乾隆以後，昆曲和傳奇開始衰落。從外部環境來看，隨著清朝國家的統一，政權的穩固，清統治者不斷加強思想上的控製，整個封建文化進入整理總結期。官方動用大量的人力和財力，對幾千年來浩如煙海的典籍和文物進行搜集、鉤沉、訂正、考辨和編纂。於是，考據學(樸學)大興。在森嚴的文網下，本來就有不少劇作家望風覘〔chan攙〕景，畏避三分；考據學的興盛可以說為他們提供了一條逃避現實、遠禍全身的出路。清代傳奇的數量雖然不少，但多是案頭曲子，不適宜搬演，作品的思想內容也日益空疏、淡薄。
充滿活力不斷壯大的花部與頗具實力但日益衰頹的雅部展開了激烈的競爭。花部不斷給雅部以衝擊，同時又從雅部那裏吸收借鑒藝術營養以壯大自己，最後取而代之。“花雅之爭”大體經曆了三個大的回合：
繼弋陽腔之後，與昆曲抗衡的是秦腔。秦腔轟動北京是從秦腔表演藝術家魏長生進京開始的。魏長生於乾隆末年數次進京獻藝，轟動一時，大有壓倒昆、弋兩腔之勢。由於清廷屢出告示，扶持雅部，強迫魏長生等秦腔藝人改習昆弋，魏長生被迫南下，但在揚州、蘇州等地同樣產生了巨大影響。
清代戲曲有“花”“雅”之分。對此，李鬥《揚州畫舫錄》說得很清楚：“兩淮鹽務例蓄花雅兩部，以備大戲。雅部即昆山腔，花部為京腔、秦腔、弋陽腔、梆子腔、羅羅腔、二簧調，統謂之亂彈。”可見，花部指昆曲以外的所有聲腔劇種，包括各少數民族戲曲劇種。
傳奇和昆曲的衰落，迫使戲曲藝術不斷地進行變革以求得生存和發展，“城中桃李愁風雨，春在溪頭薺菜花”(辛棄疾《鷓鴣天·代人賦》)。於是，花部地方戲如雨後春筍層出不窮，似群芳野卉熱烈綻放，形成繼元雜劇、明清傳奇之後的第三個高潮，揭開了中國戲曲史上極為燦爛的篇章。
首先是弋陽腔與昆曲的爭衡，弋陽腔早在明萬曆年間便流播到京師並進入宮廷。由於弋陽腔也是曲牌聯套，而且大多數曲牌與昆曲無異，所以為昆曲創作的劇本略作改動，有時幾乎不必改動，就可以用弋陽腔演唱。於是，宮中所演曆史大戲漸漸從全部演昆曲，逐漸過渡到昆弋相間、昆弋並舉。這樣，弋陽腔便由被清廷限製禁止的花部中分化出來，變成皇家禦用腔調之一，成為與昆曲並稱的“雅部”，不在禁演之列了。弋腔逐漸京化、雅化、規範化、程式化，被人稱為“京腔”。乾隆年間出現了賀世魁繪製的“京腔十三絕”，轟動一時。京腔與昆曲競爭的結果，隻不過削弱了昆曲的勢力，取得平起平坐的地位，並為秦腔、皮黃的發展鋪平道路，但它並不能取昆曲而代之，升為劇壇盟主，反不及弋陽腔和從它衍化出來的各種高腔廣泛流行。昆曲雖不能再獨霸劇壇，但由於它曆史悠久，家底豐厚，官僚士大夫深深喜好，始終在京師劇壇占有一席之地，並繼續對各地方劇種產生廣泛而深刻的影響。昆曲在與各地語言合流中產生的各種流派昆曲仍在流傳。