教皇的威信和權力急劇下降。在貧苦農民、城市平民和新興市民中，各種異端派別不斷出現。羅馬教廷除聯合世俗政權、組織十字軍鎮壓外，還利用修會組織異端裁判所，大肆搜捕鎮壓、扼殺進步思想。
由於行政區劃和語言、文化傳統方麵的差異，基督教在發展中演化為東、西兩大派係。東派以君士坦丁堡(今伊斯坦布爾)教會為首，自稱“正教”(即正統教會，亦稱東正教)，傳播於馬其頓、希臘至埃及及其以東地區，通行希臘語，故又稱希臘教會。西派以羅馬教會為首，自稱“公教”(即普世教會，在中國稱天主教)，據有法國、意大利到北非迦太基一帶及其以西地區，通行拉丁語，故又稱拉丁教會。東派在很大程度上依附於國家政權，皇權直接幹預教務和決定教義，這同拜占庭帝國長期統一和專製集權有關。西派則獨立於國家政權，甚至插手世俗事務，這與西羅馬帝國在蠻族入侵下滅亡、政治上長期四分五裂有關。6世紀末，羅馬主教(亦稱教皇)成為西部教會領袖，並且取得政治權力。君士坦丁堡主教在拜占庭皇帝支持下自稱普世牧首，與羅馬的對峙之勢漸成定局。
麵對宗教改革運動的強大衝擊，天主教采取一係列措施，改革內部，糾正弊端，製定統一對策。同時，為與新教對抗，教廷對修會製度進行改革，成立新型修會和傳教修會(外方傳教會)，其中以1534年成立的耶穌會影響最大。教廷利用各國保守勢力的支持，以修會為工具抵製新教的發展，在歐洲部分地區穩住了天主教陣腳，並把天主教傳播到美洲、非洲和亞洲的廣大地區。
16世紀上半葉，德國、瑞士、英國、荷蘭、斯堪的納維亞各國相繼爆發宗教改革運動，否認教皇權威，強調傳統教義的不同方麵，改革教會禮儀製度。1517年，馬丁·路德力倡宗教改革，強調“因信稱義”，意為信徒個人在上帝麵前得以稱“義”，全憑信靠耶穌，而不在於履行教會規條。他在諸侯的支持下成立路德派教會。在瑞士和法國，茨溫利和加爾文先後發起改革，在市民階級支持下形成加爾文派教會，強調世人命運善惡皆由上帝預定。蘇格蘭和荷蘭的宗教改革促進了民族獨立。在英國，以國王為首的英國國教會終於確立。斯堪的納維亞各國相繼進行自上而下的改革，分別成立路德派教會。這些脫離羅馬公教的教派，後來統稱為“抗議宗”或“新教”。
公元1世紀前後，巴勒斯坦的猶太人屢次發動起義，均遭到羅馬帝國的殘酷鎮壓。處境悲慘的猶太人堅持猶太教傳統，盼望預言的複國救主彌賽亞降臨，拯救人們脫離苦難。原始基督教在這時以猶太教新教派的形式出現，宣傳“天國即將來臨”，號召“罪人悔改”。1世紀下半葉，基督教傳播到敘利亞、小亞細亞、馬其頓、希臘、羅馬和埃及，在各民族中贏得信徒，在教義上則與流行的希臘化哲學、倫理、神秘主義等結合，並突破猶太教的狹隘限製，演變成適應羅馬帝國的世界性宗教。初期基督教徒大多是貧民和奴隸，對羅馬統治和社會壓迫有強烈的反抗情緒，因而受到羅馬帝國統治者的大規模迫害。但基督教非但沒有消亡，反而在人數和社會影響上有所發展。至3世紀末，基督教已傳遍羅馬帝國，成為不容忽視的社會力量。教會領導層的社會成分也隨之發生變化，入教的富人和知識分子改變對統治者的態度，極力博取其寬容和同情；在教義上也全力清除教內的各種異端傾向，以改變基督教的非法地位。4世紀初，羅馬統治者迫於內外壓力，開始改變對基督教的政策，至4世紀末定其為國教，基督教終於成為羅馬帝國占統治地位的意識形態。