第二天天亮時，他派那些非戰鬥人員上城頭。
孫恩的戰士們一看，怎麼全是這些老頭子上來？這樣的部隊也能打仗？就問他們：“劉裕呢？他在什麼地方？”
這些戰士上城的任務就是回答這句話，聽到這話後，馬上說：“昨夜早就跑了。”
於是，孫恩部下都滿懷勝利的喜悅衝進城。
哪知，衝進城就等於衝進了人家的埋伏圈。劉裕看到他們衝了進來，一聲令下，部隊發起總攻，又把孫恩打敗了。
孫恩一看，這個地方看來也不好打，便帶著他的部眾又向北推進，攻打滬瀆。
劉裕又帶著部隊跟過去。
海鹽縣令的兒子鮑嗣之參加了海鹽城的戰鬥，覺得打仗很刺激，就請求劉裕讓他當先鋒。
劉裕不同意，理由是這個地方的人長期處於和平年代，對打仗業務並不精通，如果你衝鋒在前，打了敗仗，對主力部隊隻能造成負麵影響。所以隻能跟在主力部隊的後麵，喊破嗓門，壯大聲勢，就算是立功了。
可鮑嗣之不聽。
這時，劉裕士兵的人數遠比孫恩的少，因此他仍然決定跟孫恩做智力競賽。他叫部分士兵拿著戰鼓和旗幟埋伏起來，等前鋒部隊投入戰鬥時，戰鼓就猛擂、旗幟也高高舉起來。
孫恩部眾一見，以為又中了埋伏，便急忙退走。
鮑嗣之看到敵人就這麼敗退下去，覺得太便宜了這些人，就帶著自己的部隊追下去，被打了個大敗，不但他自己戰死了，而且還給劉裕帶來了嚴重的後果。
孫恩看到敵人隻有這麼幾個人追來，馬上就明白了，劉裕的人數不多，那個埋伏全是迷惑他的，當場回軍反擊，把劉裕打得叫苦連天，部下幾乎全部戰死。
不過，劉裕雖然叫苦，但他並沒有崩潰，一邊戰鬥一邊後退，退到原來打仗的地方，叫左右不要退了，大家一起過來脫掉那些戰死者的衣服。
他這麼做，主要是想表示自己並不怕死，還在從容不迫，鼓舞一下身邊的人。
孫恩多次上他的當，這時看到他突然做這個跟打仗一點沒有關係的舉動，就有點想不通，以為劉裕又在耍什麼花招，說不定剛才那個失敗是假的，目的是想把他們騙到這裏來，再把他們一舉殲滅，所以隻是站在那裏左看右看，想看看到底四周還有沒有埋伏。
劉裕想不到居然會有這個效果，馬上大聲叫喊，帶著大家全力反攻。
孫恩部隊一看，果然中計了，便急忙撤退。
劉裕這才安全逃離戰場。
孫恩雖然被劉裕以迷惑的方式連敗兩場，但因為劉裕手中的部隊才幾個人，因此這幾場勝利的成果並不顯著，孫恩的損失也不大，對他的整個實力並沒有多大影響，所以他又繼續向北。
六月一日，孫恩的部隊從海上進入長江，攻進丹徒。
這時，他的部隊有十多萬人，戰艦千艘，擠滿長江的江麵，聲勢十分浩大。
建康城裏的官民都害怕起來。
六月二日，中央宣布全國戒嚴，同時也進行了一係列的部署，命令司馬尚之返回首都，協防京城。
劉牢之也趕緊從山陰出發，準備阻截孫恩。可孫恩這次的動作快得要命，他還沒有趕到，孫恩的軍隊已經過去了。劉牢之叫劉裕以最快的速度前進。
這時，劉裕的部隊隻有幾百人，但他還是狂奔過去，日夜不停，最後與孫恩的大軍同時到達丹徒。
這時，劉裕的部隊早已累得差不多站不住了，而丹徒的守軍早就嚇破了膽子，一點鬥誌也沒有了。形勢對劉裕來說，極為不利。
孫恩大軍大喊大叫攻打蒜山。
劉裕大叫，殺啊！揮軍奮力攻擊。孫恩部隊看到對方這麼瘋狂，也都嚇呆了，竟被劉裕痛打一頓，從拚命衝殺到拚命後退，大量戰鬥人員落海致死。孫恩本人也很狼狽地逃回船上，大叫不可思議。
但孫恩仍然不信邪，他把部眾整頓了一下之後，清點人數，認為自己雖然很難看地失敗了，但還有這麼多兄弟，戰鬥力還大大地有，隻要把心態調整好，就沒什麼好怕的。
這一次，他不再找那些小地方攻打了，直接就向晉國的首都建康衝過去。
司馬元顯知道後，認為自己出風頭的時候到了——否則當了那個都督十六州諸軍事，一個仗也不打，人家嘴裏就是不說什麼，自己也覺得太沒意思了。他帶著部隊就出來跟孫恩對抗，要在全國人民麵前狠狠地表現一番。哪知道，他連著打了幾仗，全都大敗。
大家看到司馬元顯牛哄哄地出去，然後威風掃地地退回來，以為他老爸司馬道子可以出來收拾了。可司馬道子更笨，天天跑到蔣侯廟裏燒香祈禱。人家把希望寄托在他身上，而他卻把希望寄托在死人身上，弄得大家都無語了。
如果照此下去，誰都可以預測到首都的淪陷隻是早晚的事。
幸虧司馬尚之帶著部隊來到，全部駐紮到宮城的積駑堂，誓死保衛皇帝。而且孫恩的船隻噸位太大，船身笨重，逆風而上，速度太慢，幾天之後才到白石。孫恩本來以為政府軍正在各地奔跑著，不會這麼快就到來，因此馬上部署攻城。可命令還沒有下達，就得知司馬尚之的大軍已經在京城等候，而且那個克星劉牢之的部隊也已來到，所以把進攻命令改為撤退通知，改道去攻打鬱州。
這時，對於政府軍來說，危險已經過去，可對於高雅之來說，第二次倒黴又開始了。孫恩的另外一支部隊攻陷了廣陵，在那裏大砍大殺。高雅之馬上帶兵去追擊——他剛被孫恩打得沒有脾氣，以為這次隻是孫恩的手下，應該可以欺負一下吧。哪知，他這次如期地追上了敵人，可結果離他的預期太遠了——居然被人家一下活捉過去，不但丟臉，還丟了人。
花花公子的本質
現在最想從孫恩事件中得到利益的人就是桓玄。他知道孫恩殺上建康，心裏高興得要命。他馬上向中央請求，帶大軍過去討伐孫恩。司馬元顯接到這個請求後，怕得要死。他比誰都清楚，讓桓玄帶兵進京，比孫恩進京還可怕。正好孫恩退走，這才跟桓玄說，不用來了。